福岡縣人，遠(yuǎn)祖即是死戰(zhàn)大阪七將之一的明石全登，黑田藩士明石助九郎次子。3歲時，父親因支持 勤王倒幕，被密告而切腹自殺，從小由外婆家撫養(yǎng)。1881年2月入陸士舊6期，1883年12月25日授予陸軍少尉軍銜。歷任步兵第12聯(lián)隊附，步兵第18聯(lián)隊附，陸軍戶山學(xué)校教官。1889年12月9日畢業(yè)于陸軍大學(xué)第5期。在校期間成績不是很好，而且為人很怪，一般人都無法和他交往。步兵第5聯(lián)隊附，參謀本部出仕，參謀本部第一局員，甲午中日戰(zhàn)爭任近衛(wèi)師團參謀，并隨近衛(wèi)師團攻臺。參謀本部第三部員，印度支那出差，菲律賓出差，參謀本部部員，清國出差，法國公使館附武官，學(xué)會了七門外語，日俄戰(zhàn)爭時期在日本情報之父福島安正推薦下任駐沙俄公使館附武官，駐彼得堡。參謀本部附（歐洲巡回武官，駐斯德哥爾摩），駐德國武官，進行特工活動，戰(zhàn)后步兵第7聯(lián)隊長，1907年10月4日晉升陸軍少將。第14憲兵隊長，韓國駐扎憲兵隊長，朝鮮駐扎軍參謀長兼韓國駐扎憲兵隊長，朝鮮駐扎憲兵隊司令官兼朝鮮總督府警務(wù)總長，幫了第一任朝鮮總督寺內(nèi)正毅的大忙，回國任參謀次長，幫助山縣有朋用西門子事件搞垮了有海軍之父稱號的山本權(quán)兵衛(wèi)內(nèi)閣，1915年第6師團長，1915年11月7日授予勛一等旭日大綬章。1918年6月6日任第7任臺灣總督，7月2日晉升陸軍大將。臺灣總督兼臺灣軍司令官。主持修建了一系列水電工程，還允許臺灣人進入帝國大學(xué)（李登輝就是京都帝大畢業(yè)的）。明石在臺灣的作為，當(dāng)時即有人評價他是未來總理大臣的人選，卻于1919年7月生病，回日本家鄉(xiāng)靜養(yǎng)，10月19日腦溢血，對醫(yī)生說：“人畢竟是脆弱的”，即陷入昏迷，1919年10月26日在日本去世，留遺言埋骨臺灣。追封男爵。曾獲三級金鵄勛章。外甥陸軍少將明石泰二郎（陸士27）。他的墓地在日本戰(zhàn)敗以后也沒有人管，成了國軍老兵們的貧民窟。

在評介明石最偉大的功勛時，幾乎都指向其在日俄戰(zhàn)爭時期的駐歐州顛覆活動，完成了幾乎不可能完成的敵后工作任務(wù)。在日俄開戰(zhàn)之前，美國國務(wù)院一位智囊官員即向日本駐美大使金子堅太郎建言：日本應(yīng)趕緊設(shè)法使俄國腹背受敵，分散其軍隊力量，亦即煽動分散在北歐各國的俄國不滿份子，并在俄國內(nèi)進行擾亂工作，其經(jīng)費不過三百萬日圓。日本面臨這場帝國興亡之戰(zhàn)，明治天皇在御前會議上，主戰(zhàn)與慎重兩派不相上下，最后由天皇決議：一、 掌握情勢以引導(dǎo)非戰(zhàn)方向為宜。二、 要使俄國無法進行大規(guī)模戰(zhàn)爭（最小局限的戰(zhàn)爭）。三、 無法避免開戰(zhàn)時，要用非常手段促成俄國國內(nèi)反戰(zhàn)、反政府活動，造成自然戰(zhàn)爭停止的可能性。1904年2月，日俄戰(zhàn)爭爆發(fā)，明石即接獲參謀本部根據(jù)第三項決議，對俄進行擾亂工作的極密指令；兒玉參謀次長也同時給明石一封電報表明：帝國外交日益艱困，今唯仗貴官突破。明石曾就俄國情勢寫了一篇報告書名稱「落花流水」（為何賦予這樣瀟灑的名稱不得而知）內(nèi)容為：一、 俄國皇室的腐敗及其國民反抗歷史。二、 俄國農(nóng)業(yè)制度的特殊性及農(nóng)奴狀況。三、 虛無主義、無政府主義、社會主義的起因及活動。四、 俄國異議份子特質(zhì)及其活動狀況。五、 革命黨重要人物志。六、 與革命黨的聯(lián)絡(luò)及擾亂工作的開始。七、 諜報活動的大概及暗號制作。八、 有關(guān)諜報活動苦心談。九、 俄國革命成功及帝俄沙皇必然崩潰。這充分顯示明石對俄國歷史及其國內(nèi)政局演變的了解與掌握，另外他對歐洲各國的文書情報（報紙、雜志等），特別重視，很用心去搜集、整理、分析，因平時下工夫，才能使其工作得以開展。

