張鵬翼幼年雖處于戰(zhàn)亂、饑饉相繼，人民顛沛流離，社會十分動亂的情況下，也從不荒廢學業(yè)，仍積極奮發(fā)上進。當清廷統(tǒng)治福建后，統(tǒng)治者為了政治安定，經(jīng)濟發(fā)展，必須收買民心，籠絡知識分子，便采取了開科取士的措施。知識分子在新王朝的統(tǒng)治下，企圖通過金榜掛名，進入仕宦統(tǒng)治階層。故張鵬翼“亦刻意場屋之學”，希望仕途暢達，科舉揚名，而勤奮苦讀于囊螢映雪之中。但他的治學目的，曾明確表示要繼承朱熹“學以致用”的思想，他說：“讀書當思實踐，毋徒事文藝”，這樣一來，他參加科舉考試自然就難得勝而歸了。盡管“屢試不第，而好學之心不倦�！�

康熙十三年（1674）三藩叛亂，耿精忠給福建人民帶來莫大災難。這時已經(jīng)四十歲的張鵬翼無意于仕途進取，于是“棄舉業(yè)，乃返初志”，“終日端坐，跬步不茍”，埋頭鉆研古籍，“銳志問學，虛心集益”，開始認真研究《近思錄》及《朱子全集》。后十年（五十歲）始學習薛文清的《讀書錄》，但因連城新泉僻處萬山叢中，無師友可為共同磋商探討或請教，只好獨坐蕓窗，反復琢磨，刻意求工，探求真諦。終于在學術研究上取得了突破，由是聲名漸播，而成為一代理學巨子。同代人當湖陸清獻與張鵬翼性格相近，皆尊崇程、朱理學為儒學正宗，學術上文字往來，交誼甚密。后來，漳浦蔡文勤聞其名，曾手書“醇學”二字，表彰其鄉(xiāng)里家族。

張鵬翼一生著作很多，刊刻行世的有《理學入門》、《將相諫三譜》（又名《立朝三譜》）、《史案》、《中華世統(tǒng)圖說》、《芝壇雜說》、《四書五經(jīng)說略》、《日讀小記》、《圣道元亨頌》、《負歲錄》、《桑梓錄》、《警世格言》、《芝壇文集》等。

康熙五十四年，一生辛勤治學的張鵬翼，在取得豐碩成果后離開了人世，享年八十三歲。