宣統(tǒng)二年（1910），西雙版納勐遮土司兵亂，率軍平定。1912年，任思茅廳同知，提《治邊十二條陳》，主張“土流并治”，為當(dāng)局采納，遂設(shè)普思沿邊行政總局，任總局長(zhǎng)，后改稱(chēng)殖邊總辦，歷十余年。在職期間，團(tuán)結(jié)邊地宣慰使及各勐土司，統(tǒng)一政令，衛(wèi)護(hù)邊防，加強(qiáng)了邊疆與內(nèi)地的聯(lián)系，功績(jī)顯著，名揚(yáng)邊陲。

柯樹(shù)勛少小聰穎，好交游，喜技擊、走馬、騎射，應(yīng)試選武庠生。清光緒七年（1881）越南戰(zhàn)起，柯即從軍，投入岑毓英部總兵何元鳳部下，為援右營(yíng)幫帶。光緒十年，柯率軍攻克臨挑、廣威、不拔等府，法軍兵敗，棄城議和�？聦覒�(zhàn)有功，保升千總，后又調(diào)駐開(kāi)廣營(yíng)幫帶，防守紅河。再到蒙自、個(gè)舊執(zhí)管厘務(wù)及勘建南溪鐵路與勘建中越界碑；以功升授鐵路巡防營(yíng)管帶，率第四營(yíng)鎮(zhèn)守金平阿百鎮(zhèn)。時(shí)值革命軍攻陷河口，柯率部增援收復(fù)，滇督錫良大喜，準(zhǔn)以知縣任用，率部駐守河口。

宣統(tǒng)二年（1910）西雙版納勐遮土千總刀正經(jīng)糾合景真、勐阿土司土酋反對(duì)車(chē)?yán)镄�慰使，柯�?shù)勛奉令率部入西雙版納，會(huì)合普洱鎮(zhèn)總兵蘇掄元日圍夜攻，擊斃叛首刀正經(jīng)，俘戮其余要惡，邊亂平息。

柯平亂有功，調(diào)署思茅廳篆兼副營(yíng)務(wù)處，督帶邊防各營(yíng)，統(tǒng)管善后安撫工作及改流事宜。民國(guó)元年（1912），柯由思茅至車(chē)?yán)镆暿�。了解傣族土司制度歷史淵源及現(xiàn)狀，參考英國(guó)治理緬甸孟艮辦法，擬具《治邊十二條陳》上呈省府，獲準(zhǔn)實(shí)行。民國(guó)2年（1913），省政府批準(zhǔn)創(chuàng)設(shè)普思沿邊行政總局（轄區(qū)即車(chē)?yán)镄�慰使司境域），�?nèi)設(shè)司法、教育、實(shí)業(yè)、財(cái)政、交涉、翻譯六科，柯任總局長(zhǎng)。他與各動(dòng)土司協(xié)定十三條章程，相互守約，實(shí)施“設(shè)流不改土”。宣慰使司十二版納劃為8個(gè)行政區(qū)，設(shè)8 個(gè)分局。派員編查戶(hù)口，委派各區(qū)分局委員。

《十二條陳》內(nèi)容為：（一）改流。（二）籌款。（三）官守。(四)訴訟。（五）交涉。（六）實(shí)業(yè)。（七）國(guó)幣。（八）通商。（九）學(xué)堂。（十）招墾。（十一）郵電。（十二）練兵�？聵�(shù)勛在位時(shí)期，認(rèn)真按12 條施政，與土司關(guān)系融洽，相安無(wú)事，10余年中政局穩(wěn)定。

他十分重視國(guó)家領(lǐng)土主權(quán)，親躬勘界，并飭下屬定期巡察界碑，使虎視中國(guó)邊界的英、法殖民者不敢輕舉妄動(dòng)。又命本部第五營(yíng)兵50 余名帶頭領(lǐng)墾荒地；籌辦富滇銀行車(chē)?yán)锓中�，自兼行長(zhǎng)；督導(dǎo)修通思茅一車(chē)?yán)镆慧潞ｑR幫道路，沿途建站駐兵保護(hù)商旅；創(chuàng)設(shè)郵電局，辦理郵件商貿(mào)匯兌；設(shè)立勸學(xué)所，在車(chē)?yán)镆邪�、易武興辦學(xué)校，勸導(dǎo)各民族子女人學(xué)。民國(guó)13 年（1924）6 月12 日，柯樹(shù)勛率各勐土司頭人121人到昆明渴見(jiàn)督軍唐繼堯，受到嘉獎(jiǎng)，通過(guò)觀光，各土司叭目開(kāi)擴(kuò)眼界，知道中國(guó)幅員廣大，民物眾庶，加深?lèi)?ài)國(guó)觀念。1925年，“普思沿邊行政總局”奉令改為“普思殖邊總辦公署”，柯任總辦。

1926年5月，柯樹(shù)勛因病醫(yī)治無(wú)效，卒于車(chē)?yán)锶嗡�。在臨終前他令總務(wù)科長(zhǎng)及各邊委員共同清點(diǎn)家中箱柜，查明無(wú)私蓄金銀，省督府追贈(zèng)他為陸軍少將，撥治喪費(fèi)安葬于瀾滄江北岸三達(dá)山。

遺著有《普思沿邊志略》及《龍江詩(shī)集》。