清朝末年改行新軍制，于安慶設(shè)立安徽武備練軍學(xué)堂。余亞農(nóng)長兄余申甫及次兄余丹甫均去就讀。武備學(xué)堂改陸軍小學(xué)后，在兄長的影響下，清光緒三十年（1904年）余亞農(nóng)考入該校。兩年后，徐錫麟任安徽陸軍小學(xué)堂會辦，暗中號召推翻清廷專制政權(quán)，余亞農(nóng)受其革命思想的啟蒙。陸軍小學(xué)畢業(yè)，升入北京清河鎮(zhèn)陸軍第一中學(xué)。兩年后，入保定軍官學(xué)校入伍生隊(duì)學(xué)習(xí)。在此期間，經(jīng)常與志同道合的同學(xué)研究時事，抨擊時弊，經(jīng)吳祿貞介紹于宣統(tǒng)二年（1910年）秘密參加了同盟會。

　　武昌起義前夕，余亞農(nóng)受吳祿貞之命，去漢陽聯(lián)系湖北新軍起事。在漢陽，因起事日期尚未最后確定，乃離鄂返皖，進(jìn)行聯(lián)絡(luò)。時值合肥光復(fù)，其次兄及孫品驂等人在合肥大同書院成立軍政府廬州分府，余亞農(nóng)前去襄助。后南京臨時政府成立，孫中山任臨時大總統(tǒng)，柏文蔚任革命軍第1軍軍長，駐浦口、徐州一帶。余亞農(nóng)被推為全椒民軍司令，復(fù)應(yīng)聘為第1軍訓(xùn)練處代理處長。

　　民國元年（1912年）2月，袁世凱篡國，余亞農(nóng)亦隨第1軍被解除職務(wù)，調(diào)入剛成立的保定軍校學(xué)習(xí)。民國2年7月，孫中山組織武裝討袁，發(fā)動“二次革命”，安徽宣布獨(dú)立。柏文蔚組建安徽討袁軍，自任總司令。余亞農(nóng)聞訊后離校南下，投入討袁淮上軍張孟介（匯滔）部任營長。9月，“二次革命”失敗，袁軍接連發(fā)出通緝令，嚴(yán)密搜捕孫中山、黃興、李烈鈞等人，張匯滔、鄭贊丞護(hù)送孫中山避居上海，余亞農(nóng)亦追隨張匯滔逃亡去滬。當(dāng)時，合肥王亞樵正因組織社會黨反對軍閥而被迫出走上海，余亞農(nóng)與王亞樵在廬州軍政分府曾經(jīng)相識，乃隨王亞樵參加討袁護(hù)法運(yùn)動，自此成為王亞樵秘密組織的主要成員。民國3年7月8日，余亞農(nóng)響應(yīng)孫中山號召，赴日本 東京參加中華革命黨成立大會。返滬后，聯(lián)絡(luò)同志，圖謀起事。王亞樵建議爆炸北京政府，迫袁退位，孫中山未予同意。王亞樵乃命余亞農(nóng)在上海呂斑路文德里秘密制造炸彈，擬去爆炸上海警察廳，然后舉事。不料火藥爆炸，余亞農(nóng)面、腿均受傷，因而被法租界巡捕房拘留3個月。被釋后，仍在滬、粵過流亡生活。

　　1917年，孫中山領(lǐng)導(dǎo)護(hù)法運(yùn)動期間，余亞農(nóng)曾投滇軍方聲濤部，任夏述唐旅參謀。1922年陳炯明叛變，孫中山蒙難永豐艦，下令討賊，余亞農(nóng)參加?xùn)|路討賊軍許崇智部，任第8旅16團(tuán)第3營營長，不久敗于廣州石碑，乃離職返滬。

　　國共兩黨合作后，余亞農(nóng)返回安徽，與孫品驂等人發(fā)動“討曹（錕）驅(qū)馬（聯(lián)甲）”運(yùn)動，后因奉軍進(jìn)攻而失敗，孫品驂下野，余亞農(nóng)只身走保定，去天津。不久即自天津投奔國民軍第5軍方振武部，初任參議。1926年3月，國民軍第5軍參與國民軍與直、奉軍的南口之役，轉(zhuǎn)戰(zhàn)晉北。余亞農(nóng)任第2（混成）旅第6團(tuán)團(tuán)長。8月，國民軍兵敗，5軍退至五原。9月，國民聯(lián)軍成立，5軍余部被整編為國民聯(lián)軍第2軍，余亞農(nóng)任第2軍第8旅旅長。

　　民國15年9月，馮玉祥于五原誓師，參加北伐。國民聯(lián)軍出兵援陜，解西安之圍。余亞農(nóng)率全師官兵經(jīng)察、綏、寧而援陜，解救了被圍困8個月的楊虎城部。民國16年春，余亞農(nóng)率部經(jīng)三原，出潼關(guān)，進(jìn)駐襄樊。此時，馮玉祥部國民軍改隸蔣介石指揮，國民聯(lián)軍加入國民革命軍，改編為第2集團(tuán)軍，宣布全軍集體加入國民黨，參加北伐。方振武所部第2軍擴(kuò)編為第3方面軍，隸屬第2集團(tuán)軍，余亞農(nóng)升任第1軍第3師師長。不久進(jìn)入豫西，以期與北伐大軍會師中原。10月，因與馮玉祥矛盾頻起，方振武率所部脫離第2集團(tuán)軍建制，投入蔣介石的第1集團(tuán)軍，所部改稱中央直屬第9方面軍，參與討伐唐生智。1928年3月，南京政府二次北伐，方振武所部此時已改編為第1集團(tuán)軍第4軍團(tuán)，余亞農(nóng)改任第34軍89師師長。

