在抗日戰(zhàn)爭和解放戰(zhàn)爭中，耿鑒庭先生思想進(jìn)步，擁護(hù)共產(chǎn)黨的主張。其間，多與揚(yáng)州江樹峰、陸勤等進(jìn)步人士結(jié)交來往，傳遞進(jìn)步書刊，積極參與進(jìn)步活動，對其解放后在黨的領(lǐng)導(dǎo)下從事中醫(yī)事業(yè)奠定了思想基礎(chǔ)。

新中國成立后，耿鑒庭先生曾以揚(yáng)州醫(yī)界代表身份被推舉為揚(yáng)州市人民代表，積極投入揚(yáng)州醫(yī)藥衛(wèi)生界和文化界各項(xiàng)振興工作，并對揚(yáng)州文博圖書事業(yè)建設(shè)做出一定貢獻(xiàn)。1953年和1954年，耿鑒庭先生數(shù)次應(yīng)召參與籌建中醫(yī)研究機(jī)構(gòu)的活動。1955年，奉衛(wèi)生部調(diào)令，赴京參加衛(wèi)生部中醫(yī)研究院的建院工作，時年40歲，是全國征集突出建樹中醫(yī)醫(yī)、教、研人才中最年輕的。赴京以后，在科研、教學(xué)、臨床諸方面都發(fā)揮了積極的作用。

耿鑒庭先生是一位有近70年臨床實(shí)踐的著名中醫(yī)，他數(shù)十年如一日，勤勤懇懇，全心全意為患者服務(wù)。早年在揚(yáng)州行醫(yī)期間，以中醫(yī)辨證施治為主，輔以西醫(yī)手段，內(nèi)、外、喉科兼治，在揚(yáng)州醫(yī)界獨(dú)樹一幟。每日應(yīng)診者多至百人，療效斐然，活人無算。耿氏醫(yī)道，以治病救人為本，貧病者施診施藥，從不計較報酬。每有夜半敲門求診者，無論寒暑，無論貴賤貧富，即刻赴診，以解危急。醫(yī)風(fēng)醫(yī)德，樂善好施，有口皆碑。先生進(jìn)入中醫(yī)研究院以后，從未脫離臨床，參加過多種醫(yī)療協(xié)作，曾被派赴酒泉鋼鐵公司和北京順義深入基層為工農(nóng)服務(wù)，贏得了患者的愛戴。在調(diào)入西苑醫(yī)院后，專攻耳鼻喉科。因此，在中醫(yī)治療耳鼻喉科方面頗有建樹，先后編寫了《喉科正宗》《咽喉科傳燈錄》等書，詳細(xì)介紹了耿氏喉科的特點(diǎn)。尤其在醫(yī)治急癥、大癥、重癥、危癥方面，有獨(dú)到之處。他治療急性會厭炎有高度成就，使大量患者免遭插管及氣管切開之苦。在鼻病方面，他創(chuàng)立了鼻科湯液十二法，并著有《中醫(yī)中藥防治鼻病》一書，將鼻病治療系統(tǒng)化，規(guī)范化，為中醫(yī)鼻病的發(fā)展奠定了良好的基礎(chǔ)。先生對耳病也有相當(dāng)?shù)难芯�，尤其對中毒性耳聾，提出了以補(bǔ)腎解毒為治療大法，取得了可貴的成就。為了有效地推廣和交流耳鼻喉科學(xué)術(shù)成果，先生籌組了中國中西醫(yī)結(jié)合耳鼻喉科學(xué)會。

耿鑒庭先生應(yīng)診之余，于文史方面涉獵頗廣。在目錄學(xué)、訓(xùn)詁學(xué)、金石學(xué)、古器物學(xué)、文物考古方面均有相當(dāng)研究。對揚(yáng)州文獻(xiàn)、文物的搜集、保護(hù)不遺余力。其中，尤對醫(yī)藥文獻(xiàn)、醫(yī)藥文物更加注意，對中醫(yī)古籍文獻(xiàn)的整理也做出重要貢獻(xiàn)。他以中醫(yī)研究院創(chuàng)建時所集的中醫(yī)古籍為基礎(chǔ)，發(fā)起與北京圖書館協(xié)作，把全國60多家圖書館珍藏的中醫(yī)書，編成全國第一部《全國中醫(yī)圖書聯(lián)合目錄》，作為國慶十周年獻(xiàn)禮。特別是他在改革開放以后還主編了《 廣陵醫(yī)籍叢刊》，遍收揚(yáng)州醫(yī)家及流寓揚(yáng)州的外籍醫(yī)家著作的各種刻本與稿本，在每項(xiàng)著作前都加入題跋及序，使揚(yáng)州地方中醫(yī)典籍的特點(diǎn)及成就得以宏揚(yáng)，從而開中醫(yī)地方典籍出版之先河，豐富了中醫(yī)典籍的寶庫。70年代末，經(jīng)先生多方奔走，艱辛努力，在陳翰伯、王子野的支持下，成立了中醫(yī)古籍出版社，先生任副社長兼總編輯，為中醫(yī)古籍整理出版作了大量工作，從而使中醫(yī)孤、善本的搜集整理編纂工作走上專業(yè)化、系統(tǒng)化的道路。

