但院廳并不具備自己的常備軍隊，所以他開始注重和依靠嶄露頭角的武士集團(tuán)。為了利用在平治之亂中打敗源氏的平氏集團(tuán)，后白河上皇提拔平清盛為太政大臣。平清盛學(xué)會通過外戚進(jìn)入中央的策略，把養(yǎng)女送給后白河上皇為妃，生子憲仁親王被立為太子。

平氏取代了藤原家族成了勢焰熏天的外戚貴族。憑借軍事力量，通過施展權(quán)術(shù)，安插親信，反過來對皇室和貴族加以控制，致使后白河上皇日后付出沉重的代價。雖然六條天皇是后白河上皇的孫子，但畢竟隔了一代，他仍然希望自己的兒子加冕為天皇，1168年，他迫不及待地將5歲的六條天皇趕到一邊，讓8歲的憲仁親王繼位，是為高倉天皇。5歲的六條上皇于8年后去世，年僅十三歲。