明石為執(zhí)行任務(wù)，向參謀本部提出工作資金預(yù)算100萬日圓，可謂一筆龐大的經(jīng)費，要知道那時連兵庫縣知事，省軍級干部的工資每月都只有100日洋出頭！參謀本部一時畏縮，當(dāng)時參謀次長岡外史中將則完全信任他，并表示不問這些錢是如何花掉的。1904年他在日內(nèi)瓦找到了列寧，提出日本政府愿以資金援助列寧所領(lǐng)導(dǎo)的社會主義運動。列寧一開始以背叛祖國的理由拒絕接受，明石于是以“你身為韃靼人（列寧母系是蒙古人），推翻號稱民族監(jiān)獄的羅曼諾夫王朝才是最大的愛國。”于是列寧委托托洛茨基用這筆錢做活動經(jīng)費，進行了一系列顛覆活動。1904年沙俄內(nèi)政部長維亞切斯拉夫·馮·普勒韋的被暗殺，1905年1月22日彼得堡的“星期日慘案”，一日之間4600名請愿的工人被打死打傷。6月戰(zhàn)艦“波將金號”嘩變的“六三”政變，都可以找到他的暗影。這些就是后世所稱1917年革命的總演習(xí)的俄國1905年革命。除此之外，還布置情報通信網(wǎng)、策反俄國軍官、煽動波羅的海三小國獨立運動、會見芬蘭獨立領(lǐng)袖，阻礙兵力的運輸、秘密偷渡武器給反帝俄組織、與英國政府密切合作、引導(dǎo)歐洲輿論對日友好（有駐英國武官宇都宮太郎幫忙）等，工作量及困難度均超乎想像。

以一個四十一歲正值中年盛期的日本軍人，身處完全人地生疏的歐洲異國，語言、風(fēng)俗、習(xí)慣不同，孤軍奔走，而俄國反情報人員隨時跟蹤，他抄寫了許多漢詩表示心境：“今夜不知何處宿， 明朝晴雨喜憂間”；“功名何心望王公， 雄心足伸千里風(fēng)。成敗任天天若墨 ，白帆一片驚濤中”；“友愛情深忘故鄉(xiāng)，追隨到處凌風(fēng)霜，別離休說斷腹事，成敗回頭夢一場”。

明石曾在俄國支援異議份子，反對勢力；在朝鮮曾為憲兵司令，有殖民統(tǒng)治的經(jīng)驗；加上本身曾留學(xué)德國，受過歐洲文明的洗禮，在日本高級將領(lǐng)中應(yīng)較屬于開明派。據(jù)說在日韓合并時，漢城有十來萬群眾示威抗議，明石手下建議出動軍隊鎮(zhèn)壓，明石則指示用高壓水槍驅(qū)散。

明石赴臺履任時，接受政客杉山茂丸建言：日本內(nèi)地人統(tǒng)治臺灣的第一要義就是要將雙方立于平等地位。歷任十九位總督中，應(yīng)是比較“愛臺灣”的一位，在短短一年又四個月的任期內(nèi)，推動多項建設(shè)，政績確屬斐然：創(chuàng)立臺灣電力株式會社及日月潭水力發(fā)電事業(yè)，公布實施臺灣教育令（學(xué)校教育體系化），司法制度的改革（三級審判），設(shè)立華南銀行，設(shè)立北高等商業(yè)學(xué)校（臺北大學(xué)法商學(xué)院前身），鋪設(shè)、開通縱貫鐵路中部海岸線，頒布臺灣森林令，明石是有雄才大略的人，為使臺灣為南進的基地，當(dāng)然要“殖產(chǎn)興業(yè)”，而最重要的基礎(chǔ)建設(shè)就是水力發(fā)電，然預(yù)算資金超過三千萬日圓，明石大膽采取募股方式，初出股款每股12.5圓，可是頂讓權(quán)利的行情即飆至40多日圓，在盛況空前時，有人勸他挪用一些股票，均被他嚴(yán)斥駁回。

明石雖是武將，但頗富經(jīng)略思想，既要南進，就要有龐大的資金，而最有效的經(jīng)營手段，就是金融銀行，所以促使板橋林家的林熊征籌組華南銀行，做為臺灣擴大對外發(fā)展的媒介。

日軍副總參謀長長岡外史說：“明石大佐一個人就等于十個師團”；德意志帝國皇帝威廉二世也說：“明石元二郎一人，其成果超越日本滿州20萬大軍“；日本史學(xué)家說：“沒了乃木希典大將，旅順也拿下來了（最后在旅順戰(zhàn)役中親自指揮的是兒玉源太郎總參謀長）。沒了東鄉(xiāng)平八郎大將，日本海大海戰(zhàn)也能贏。（山本權(quán)兵衛(wèi)海相起用東鄉(xiāng)平八郎的理由是很奇怪的：“這小子一貫運氣好” 。起草作戰(zhàn)計劃的是聯(lián)合艦隊的第一參謀秋山真之）。但要是沒了明石元二郎大佐，日本決不能贏得日俄戰(zhàn)爭”。

明石具機敏反應(yīng)能力，特注重數(shù)據(jù)的統(tǒng)計分析，沒事就喜歡逛逛賭場，他看著圓盤上的指針瘋狂地旋轉(zhuǎn)，腦袋也跟著飛速運算，每每都能正確指出指針對著的數(shù)字，最后賺的盆滿缽滿，后來被摩納哥賭場拒絕進入。據(jù)說有這種待遇的日本人只有兩個，除了他還有一個就是二戰(zhàn)時期的聯(lián)合艦隊司令山本五十六。他精通8國外語，性格古怪，不拘小節(jié)，不愛洗澡，衣服不穿到破不換，身邊永遠(yuǎn)有一只小貓，他不修邊幅到了變態(tài)的程度。一次去晉見山縣有朋元帥，談他的設(shè)想，談著談著想撒尿了，憋又憋不住，這位就那么坐在那里撒起來了！一直把山縣元帥的鞋都弄濕。后來問他干嘛不去廁所？他的回答居然是：“那不太煩了嘛”。他的行為超越一般武士道儒教式的典型范疇，能深深體會現(xiàn)代戰(zhàn)爭是一種物理能量及政治策略沖擊的產(chǎn)物，所以能在情報史上享有盛名。