崇禎九年(1636)五月，清軍以阿濟(jì)格為將，率師八萬余，從獨(dú)石口入犯，襲擊延慶、昌平等地，侵掠京城，掠人畜18萬東歸。由于這次未能抵御清軍的進(jìn)犯，丁魁楚被囚禁遣戍邊衛(wèi)。崇禎十一年(1638)，他向朝廷交納餉銀獲得釋放，隨后便家居故鄉(xiāng)永城。

　　在家居永城期間，了魁楚經(jīng)歷了總兵劉超叛亂的事件。劉超也是永城人，原為貴州總兵，后獲罪免職歸故里。崇禎十五年(1642)，李自成農(nóng)民軍圍攻開封，震動(dòng)朝野。劉被起用，與農(nóng)民軍作戰(zhàn)獲勝，主持永城的防務(wù)時(shí)，與家居永城的免職御史魏景琦及舉人喬明旃產(chǎn)生嫌隙。那時(shí)正巧劉超被新任命為真定總兵，即將赴任，魏景琦懷怨于心，便派通于朝廷的人上書制止，指責(zé)劉超私通農(nóng)民軍。劉超得知此事，大怒，率部殺死魏、喬，據(jù)永城叛明。時(shí)值農(nóng)民軍橫掃河南之時(shí)，明廷萬分震恐，便急派上任不久的河南巡撫王漢前往平亂，王漢也被劉超殺死。明廷又令風(fēng)陽(yáng)總督馬士英率兵平叛。丁魁楚偕同練國(guó)事輔助馬士英設(shè)誘降免罪之計(jì)，擒獲劉超殺死。由于這個(gè)功勞，丁魁楚又被起復(fù)為總督河南湖廣加兵部尚書銜。同時(shí)，因平劉超之亂與馬士英的共事，為他南明時(shí)期的宦海生涯奠下了基礎(chǔ)。

　　1644年6月，馬士英、史可法等在南京擁立福王朱由崧，建立弘光政權(quán)，便任命丁魁楚總督河南、湖廣，兼巡撫承天、德安、襄陽(yáng)。還未上任，適逢兩廣總督沈猶龍入朝中任侍郎，丁魁楚便改任兩廣總督。不久，加兵部尚書銜。清順治二年(1645)五月弘光政權(quán)亡，唐王朱聿鍵又在福州建立隆武政權(quán)，丁魁楚仍以原官協(xié)理戎政。

　　敦光、隆武期間，他都任事于兩廣。那時(shí)清軍南下的步伐日益加快，時(shí)局十分緊張。兩廣地處大陸最南，地理?xiàng)l件又十分好，倘若很好地經(jīng)營(yíng)，建成抗清的后方基地，是很能成就一番事業(yè)的。然而，丁魁楚對(duì)于地利的認(rèn)識(shí)卻不同。嶺南未遭清軍蹂躪之時(shí)，他卻“怙安不修戎備”，日以享樂為事。他派水軍到今天肇慶附近的羚羊峽，放干河水，在斧柯山下的老坑取硯石。行政用人方面，也是弊端叢生，“將吏以賄為進(jìn)退”。

　　亂世之秋，明朝宗室仍相爭(zhēng)不已。隆武帝福州建元后，封于廣西桂林的靖江王朱亨嘉派其親信孫金鼎，唆使平蠻將軍楊國(guó)威擁戴自已．自稱監(jiān)國(guó)于桂林。靖江王曾派孫金鼎勸瞿式耜主持擁立，遭其拒絕，便將瞿式耜囚禁。瞿式耜暗中派人聯(lián)絡(luò)丁魁楚、陳邦傅和楊國(guó)威的部下焦璉。丁魁楚等率兵以武力制止了靖江王謀立事件，擊殺楊國(guó)威，擒獲朱亨嘉(《永歷實(shí)錄》卷2)此事上奏隆武朝廷后，丁魁楚被封為平粵伯。

　　丁魁楚由于兩廣總督的地位和擁立之功，被永歷政權(quán)任命為首輔。實(shí)際上，他是憑借自身在兩廣的實(shí)力和基礎(chǔ)獲得這些“殊榮”的。那時(shí)，宦官王坤從福建而來，因?yàn)橹獣詫m中事務(wù)得到朱由榔的器重。王坤專橫跋扈，擅改朝政，私定黜陟。而丁魁楚則與王坤相結(jié)納，不去改進(jìn)行政，剔除弊端。在與同僚的關(guān)系上，也以自己的權(quán)力和利益為依歸。大學(xué)士呂大器因與他爭(zhēng)掌兵權(quán)麗不得，不辭而別。前大學(xué)士陳子壯得知朝中由丁魁楚秉政，也不接受永歷帝對(duì)他的任命。臣僚之間因職位和偏見相互掣肘，一點(diǎn)也不團(tuán)結(jié)。

　　在桂王監(jiān)國(guó)肇慶之時(shí)，蘇觀生等人又在廣州擁立隆武帝之弟稱尊于廣州。建元紹武。雙方調(diào)解不成，便兵戎相見。隆武二年(1646)十一月末，永歷政權(quán)方面派林佳鼎與蘇觀生的大將陳際泰戰(zhàn)于三水，取得勝利。但爭(zhēng)端并未了結(jié)。那時(shí)王化澄代替丁魁楚總督兩廣，懦弱而無決斷。林佳鼎又代替王化澄于十二月初二日與蘇觀生所派大將林察，大戰(zhàn)于�？�，林察設(shè)詐大敗林佳鼎。當(dāng)時(shí)瞿式耜正在峽口地方爭(zhēng)取義師的援助，倡議捐資助餉。他自捐五千金，希望丁魁楚捐資萬金，或者數(shù)千金亦可。丁魁楚卻“吝而不予”。