道光十八年（1838年）戊戌科進士，選翰林院庶吉士，散館后授編修。以召對得到宣宗賞識，特授湖北黃州府知府，調(diào)武昌府。正值湖北連年洪水，祁宿藻賑災防洪，政績卓著。破格提拔為廣東鹽運使，遷按察使，又遷湖南布政使，剿滅韶州數(shù)縣土匪，賜花翎。調(diào)江寧布政使。咸豐元年（1851年），黃河決口，大學士杜受田奉命賑災，疏請以宿藻督辦江北賑濟事務。

不久，太平軍將東下，南京告急，宿藻飛馳返回，盡力籌備守城事宜，然而督撫倉皇失措，各存意見，宿藻勸諫不聽。太平軍兵臨城下，宿藻親自登城指揮戰(zhàn)斗，援兵不至，自知大勢已去，在城上嘔血數(shù)升而卒。城陷時，署布政使鹽巡道涂文鈞、江安糧道陳克讓、江寧知府魏亨逵、同知承恩、通判程文榮、上元知縣劉同纓、江寧知縣張行澍均殉國。

文宗深為悼惜，破格優(yōu)恤，贈右都御史，蔭一子以知州用。同治初年清朝平定江南之后，其兄雋藻派人在城北偏僻之地尋獲其遺櫬。曾國藩得知后，申請附祀于祥厚專祠，追謚文節(jié)。?

《清史稿·卷三百九十八·列傳一百二十五》：祁宿藻，字幼章，山西壽陽人，大學士雋藻弟也。道光十八年進士，選庶吉士，授編修。以召對受宣宗知，特簡授湖北黃州知府，調(diào)武昌。連年大水，城幾沒，堵御獲全。治急賑，煮粥施錢及衣棺藥餌，全活災民甚眾，政聲最。超擢廣東鹽運使，遷按察使，又遷湖南布政使。會韶州數(shù)縣土匪起，詔留宿藻督兵往剿，七戰(zhàn)皆捷，匪首就擒。事平，賜花翎。調(diào)江寧布政使。咸豐元年，河決豐北，山東、江北皆被水。大學士杜受田奉命臨賑，疏請以宿藻督辦江北賑務，章程出其手定，奏頒兩省行之�！　〖盎浄藢�東下，宿藻馳返江寧，括庫儲治軍械，盡移兵糈及南門外商市囤米入城，號召義勇之士備戰(zhàn)守。見督撫倉皇失措，各存意見，勸諫不聽，乃偕祥厚等密疏上聞。建瀛既被罪失眾心，宿藻獨任事，賊至，力疾登陴指揮，歷三晝夜，城大兵單，援師不至，知事不可為，在城上嘔血數(shù)升，卒。文宗悼惜，加等優(yōu)恤，贈右都御史，蔭一子以知州用。同治初，江南平，兄俊藻遣尋其遺櫬，得之城北僻地。曾國籓以聞，請附祀祥厚專祠，追謚文節(jié)。當城陷時，署布政使鹽巡道涂文鈞、江安糧道陳克讓、江寧知府魏亨逵、同知承恩、通判程文榮、上元知縣劉同纓、江寧知縣張行澍同死之。