大炊王是天武天皇之子舍人親王的第七子，母親是當(dāng)麻真人山背。3歲時大炊王的父親去世，又因為是天皇之孫無法出仕，只是個毫不起眼的皇族。

757年（天平寶字元年），大炊王取代了圣武天皇遺言中應(yīng)被立為太子的道祖王，被未婚的女帝孝謙天皇立為太子。大炊王之所以被立為太子，是藤原仲麻呂（后來改名為惠美押勝）強力推薦的結(jié)果。大炊王娶了藤原仲麻呂去世的兒子藤原真從的妻子粟田諸姊為妻，并住在藤原仲麻呂的私邸，與藤原仲麻呂有十分親密的關(guān)系。

大炊王被立為皇太子之后，藤原仲麻呂的權(quán)勢更是如日中天、炙手可熱。失勢的橘諸兄之子橘奈良麻呂對藤原仲麻呂的崛起大為不滿。橘奈良麻呂聯(lián)合一眾對藤原仲麻呂不滿的皇族和貴族，策劃謀反，試圖在田村宮暗殺藤原仲麻呂，廢除大炊王的儲君之位，以右大臣藤原豐成為中心號令天下，逼孝謙天皇退位，并在鹽燒王、道祖王、黃文王、安宿王四王中選一人為新天皇。但后來經(jīng)人告密，橘奈良麻呂一黨被捕，最終成為443人被流放的大事件。橘奈良麻呂、道祖王、大伴古麻呂等被嚴(yán)刑拷打死于獄中。

758年（天平寶字2年），大炊王接受孝謙天皇讓位，即位成為天皇。但繼位后，政治的實權(quán)幾乎都被藤原仲麻呂掌握，而且受到藤原仲麻呂的后臺光明太皇太后（藤原光明子）的強烈影響。藤原仲麻呂出任太保（右大臣），更改了一部分官廳和四等官的名稱，中衛(wèi)府改為鎮(zhèn)國衛(wèi)，兼任鎮(zhèn)國太尉（太尉是長官）。另外藤原仲麻呂還受賜“朝臣”之姓，加“惠美”之氏，名改為“押勝”，是為藤原惠美朝臣押勝。淳仁天皇還賜封藤原仲麻呂封戶三千戶、功田一百町，并下敕令宣布藤原仲麻呂可以私鑄錢、放高利貸及使用家印。藤原仲麻呂推行了提高中男、正丁的服役的最低年齡，雜徭減半，創(chuàng)設(shè)問民苦使、平準(zhǔn)署等德治政策。

同年，大唐爆發(fā)安祿山之亂的消息傳到日本，藤原仲麻呂從大宰府開始，在諸國嚴(yán)令防備。759年（天平寶字三年），因為新羅對日本的使節(jié)無禮，藤原仲麻呂下令準(zhǔn)備征伐新羅，動員了軍船394只、兵士4萬700人，制定了遠征計劃。這次遠征因為后來孝謙上皇與藤原仲麻呂關(guān)系不和而沒有實行。

762年（天平寶字6年），為孝謙上皇看病的道鏡受到孝謙上皇的寵愛，卻遭到淳仁天皇的排斥。藤原仲麻呂通過淳仁天皇，對孝謙上皇與道鏡的關(guān)系進行勸諫，此舉使孝謙上皇震怒。

同年，孝謙上皇為了再度掌握天皇大權(quán)，宣告“由今開始，淳仁天皇主持祭祀和小事，國家的賞罰、大事由朕行使”。由此，政治權(quán)力或轉(zhuǎn)移到孝謙上皇那里，或因御璽的依然由淳仁天皇保持而仍能行使天皇權(quán)力，歷史學(xué)家還沒有取得共識。

764年（天平寶字8年），藤原仲麻呂之亂爆發(fā)后，淳仁天皇并沒有參與其最大的保護人藤原仲麻呂的叛亂行動之中。其原因據(jù)說一是淳仁天皇的行動已經(jīng)被孝謙上皇所拘束；二是淳仁天皇放棄了藤原仲麻呂，尋求與孝謙上皇和解的可能性（藤原仲麻呂無法將淳仁天皇拉進自己的陣營，不得己只能企圖擁立鹽燒王為新天皇）。

叛亂爆發(fā)后的第二個月，孝謙上皇的軍隊包圍了淳仁天皇居住的中宮院，以“與藤原仲麻呂關(guān)系緊密”為理由宣告廢除淳仁天皇，以親王的待遇放逐到淡路國。但是，跟隨淳仁天皇到淡路的官員也有很多，在平城京（奈良）也有希望淳仁天皇復(fù)辟的勢力。感到政治危機感的孝謙上皇，于第二年的765年（天平神護元年）2月命令淡路國的國守佐伯助等人強化對淳仁天皇的警戒。這一年的10月，淳仁天皇企圖逃跑，被捕后于第二日在院中去世。正式公布的死因是病故，但實際上逃跑時被加害的可能性很大。

1870年（明治3年）淡路廢帝與弘文天皇（大友皇子）、仲恭天皇一起被明治天皇追封為天皇�！按救侍旎省敝�名由此而來。1873年（明治5年），淳仁天皇與同樣死于流放地的崇德天皇一起被合祀于白峰神宮。

藤原仲麻呂扶持與自己關(guān)系親密的大炊王（淳仁天皇）繼位后，藤原仲麻呂專橫朝政，盛極一時。淳仁天皇夾在孝謙上皇和藤原仲麻呂之間，實際上無太多實權(quán)。孝謙上皇難以寬忍藤原仲麻呂的專橫，極力爭取反對藤原仲麻呂的各種社會勢力與之抗衡。當(dāng)時遭藤原仲麻呂政權(quán)排斥的寺院勢力，即是孝謙上皇積極爭取的目標(biāo)之一。孝謙上皇與道鏡一拍即合，并非由于道鏡個人的魅力，其實是孝謙上皇急欲同佛教寺院勢力相結(jié)合的反映。

曾祖：舒明天皇

祖父：天武天皇

父親：舍人親王

母親：當(dāng)麻真人山背

伯父：高市皇子

伯父：草壁皇子

伯父：大津皇子

堂姑：持統(tǒng)天皇

堂姑：元明天皇

堂伯：弘文天皇

堂姐：元正天皇

堂兄：文武天皇

堂姐：吉備內(nèi)親王

堂侄：圣武天皇

堂侄孫女：孝謙天皇