初授佐領(lǐng)，兼刑部郎中。不久改授京畿道御史，兼參領(lǐng)，遷秘書院學(xué)士。

康熙五年（1666），授刑部侍郎。康熙七年（1668），遷吏部侍郎�？滴蹙拍辏�1670），授四川湖廣總督，駐荊州�？滴跏�年（1671），疏言：“四川民少田荒，請廣招開墾。招民三百戶，予議敘，墾田五年，起科”；“四川沖要營員用沿邊例題補(bǔ)”。康熙十一年（1672），疏言：“移駐官兵子弟得入籍應(yīng)試”�？滴跏�二年（1673），請裁遵義總兵官，改鎮(zhèn)松潘。事并下部議行。

康熙十二年（1673）十二月，吳三桂反，蔡毓榮上疏言：“云貴總督甘文焜手書遺臣言吳三桂反”，于是蔡毓榮遣沅州總兵崔世祿率兵迅速進(jìn)入貴州，夷陵總兵徐治都、永州總兵李芝蘭繼進(jìn)�？滴醯勖�提督桑額疾馳沅州駐守。不久授順承郡王勒爾錦為大將軍，率八旗兵討伐吳三桂，駐荊州，諭蔡毓榮負(fù)責(zé)籌備軍需。

康熙十三年（1674），分設(shè)四川總督，命蔡毓榮任湖廣總督，以招民墾荒功，加兵部尚書。吳三桂破沅州，崔世祿降。常德、澧州、長沙、岳州相繼陷落。部議蔡毓榮在常德失陷前，沒有及時令桑額駐守，調(diào)度無能，當(dāng)奪官，康熙帝從寬留任，命蔡毓榮戴罪立功。尋丁父憂，命在任守制，督綠旗兵進(jìn)剿。蔡毓榮令副將胡士英等分防江口。叛將楊來嘉據(jù)南漳天門寨、馬良坪，出掠城邑，蔡毓榮令襄陽總兵劉成龍御之，屢戰(zhàn)屢勝。

廣西提督馬雄反，響應(yīng)吳三桂，把逆書交給兩廣總督金光祖，陷害蔡毓榮將率綠營兵數(shù)千赴岳州，投降吳三桂。身為蔡毓榮姻親的金光祖派遣密使告訴了蔡毓榮。蔡毓榮聽說后，疏陳狡謀狂噬，請求解任回旗�？滴醯勖鼩椥墓┞�，毋以反間引嫌。

康熙十四年（1675）九月，勒爾錦請增綠旗兵援、剿二營，領(lǐng)以兩副將，命蔡毓榮統(tǒng)轄。蔡毓榮疏言：“吳逆久據(jù)湖南，而湖南之長沙與江西之吉安、袁州接壤，郴州、桂陽又與吉安之龍泉接壤。若楚省大兵由荊岳諸路進(jìn)而，江省大兵亦由袁州諸路會期進(jìn)攻，使賊三面受敵，首尾不能相顧，則我兵之勢合而賊兵之勢分，一舉而膚功立奏也。”又言：“前此屢奉恩諭，賊官民來歸悉赦已往之罪，且不惜數(shù)百萬帑金用兵剿賊，無非為救民水火。計惟是烽燧之區(qū)，或不暇辨是民是賊，恐俘戮者眾，乞統(tǒng)兵王貝勒遴選滿洲賢員，赍奉撫民，勑諭隨師前進(jìn)，每收復(fù)城邑，即稽察戶口，悉予安輯賊黨以外，戒毋妄殺，則脅從之眾無不聞風(fēng)投順矣�！笔璨⑾滤�司議行。

康熙十七年（1678），蔡毓榮督造戰(zhàn)艦成，率綠旗兵五千，從大將軍、貝勒愛新覺羅·尚善進(jìn)攻岳州，與討逆將軍鄂納等以舟八百余入洞庭湖，擊吳三桂兵，大敗之，發(fā)炮沉其舟，殲寇甚眾。遣將艤君山，載土伐木塞諸港。分兵屯三眼橋、七里山，絕寇轉(zhuǎn)糧道。寇犯我糧艘，夾擊，復(fù)大敗之，斬級千余。吳三桂死，其孫吳世璠以喪還。清軍攻克岳州，進(jìn)定長沙、衡州。

