卡洛斯二世為 西班牙國王 腓力四世之子，母親為 奧地利公主， 神圣羅馬帝國皇帝 斐迪南三世之女瑪利亞·安娜。他出生時，他的四位長兄都已去 世，于是成為 西班牙王位唯一的繼承人。他的出生也成為全 西班牙的一大喜事。由于近親結(jié)婚的緣故，卡洛斯二世身患多種遺傳病以及智障和癲癇，體質(zhì)虛弱得隨時可能死亡，無法承受一位君主應(yīng)該受到的教育。他是哈布斯堡家族的家族癥下顎前凸（Mandibular prognathism）病患中最嚴(yán)重的，下顎由于過于巨大而使他無法咀嚼。他的舌頭也大的使他講的話無人聽懂�？�洛斯二世于5歲斷奶，由于跛足，到10歲才學(xué)會走路�？傊�，幾代的王室近親聯(lián)姻使卡洛斯二世在心理和生理都極不正常，甚至就相貌而言，他根本不能被稱為人類。他唯一顯示出他男子氣概是他對打獵的興趣，他偶爾沉迷于 埃斯科里亞爾修道院的獸苑中。

1665年，卡洛斯二世4歲時繼承王位，他的母親 奧地利的瑪利亞·安娜作為攝政統(tǒng)治 西班牙。他統(tǒng)治時期的 西班牙經(jīng)濟(jì)停滯、國力迅速衰落、國際威望下降，他的無能成為宮廷陰謀的溫床。在 葡萄牙獨(dú)立后的第29年，即1668年， 西班牙與葡萄牙簽署和約，完全承認(rèn)葡萄牙的獨(dú)立，保持其邊界和領(lǐng)土不變，只是 休達(dá)繼續(xù)由 西班牙管轄。從而在法律上結(jié)束了西班牙對 葡萄牙60年的統(tǒng)治。1677年， 奧地利的瑪利亞·安娜被 腓力四世的私生子奧地利的堂·璜·何塞放逐，奧地利的堂·璜·何塞成為了 西班牙的實(shí)際國王直到1679年去世。太后 奧地利的瑪利亞·安娜重新攝政。

卡洛斯二世在1680年主持了 宗教裁判所的宗教審判儀式，在這次審判中，21人被判處火刑。

卡洛斯二世于1679年11月19日娶法王 路易十四的侄女 奧爾良 郡主瑪利·路易絲為妻。新婚丈夫被診斷為陽痿而無法產(chǎn)生后代�，斃�·路易絲極度失望并在結(jié)婚十年后的1689年年方27歲時去世。對男嗣的需求使他續(xù)娶了普法爾茨-諾伊堡的瑪利亞·安娜。然而，這次婚姻和上次一樣仍然沒有任何結(jié)果。

在卡洛斯二世生命的最后幾年，他顯得更加精神過敏、舉止怪異。他曾來到 埃斯科里亞爾修道院的先賢祠，要求把家屬的棺材打開，還在第一任妻子瑪利·路易絲腐爛的尸體前十分感動，還想擁抱她，但被人攔住了。這時的他已徹底殘廢，頭發(fā)全部掉光，耳聾，眼睛幾乎看不見，牙齒所剩無幾，并且患有嚴(yán)重的癲癇。他的種種怪異舉動被外國的密探稱為“著魔”，他于是有了個“中魔者”的綽號。

由于卡洛斯二世很早就被診斷為不育，不可能有子嗣，誰來繼承 西班牙殖民帝國就成為西班牙乃至全歐洲的重要問題。有權(quán)繼承 西班牙王位的有三位王子，分別是 法國 安茹公爵 腓力（法王 路易十四的次孫）、 巴伐利亞的約瑟夫·斐迪南 親王（皇帝 利奧波德一世外孫）和 奧地利的 卡爾大公（皇帝利奧波德一世次子）。他們的繼承權(quán)都是建立在與 西班牙國王 腓力三世的關(guān)系上的。 路易十四的母親安娜·瑪利亞是 西班牙國王 腓力二世的長女，他娶了西班牙國王 腓力三世的長女瑪利亞·特麗薩�；实� 利奧波德一世的母親瑪利亞·安娜是 西班牙國王 腓力二世的次女，他娶了西班牙國王 腓力四世的次女瑪格麗塔。而瑪格麗塔和卡洛斯二世是同母所生。 利奧波德一世與瑪格麗塔只有一個女兒：瑪利亞·安東妮婭，她就是 巴伐利亞的約瑟夫·斐迪南 親王之母。 奧地利的 卡爾大公并不是瑪格麗塔所生。雖然 路易十四的母親和妻子都比利奧波德的母親妻子年長，但路易十四的妻子瑪利亞·特麗薩嫁到 法國時已經(jīng)明確放棄了對 西班牙王位的繼承權(quán)。由于 法國、奧地利兩強(qiáng)國爭執(zhí)不下，不得不找出折中的方法。1698年10月11日， 法國、 英國、 荷蘭在 海牙簽定條約，承認(rèn) 巴伐利亞的約瑟夫·斐迪南 親王為 西班牙王位和除意大利以外西班牙領(lǐng)土的繼承人； 法國得到 西西里和 那不勒斯， 奧地利得到米蘭。但利奧波德立即拒絕了此條約，繼續(xù)支持次子 卡爾大公的繼承權(quán)。次年初，卡洛斯二世立下遺囑，將 西班牙的所有領(lǐng)土全部留給 巴伐利亞的約瑟夫·斐迪南親王。但是這一年的2月6日 巴伐利亞的約瑟夫·斐迪南 親王去世了。

法國、 英國、 荷蘭簽定了第二份條約：承認(rèn) 卡爾大公為 西班牙王位和除意大利以外西班牙領(lǐng)土的繼承人；法國得到西班牙在意大利的領(lǐng)土。利奧波德再一次拒絕了該條約。全歐洲都在等待卡洛斯二世的答復(fù)。 西班牙的貴族階級由于希望保持西班牙殖民帝國的完整，支持 安茹公爵腓力為繼承人，前提是他放棄 法國王位的繼承權(quán)。最終卡洛斯二世在他們的堅持下立囑指定腓力為繼承人。當(dāng)人們再次宣讀他的遺囑時他哭了，他悲嘆到：“這是上帝給予又奪走的帝國�！比藗冞�多次聽他低聲說到：“朕已經(jīng)一文不值了�！�

1700年11月1日，卡洛斯二世去世，終年38歲。 西班牙哈布斯堡王朝終結(jié)。 法國的 安茹公爵 腓力即位成為國王菲利佩五世，他是延續(xù)至今的 西班牙 波旁王朝的第一位君主。由于 奧地利的對 西班牙王位的要求，以及 英國、 荷蘭在 法國對西班牙關(guān)系上的不滿，爆發(fā)了一場歐洲大部分國家和邦國的 西班牙王位繼承戰(zhàn)爭。