作為醫(yī)史學(xué)家，耿鑒庭先生于30年代即開始醫(yī)史的研究�？箲�(zhàn)勝利后，上海醫(yī)史博物館成立，先生積極參與其事，為其中堅人物。耿鑒庭先生在醫(yī)史方面的貢獻(xiàn)，主要表現(xiàn)在開拓了以文物考古為基礎(chǔ)的醫(yī)史學(xué)研究新途徑，從而豐富了醫(yī)史學(xué)的內(nèi)容。在他擔(dān)任北京醫(yī)史學(xué)會主任委員期間，發(fā)起了對蒙、藏醫(yī)藥學(xué)的研究，對道家丘處機(jī)的研究，都有極深遠(yuǎn)影響。對故宮博物院收藏醫(yī)療器具和醫(yī)藥檔案的研究，發(fā)表過系統(tǒng)的論文，對長沙馬王堆一號漢墓醫(yī)藥文物及其女尸，以及河北滿城中山靖王墓更是親臨現(xiàn)場詳加考研，成果卓著。他對為中日科技文化交流作出重要貢獻(xiàn)的鑒真大師及其醫(yī)學(xué)成就有深刻研究。在他和其他人士的呼吁下，70年代于揚(yáng)州建立了鑒真紀(jì)念堂。

在鑒真大師塑像回國探親時，被國務(wù)院委任為迎接委員，并寫有《中日科技交流史上的鑒真》一書。先生畢生所發(fā)表的200余篇論文，以醫(yī)史文物考占為大宗，奠定了醫(yī)史學(xué)的一個重要門類。耿鑒庭先生的一生，是中國傳統(tǒng)文化所造就的知識分子 的典型的一生，自幼以溫柔敦厚的詩教，塑造出處世正直， 與人為善，寵辱不驚，自奉菲薄，豁達(dá)大度的美德。凡與他接觸過的人，無不留有深刻的印象。耿鑒庭先生熱心教學(xué)，50年代即開始在中醫(yī)高等院校講授《中國醫(yī)學(xué)史》《內(nèi)經(jīng)》《傷寒論》《醫(yī)古文》等課程，晚年仍兼中國中醫(yī)研究院研究生部客座教授，經(jīng)常舉辦專題講座。他一生帶過大量學(xué)生，進(jìn)修生，可謂桃李遍天下。研究生制度恢復(fù)后，他帶過多名研究生，他把自己的學(xué)識、經(jīng)驗(yàn)毫無保留地傳授給他們，其中一些已成為中西醫(yī)方面的杰出人才，從而為祖國中醫(yī)事業(yè)的發(fā)展作出貢獻(xiàn)。耿鑒庭先生于晚年曾說，我已如蠶開始上山結(jié)繭，要將所有的絲全部吐出來，嘉惠來者�？上�十年重病纏身，影響了他的宏愿實(shí)現(xiàn)。即使在病中，他仍然以拳拳之心，在學(xué)生的協(xié)助下，完成了《咽喉科傳燈錄》等帶有總結(jié)性的著述。凡有登門求教，求診，求序者，均能以驚人的記憶力，獨(dú)創(chuàng)的分析力和文采使其滿意而去。先生于1999年7月20日2時15分病逝，享年85歲。耿鑒庭先生曾任衛(wèi)生部醫(yī)學(xué)科學(xué)委員會委員，國家科委預(yù)防醫(yī)學(xué)組常務(wù)委員，中華全國中醫(yī)學(xué)會常務(wù)理事，中華醫(yī)學(xué)會醫(yī)史學(xué)會副主任委員，《中華醫(yī)史雜志》副總編輯，全國中醫(yī)中心圖書館副館長，中醫(yī)古籍出版社副社長兼總編輯，中國中醫(yī)研究院學(xué)術(shù)委員會委員，學(xué)位委員會委員，北京市人民政府專業(yè)顧問，中國中醫(yī)研究院研究員，專家咨詢委員會委員，國務(wù)院古餌整理出版規(guī)劃小組顧問，《中國中西醫(yī)結(jié)合耳鼻咽喉科雜志》名譽(yù)總編輯，中國自然科學(xué)史學(xué)會會員，中國海外交通史學(xué)會會員，中外關(guān)系史學(xué)會會員，中國科學(xué)技術(shù)史學(xué)會會員。1990年第一批享受國務(wù)院頒發(fā)的政府特殊津貼。

耿鑒庭先生于醫(yī)界以通達(dá)博雅著稱，各家學(xué)說無不通曉，但從不以一宗一派自詡麗固于成見。，臨床辨征處方，兼容優(yōu)長，理法精嚴(yán)，運(yùn)用得心應(yīng)手，尤得力于精通醫(yī)史，對中醫(yī)學(xué)術(shù)之傳承變化，方藥之更新發(fā)展，或中外文化交流對中醫(yī)學(xué)之影響，考古推新，不但于理論多所建樹，于實(shí)踐亦多有發(fā)揮。章士釗先生著述《柳文指要》付梓之時，特收入先生《書論石鐘乳書后》一文，對服寒石散之源流詳為疏證，即可見其一斑。即章老晚年，疾恙亦多延用先生之方藥。

耿鑒庭先生于文史藝術(shù)界中，多與權(quán)威名流交往密切，尤于長者，相處于師友之間，砥礪切磋，獲益匪止一端，其學(xué)養(yǎng)之隆厚，醫(yī)道之榮秀，蓋深植于傳統(tǒng)文化之沃壤中也!先生成一代名醫(yī)，實(shí)一代之儒醫(yī)也!

贊曰：

六代醫(yī)家，書香所傳。

嫻熟經(jīng)史，揮灑詩文。

青囊濟(jì)世，丹散活人。

望重鄉(xiāng)梓，名聞京城。

仁術(shù)仁心，崇矣先生!