陳南祿中學就讀于香港華仁書院，后進入 香港大學，曾入住利瑪竇堂。1977年于港大畢業(yè)，取得政治及歷史學位。畢業(yè)后加入國泰航空，曾被派駐日本 東京、 北京等地。1984年在香港大學取得工商管理碩士學位。1989年獲委任為太古有限公司及太古(中國)有限公司駐北京首席代表兼總經(jīng)理。

1992年，陳南祿回到國泰，出任國泰東南亞地區(qū)總經(jīng)理，長駐于新加坡。1994年被調(diào)至國泰航空旗下港龍航空，出任行政總裁。1997年被升任國泰副董事總經(jīng)理，1998年獲委任為常務總裁。2004年底接替唐寶麟出任國泰航空行政總裁，是首位擔任此職位的華人。

在陳南祿接掌國泰后,國泰航空與 港龍航空成功合并,并藉建立互控關(guān)系,加強了國泰與 中國航空的合作關(guān)系。此一連串的事件被普遍認為促進了國泰的長遠發(fā)展,屬于其任內(nèi)之最大功績。

2006年8月，陳南祿獲委任為 香港賽馬會董事。同月,他開始出任 香港迪士尼樂園董事,為期2年。

2007年3月8日，在其公布國泰航空2006年全年業(yè)績翌日,國泰航空（0293）宣布，陳南祿將辭任其行政總裁職務，2007年7月1日正式生效。同日起他會調(diào)往太古有限公司（0019）旗下太古（中國）有限公司出任該公司主席職位，以及加入太古地產(chǎn)及太古飲料董事局，但屆時陳南祿會繼續(xù)留任國泰董事局擔任非常務副主席。 2010年4月27日,香港恒隆地產(chǎn)宣布，7月15日起，英資太古集團要員陳南祿將出任該公司和恒隆集團的董事總經(jīng)理。侍主三十三載后,55歲太古老將陳南祿的主業(yè),突然從“天上”變成了“地上”。

2000年起，陳南祿在香港《 文匯報》以“遨天”為筆名撰寫旅游專欄，分享他被派駐海外及公余旅游的見聞經(jīng)歷，并集結(jié)成多本散文集，包括：

《藍天綠地》 ISBN 988201481X

《寫我游情》 ISBN 9882018130

《風花說日》 ISBN 9882111688

2000年 香港 太平紳士

2002年 香港 銀紫荊星章

2004年 香港科技大學工商管理學榮譽博士學位