康熙十八年（1679）十月，疏言：“湖南境惟辰州尚為吳三桂所守。楓木嶺、辰龍關(guān)兩道皆險隘。我?guī)熎ｎD，當(dāng)小休。俟糧草克繼，會師進(jìn)攻�！笨滴醯勖�給事中摩羅、郎中伊爾格圖傳諭曰：“賊敗遁負(fù)險，宜用綠旗步兵。毓榮所屬官兵強(qiáng)壯，不難攻取險隘，剿除馀寇。從古險隘地方，若不攻取，豈有自定之理。其如何恢復(fù)辰、沅，速定云、貴，詳議以聞�！辈特箻s疏言：“辰、沅水路直達(dá)武陵，賊既扼險于陸，又復(fù)據(jù)泊上游。若我?guī)熡申懧愤M(jìn)攻，恐賊以輕舟順流反襲我后。宜造八槳小船二百、水陸并進(jìn)。并請請專責(zé)一人，總統(tǒng)諸路綠旗兵。”康熙帝即授蔡毓榮綏遠(yuǎn)將軍，賜敕，總統(tǒng)綠旗兵，總督董衛(wèi)國、周有德、提督趙賴等并受節(jié)制。

康熙十九年（1680）三月，督兵分道出楓木嶺、辰龍關(guān)，水師并進(jìn)，克辰州，再進(jìn)克沅州，并復(fù)瀘溪、溆浦、麻陽諸縣。八月，蔡毓榮請求頒勅招撫吳世璠，康熙帝諭告大學(xué)士等曰：“吳世璠為賊渠魁，恃其險阻抗拒，守兵殘害生民，罪惡重大。蔡毓榮不圖早滅逆寇，乃欲降勑招撫，率意妄奏，著嚴(yán)飭之�！�

閏八月，與大將軍、貝子彰泰會師，自沅州入貴州境。彰泰疏言綠旗兵已與滿洲兵會，若各自調(diào)遣，慮未能合力奏功�？滴醯勖�蔡毓榮一切軍機(jī)向大將軍匯報，商酌以行。十月，與董衛(wèi)國督兵克鎮(zhèn)遠(yuǎn)、思南。吳世璠部將夏國相等以二萬人屯平遠(yuǎn)西南山，分兵據(jù)江西坡，坡天險，夏國相為象陣。清軍迫險攻象陣，不能克，蔡毓榮以紅旗督戰(zhàn)，眾奔不可止，清軍敗績。越二日復(fù)戰(zhàn)，鼓眾奮進(jìn)，夏國相棄險走，遂克貴陽。

康熙二十年（1681）正月，從彰泰下云南，彰泰奏：“賊眾萬余欲據(jù)盤江，已遣兵固守鐵索橋以御之。”康熙帝諭曰：“大兵秣馬貴陽已經(jīng)月余，今逆賊欲據(jù)盤江，祗遣兵前往殊昧機(jī)宜。彰泰、蔡毓榮當(dāng)即親統(tǒng)大兵，撲滅賊眾，平定滇中，勿失機(jī)會�！比�月，蔡毓榮隨彰泰進(jìn)攻省城昆明，屯歸化寺。吳世璠部將胡國柄等糾賊萬余，列象陣拒戰(zhàn)，清軍分隊進(jìn)擊，大敗賊眾，陣斬胡國柄及賊眾無算，奪重關(guān)及太平橋。吳世璠部將余從龍等出降，诇知其虛實。趙良棟師至，趣進(jìn)攻，蔡毓榮駐軍大東門。吳世璠自殺，城下。云南平。蔡毓榮還任湖廣總督。

康熙二十一年（1682）六月，調(diào)任云貴總督。疏言：“云貴兩省俱險要邊疆，又當(dāng)新復(fù)之初，督標(biāo)兵舊設(shè)四千未足資彈壓，請增兵一千，分為五營。又因議裁吳逆所設(shè)十鎮(zhèn)，請改為六鎮(zhèn)。在迤西者曰鶴麗，曰永順，曰楚姚蒙景。在迤東者，曰開化，曰臨元澂江，曰曲尋武沾。又言中甸在金沙江外，舊轄麗江土府為吳逆割畀，蒙番通商互市。今互市已停，而蒙番所設(shè)喇嘛營官未撤，宜令土知府木堯仍歸其地�！�

