出身世家，父親祁韻士官至戶部郎中，乾隆時參預(yù)編修國史。祁雋藻從21歲中進士到72歲以疾致仕，曾官翰

林院庶吉士、翰林院編修、湖南學(xué)政、文淵閣校理、光祿寺卿、內(nèi)閣學(xué)士兼禮部侍郎銜、兵部侍郎、兵部尚書、戶部尚書、體仁閣大學(xué)士等職。同治五年（1866），祁雋藻病逝，加贈太保，謚“文端”。

祁秀藻居官50余載，對清王朝忠心耿耿，做了許多有益于國家和人民的事。道光十九年（1839）與黃樹滋視察福建海防及禁煙，在閩居數(shù)月，上疏浙閩總督宜住泉州；改建沿海炮臺為墩；拘捕漢奸，嚴(yán)查煙販；禁止漳、泉二州使用夷幣，夾帶私鑄者治罪等4條陳，被皇帝采納。返京途中又查到溫、臺兩州多種罌粟，便上奏彈劾。林則徐在廣東禁煙時，祁氏撰寫《新樂府》三章，刊示于各處，表示支持。祁雋藻提倡樸實，延納寒士，舉賢薦能，咸豐元年（1851）皇帝問及用人之道時回答：“君明臣直……言路為國家氣脈，氣脈通，無論強弱，均以為國�！�

祁雋藻不僅政績卓著，而且能詩善文，精于書法，勤于著述。陳衍（石遺）采咸、同、光3朝詩編《近代詩鈔》時，將祁氏列于首編，稱其為道光、咸豐間的詩壇領(lǐng)袖。祁雋藻的傳世之作有《谷曼谷九亭集》、《館課存稿》、《勤學(xué)齋筆記》、《馬首農(nóng)言》、《藍(lán)公教織歌》等，其中《馬首農(nóng)言》是與壽陽鄉(xiāng)農(nóng)閑談耕作之書，《藍(lán)公教織歌》則是他對本邑明代知縣勤政愛民的頌揚。

祁雋藻雖然身居高官，但不忘鄉(xiāng)土，每次回返故里總是平易近人，故口碑甚好，流傳有許多淳樸愛民的故事。壽陽平舒村至今尚存祁雋藻及其父、其弟的墓冢。