1918年，吳鴻麒自日殖時期臺灣總督府國語學校師范部（臺北師范學校前身）畢業(yè)后，通過乙種教諭試驗，先后于龍?zhí)�、中壢兩公學校任教，后離職去中國大陸，入上海協(xié)和大學就讀，后赴日本，轉(zhuǎn)日本大學法科。1928年畢業(yè)，并于1930年取得律師資格。翌年返臺，于10月在臺北建成町（今臺北市大同區(qū)）立所開業(yè)，成為日殖時期的臺籍執(zhí)業(yè)律師。

1937年中日戰(zhàn)爭爆發(fā)后，日軍為征召臺灣民夫參與作戰(zhàn)，同時為壓制臺灣知識分子反日之氣焰，于1938年9月間，由軍部征調(diào)臺灣聞人以軍夫的身份去筑造軍用機場，吳鴻麒與郭雨新、陳逸松、李瑞漢、葉貓貓等即列其中。

       1945年臺灣光復，吳鴻麒親予歡迎國府接收，而臺灣省行政長官公署與臺灣高等法院亦皆請吳鴻麒任職，吳遂選擇任職法院。由此于1945年11月至隔年6年先任臺北地方法院民事庭推事（法官），嗣調(diào)高等法院。

       1947年二二八事件爆發(fā)，3月13日，吳鴻麒在高等法院處理公文期間，遭兩名穿著私服的莫名人士強行帶走，院長攔阻無效，即報臺灣警備總司令部參謀長柯遠芬予調(diào)查，柯復答并無是事，自此不知所蹤。吳夫人楊毛治得知后，曾找吳之好友、時任臺北市長游彌堅尋求幫助，惟遭拒。

3月16日，臺北南港橋發(fā)現(xiàn)八具尸體，經(jīng)辨認，其中五具為高等法院推事吳鴻麒、專賣局煙草公司專門委員林旭屏、華美醫(yī)院醫(yī)師鄭聰、三重豆干商周淵過及林定枝。3月17日下午，吳夫人楊毛治確認尸體后，于翌日雇車運回，并通知法院及請醫(yī)師驗尸。

       吳鴻麒無故死后，各界關(guān)注。時任國防部長白崇禧即令調(diào)查，監(jiān)察院閩臺監(jiān)察使楊亮功隨之赴臺查辦，吳鴻麒兄長、臺灣籍國民參政員吳鴻森赴南京與會時，親予蔣中正一陳情書，中央政府遂下令查辦。陸軍少將、時任立法院長黃國書、臺籍監(jiān)察委員丘念臺、臺籍國大代表陳逸松均過問關(guān)心。惜均無下文，故吳鴻麒死因至今不詳。

據(jù)當時官方有關(guān)記載顯示，1947年6月間，警備總部彭孟緝司令向蔣中正報告稱 ，有情報顯示“臺北市區(qū)有不良分子組暗殺團 ，專以殺害軍官、外省人及半山為對象，并已開始行動，南港橋下八命案或系該團所為”。對此，國安局相關(guān)檔案中亦有“臺灣高等法院審判官吳鴻棋（麒）等被暗殺及臺灣各地相繼發(fā)生官員失蹤情形調(diào)查資料”之記載，惟具體情形，或因大陸淪陷而未及帶來臺灣。

而民間與吳鴻麒之家屬均認為系為人挾恨報復。但對于因何事何人報復，亦有不同說法。有說是因一高級軍官（（據(jù)傳為基隆要塞司令史宏熹之妻））因其妻在日人經(jīng)營之醫(yī)院生產(chǎn)，注射麻醉劑過量致死而打官司，吳氏判醫(yī)師無罪，由此開罪軍方。又有一說，為臺北市警察局長陳松堅因“員林事件”心生忿怨，遂借國軍平亂之機報復，此一說亦得時為國防最高委員會委員劉文島佐證。劉氏因立法院長黃國書與監(jiān)察委員丘念臺之質(zhì)詢，于1947年4月7日之常務會議上表示“吳氏因得罪臺北市警察局長而被押到郊外殺了”。對于前述幾說，據(jù)2003年監(jiān)察院“二二八調(diào)查報告”稱：“本院于九十年十二月二十六日及九十一年二月二十日等赴臺灣高等法院調(diào)閱有關(guān)吳鴻麒法官民國三十五、六年間之辦案資料，經(jīng)查并無u2018迎婦產(chǎn)科u2019或u2018員林事件u2019之案卷�！绷硗膺�有說是被王姓檢察官（因吳遇難時，身上所留名片上，有用指甲刻印之疑似“王”字）所害云云。

