宣統(tǒng)二年（1910），西雙版納勐遮土司兵亂，率軍平定。1912年，任思茅廳同知，提《治邊十二條陳》，主張“土流并治”，為當局采納，遂設普思沿邊行政總局，任總局長，后改稱殖邊總辦，歷十余年。在職期間，團結邊地宣慰使及各勐土司，統(tǒng)一政令，衛(wèi)護邊防，加強了邊疆與內地的聯(lián)系，功績顯著，名揚邊陲。

柯樹勛少小聰穎，好交游，喜技擊、走馬、騎射，應試選武庠生。清光緒七年（1881）越南戰(zhàn)起，柯即從軍，投入岑毓英部總兵何元鳳部下，為援右營幫帶。光緒十年，柯率軍攻克臨挑、廣威、不拔等府，法軍兵敗，棄城議和�？聦覒�(zhàn)有功，保升千總，后又調駐開廣營幫帶，防守紅河。再到蒙自、個舊執(zhí)管厘務及勘建南溪鐵路與勘建中越界碑；以功升授鐵路巡防營管帶，率第四營鎮(zhèn)守金平阿百鎮(zhèn)。時值革命軍攻陷河口，柯率部增援收復，滇督錫良大喜，準以知縣任用，率部駐守河口。

宣統(tǒng)二年（1910）西雙版納勐遮土千總刀正經(jīng)糾合景真、勐阿土司土酋反對車里宣慰使，柯樹勛奉令率部入西雙版納，會合普洱鎮(zhèn)總兵蘇掄元日圍夜攻，擊斃叛首刀正經(jīng)，俘戮其余要惡，邊亂平息。

柯平亂有功，調署思茅廳篆兼副營務處，督帶邊防各營，統(tǒng)管善后安撫工作及改流事宜。民國元年（1912），柯由思茅至車里視事。了解傣族土司制度歷史淵源及現(xiàn)狀，參考英國治理緬甸孟艮辦法，擬具《治邊十二條陳》上呈省府，獲準實行。民國2年（1913），省政府批準創(chuàng)設普思沿邊行政總局（轄區(qū)即車里宣慰使司境域），內設司法、教育、實業(yè)、財政、交涉、翻譯六科，柯任總局長。他與各動土司協(xié)定十三條章程，相互守約，實施“設流不改土”。宣慰使司十二版納劃為8個行政區(qū)，設8 個分局。派員編查戶口，委派各區(qū)分局委員。

《十二條陳》內容為：（一）改流。（二）籌款。（三）官守。(四)訴訟。（五）交涉。（六）實業(yè)。（七）國幣。（八）通商。（九）學堂。（十）招墾。（十一）郵電。（十二）練兵�？聵鋭自谖粫r期，認真按12 條施政，與土司關系融洽，相安無事，10余年中政局穩(wěn)定。

他十分重視國家領土主權，親躬勘界，并飭下屬定期巡察界碑，使虎視中國邊界的英、法殖民者不敢輕舉妄動。又命本部第五營兵50 余名帶頭領墾荒地；籌辦富滇銀行車里分行，自兼行長；督導修通思茅一車里一勐海馬幫道路，沿途建站駐兵保護商旅；創(chuàng)設郵電局，辦理郵件商貿匯兌；設立勸學所，在車里倚邦、易武興辦學校，勸導各民族子女人學。民國13 年（1924）6 月12 日，柯樹勛率各勐土司頭人121人到昆明渴見督軍唐繼堯，受到嘉獎，通過觀光，各土司叭目開擴眼界，知道中國幅員廣大，民物眾庶，加深愛國觀念。1925年，“普思沿邊行政總局”奉令改為“普思殖邊總辦公署”，柯任總辦。

1926年5月，柯樹勛因病醫(yī)治無效，卒于車里任所。在臨終前他令總務科長及各邊委員共同清點家中箱柜，查明無私蓄金銀，省督府追贈他為陸軍少將，撥治喪費安葬于瀾滄江北岸三達山。

遺著有《普思沿邊志略》及《龍江詩集》。