　　民國17年5月3日，日本侵略軍在濟(jì)南制造“五三慘案”。余亞農(nóng)奉命率部防守黃河大橋，與日本軍第6師團(tuán)齋藤旅團(tuán)發(fā)生激戰(zhàn)，官兵雖有重大犧牲，但終于保住了大橋。同年，奉軍被驅(qū)逐出關(guān)后，蔣介石“編遣國會”， 1929年1月，國民革命軍各部縮編。89師被縮編為44師131旅，余亞農(nóng)任旅長，調(diào)駐安慶集賢關(guān)。8月，余亞農(nóng)調(diào)任45師134旅旅長。9月，方振武因反對所謂的“編遣”，被蔣介石軟禁于南京。蔣介石欲將45師師長鮑剛與第6師師長方策對調(diào)，鮑剛不服，在蕪湖起兵反蔣，余亞農(nóng)聞訊后，于安慶北門外集賢關(guān)營園客廳，將奉蔣命前來“點(diǎn)編”的嫡系部隊(duì)第26路總指揮兼第6師師長方策扣押，率所部開進(jìn)五祖山，樹旗反蔣，終因眾寡懸殊而失敗，方策收編45師殘部，接任師長。余亞農(nóng)流亡上海。

　　蔣閻馮中原大戰(zhàn)爆發(fā)后，余亞農(nóng)乘船去天津轉(zhuǎn)鄭州，被馮玉祥委為豫皖邊區(qū)第1路軍司令，活動于中原。后因內(nèi)部不團(tuán)結(jié)，該部為蔣介石分化瓦解。余亞農(nóng)重返上海。

　　“九·一八”事變后，王亞樵秘密組織鐵血鋤奸團(tuán)，以鋤殺漢奸、日軍特務(wù)為己任，并發(fā)動工人、學(xué)生、市民抵制日貨，檢查奸商。余亞農(nóng)在團(tuán)中分工負(fù)責(zé)政治，專事抗日宣傳，并調(diào)查了解日諜、漢奸情況，以作為打擊對象。民國22年5月，余亞農(nóng)參加馮玉祥領(lǐng)導(dǎo)的抗日同盟軍，任援助沽源及多倫的預(yù)備隊(duì)司令。同盟軍在蔣介石的進(jìn)攻下失敗解散，馮玉祥去泰山，余亞農(nóng)回到上海。同年冬，福建事變發(fā)生，余亞農(nóng)星夜趕往福州，被委為29路軍總指揮。但該軍未成立，事變便告失敗，余亞農(nóng)又回上海繼續(xù)從事秘密反蔣活動。民國24年11月1日，孫鳳鳴于國民黨四屆六中全會上刺傷汪精衛(wèi)，引起全國震動。戴笠親自帶人去香港要求港方引渡王亞樵等人。余亞農(nóng)與鄭抱真等人伴王亞樵自水路出逃，經(jīng)西江直駛廣西梧州 李濟(jì)琛圩子。

　　1936年8月，余亞農(nóng)受李濟(jì)琛領(lǐng)導(dǎo)的民族革命大同盟委托與張獻(xiàn)廷持密信去延安，聯(lián)系反蔣，受到了周恩來、李克農(nóng)的熱情接待，毛澤東、朱德還親自為他餞行。在他返回梧州時，王亞樵已被蔣幫特務(wù)所暗殺。

　　1938年春，余亞農(nóng)任皖北人民抗日自衛(wèi)軍第5路指揮。因余亞農(nóng)與新四軍第6支隊(duì)司令員 彭雪楓合作較好，遭國民黨內(nèi)反共頑固派忌恨，同年冬自衛(wèi)軍為廣西軍黃瑞華、蒙若剛部包圍繳械。余亞農(nóng)被逮捕后，經(jīng)安徽省民眾總動員委員會及社會人士營救始獲釋，在淮北經(jīng)商耕地，以資糊口。李品仙、廖磊數(shù)次說其出山，均遭拒絕。

　　日軍投降后，余亞農(nóng)應(yīng)中共華中局鄧子恢之邀，赴蘇北與蔡蹈和、鄭抱真等共商大計(jì)。回滬，經(jīng)沈鈞儒、沈志遠(yuǎn)介紹，加入民主同盟，復(fù)以“民革”名義開展兵運(yùn)工作。1949年冬，余亞農(nóng)與中共地下工作者一起在寧、滬、蕪間進(jìn)行策動起義活動，以協(xié)助大軍渡江。

　　解放后，余亞農(nóng)先后任華東軍政委員會委員、皖北政治協(xié)商委員會副主席、皖北行署監(jiān)委會副主任、安徽省人民政府委員、副省長等職。1959年去世，享年72歲。中共安徽省委員會在余亞農(nóng)病危時，根據(jù)他本人的請求，批準(zhǔn)他為中國共產(chǎn)黨正式黨員。