另據(jù)1992年行政院之“二二八事件研究報告”中寫道：“……以上諸人之遇害，無論真實原因為何，均與政治活動或政治欲望多少有關(guān)，因而被扣上叛亂罪名。據(jù)一黃姓見證人稱，在三月五或六日，他到u2018處委會u2019，聽到黃朝琴對u2018處委會u2019委員說：u2018奉陳儀令，你們既然要自治，你們想當何種官職，請列出名單u2019。于是 u2018處委會u2019 草擬一份名單；據(jù)其記憶所及，其中有如下數(shù)位：高等法院院長吳鴻麒、財政廳長陳炘、衛(wèi)生處長施江南……等等。國軍抵臺后，當局即據(jù)此以為叛亂罪證處刑。見證人雖無證物，但信誓旦旦，確實見過這份名單�！�

       吳鴻麒遇難后，其妻楊毛治受兄長楊鴻森照顧，安排擔任中壢家職校長，故得能撫養(yǎng)子女。吳子和光經(jīng)營有成，女文華，自臺灣師范大學藝術(shù)系畢業(yè)后，任教職，退休后從事宗教活動。其孿生弟吳鴻麟，曾任桃園縣議長、縣長。吳鴻麟之子吳伯雄，后任中國國民黨主席。

　　吳鴻麒是國民黨榮譽主席吳伯雄父親吳鴻麟的攣生兄弟，但他與手足的命運卻大不相同。其孿生弟吳鴻麟，曾任桃園縣議長、縣長。吳鴻麟即吳伯雄的父親。吳伯雄多年前受訪時表示，要家屬忘記悲痛是不可能的，希望大家抱持寬恕心情面對未來，讓類似二二八事件的悲劇不再發(fā)生。

　　“3月15日深夜12時，南港橋邊聞槍聲數(shù)響，次晨即發(fā)現(xiàn)(吳鴻麒等)8具尸體�！倍�二八紀念館網(wǎng)站以上述字句，載明事件發(fā)生時擔任臺灣高等法院推事吳鴻麒的最后身影。

　　在《臺北南港二二八》書中，吳鴻麒妻子表示，1947年3月12日，吳鴻麒在高等法院被兩名便衣“請去談話”后即失蹤，直到16日，他的尸體才在南港大橋腳邊被妻子尋獲。

　　吳鴻麒的妻子在3月16日得知南港坑道口有幾具尸體，趕去認尸，發(fā)現(xiàn)丈夫遺體后，想租汽車將他載運回家，卻“無人敢出租汽車”，最后靠著手推車才將尸體運回家。

　　吳妻當年堅持請照相師拍下丈夫的遺體，展覽中，除了有遺體照片外，還有其死亡證明書。她回憶“醫(yī)師驗尸時，吳鴻麒身上滿是傷痕，下半身一道一道的烏青，連睪丸都打破了…�！鼻謇磉z體時，她對丈夫說：“你一輩子講究衛(wèi)生，死時卻弄得全身灰塵泥土…”，血怎么樣也擦不干。

　　吳鴻麒是中壢客家人，日據(jù)時代自“臺灣總督府u2018國語u2019學校”師范部畢業(yè)后，曾任教于龍?zhí)丁⒅袎鹊葍伤�公學校，后來又赴上海協(xié)和大學進修、再轉(zhuǎn)入日本大學法科，畢業(yè)后取得律師資格，在臺北建成町開業(yè)。

　　臺灣光復后，吳鴻麒出任臺灣高等法院推事，因為對陳儀當局貪污馬虎的作風“十分不以為然”，他對貪污暴亂案件處理“從不加以寬待”，也因此“得罪了一些人”，走上與兄弟截然不同的人生。