光宗即位，曾向閣臣詢問：“舊講官董先生安在？”由于曾為光宗的老師，懂氏的政治生涯因而發(fā)生了改變。起任太常寺少卿，掌國子監(jiān)司業(yè)。天啟二年（1622年），改兼翰林院侍讀學(xué)士，篡修實錄。奉詔到江南一帶，采錄諸司掌故。將萬歷一朝的章奏、案牘輯為三百本。另外，內(nèi)閣中保存了大量的群臣奏疏，董氏挑選其中有關(guān)國本、藩封、人才、風(fēng)俗、河渠、食貨、邊防等方面，言論實事求是、穩(wěn)妥可用的奏疏，編輯為四十卷，并且在每篇奏書后面加上自己的論斷。此書得到熹宗的稱贊。熹宗三年（1623年）遷少詹事，掌南京翰林院，轉(zhuǎn)禮部右侍郎。四年（1624年）， 充篆修實錄副總裁，同知經(jīng)筵。不久轉(zhuǎn)任左侍郎。五年（1625年）遷南京禮部尚書。時值宦官專政，深自引退，明哲保身。崇禎四年（1631年），拜禮部尚書掌詹事府事。七年（1634年），進太子太保。自覺年老體衰，要求致仕。但當(dāng)時天下多事，董氏做為前朝元老，為明代思宗所倚重，因此沒有得到批準(zhǔn)。五次上書，于正月十九日致仕。回鄉(xiāng)后，又過了九年，于丙子（1636年）仲冬九日忽痰作，不三而逝，卒年八十二。贈太子太傅，誼“文敏”。附葬于蘇州吳縣胥口鄉(xiāng)漁洋里其父董漢儒的墓旁。 　　崇禎年間，在明“清軍局”的舊址上修建董文敏祠，據(jù)實地調(diào)查與參照松江當(dāng)?shù)仄渌麄鹘y(tǒng)祠堂規(guī)制而建，其地寬衍，連溪環(huán)沼，全部面積在1500平方米左右。據(jù)當(dāng)?shù)亻L者及傳為董其昌第十七代孫董兆昌等的回憶與現(xiàn)存董祠（殘）的照片，并參以松江傳統(tǒng)建筑形制，可大致復(fù)原其早年的規(guī)模。董祠的面寬約14米，總進深約90米，為磚木結(jié)構(gòu)中軸對稱的封閉式院落建筑，共有三進建筑。董祠門前左右有一對青石所雕的坐獅。門廳前有一塊14×4米的場地，門廳為三間七架。門廳枋上懸有清代康熙四十四年(1705年)巡幸松江時所題的“董其昌祠”匾。門廳內(nèi)西側(cè)豎有“回避”、“肅靜”、“追封太子太傅”、“賜誼文獻(xiàn)”、“南京禮部尚書”、“賜進士出身”諸牌。門廳后有穿廊，連接儀門，過儀門廳院北有碑廳。碑廳概為三間七架梁，，碑廳中央豎三塊康熙帝御書碑。兩側(cè)兩塊為佛經(jīng)，中間為康熙贊董其昌書法的御書碑；