十月，疏言云南善后諸事：“一曰蠲荒賦。云南陷寇八載，按畝加糧。驅(qū)之鋒鏑，地曠丁稀，無徵地丁。額賦應(yīng)予蠲除，招徠開墾。二曰制土夷。前此土目世職，不過宣慰，三桂濫加至將軍、總兵。初投誠，權(quán)用偽銜給札，今當(dāng)改給土職。舊為三桂奪職者，察明予襲。三曰靖逋逃。三桂舊部奉裁，徵兵散失。八旗仆從，兔脫鼠竄。宜厚自首賞，重懲窩隱。所獲逃人，量從末減，庶聞風(fēng)自歸。四曰理財源。云南賦稅不足供兵食。地產(chǎn)五金，令民開采，官總其稅。省會及祿豐、蒙自、大理設(shè)爐鑄錢。故明沐氏莊田及入官叛產(chǎn)，均令變價，以裕錢本。田仍如例納賦，兵弁馀丁，墾荒起科，編入里甲，俾賦有馀而餉可節(jié)。五曰酌安插。逆屬嘗隨伍，當(dāng)遣發(fā)極邊。若僅受偽銜，并未助逆，宜免遷徙。六曰收軍仗。私造軍器，應(yīng)坐謀叛論罪。土司藏刀槍，民以鉛硝、硫黃貿(mào)易，皆嚴(yán)禁。七曰勸捐輸。云南民鮮蓋藏，偶有災(zāi)祲，無從告糴。請暫開捐監(jiān)事例。八曰弭野盜。魯魁在萬山中，初為新嶍阿蒙土人所據(jù)，嘯聚為盜。內(nèi)通新平、開化、元江、易門，外接車?yán)�、孟艮、�?zhèn)元、猛緬。三桂授以偽職，今雖改授土司。仍宜厚集土練，分駐隘口，防侵軼為患。九曰敦實政。兵后整理撫綏，其要在墾荒蕪，廣樹蓄，裕積貯，興教化，嚴(yán)保甲，通商賈，崇節(jié)儉，蠲雜派，恤無告，止濫差。州縣吏即以此十事為殿最。十曰舉廢墜。各府州縣學(xué)宮，自三桂煽亂，悉皆頹壞。今宜倡率修復(fù)。通省稅糧，既有成額，宜均本折定，留運(yùn)驛站，酌加工食，俾民間永無派累。”疏入，廷臣議行。

因罪罷官

蔡毓榮自貴州進(jìn)征云南時，上疏彈劾提督趙賴駐守貴州，抗留檄調(diào)進(jìn)征官兵。議政王大臣以趙賴已奏明防守緊要，難于遣發(fā)，寢議。蔡毓榮又彈劾總督董衛(wèi)國不聽調(diào)度，違誤軍機(jī)，康熙帝命事平時定議。

康熙二十二年（1683），部議董衛(wèi)國未嘗違誤，且有復(fù)鎮(zhèn)遠(yuǎn)功，請免議，康熙帝責(zé)蔡毓榮妒功誣奏，下部議，削五級。

康熙二十五年（1686）閏四月，授總督倉場侍郎。十月，改任兵部侍郎。領(lǐng)侍衛(wèi)內(nèi)大臣佟國維等疏言：“侍衛(wèi)納爾泰自陳前使云南，蔡毓榮令其子蔡琳餽以銀九百”。內(nèi)務(wù)府以新自云南歸旗之革職知州文定國揭發(fā)，蔡毓榮入云南以吳三桂孫女為妾，并徇縱逆黨狀。下刑部，鞫實，擬斬，籍沒，命免死，與蔡琳并戍黑龍江。赦還。

康熙三十八年（1699），卒。

康熙十八年（1679），蔡毓榮上疏說：“洞庭湖中之君山有龍神廟，久著靈顯，唐朝封為利涉侯，宋朝加封順濟(jì)王，我朝順治四年（1647），王師過湖，祈風(fēng)有應(yīng)，委官葺新。昨歲七月，大軍攻取湘陰，風(fēng)浪疊壞船艦，臣同討逆將軍鄂訥登山禱，即風(fēng)靜浪平，克復(fù)岳城，湖南諸郡底定。固皆皇上威福所致，亦賴湖神護(hù)助，請勅賜封祀以旌神功，疏下部議。視岳鎮(zhèn)海瀆，例封為洞庭湖之神，遣禮部祭告。

父：蔡士英，本為明朝守備，崇德七年（1642）降清，官至漕運(yùn)總督，加兵部尚書，卒謚“襄敏”。

子：蔡琳

《清史稿》：毓榮（蔡毓榮）統(tǒng)綠旗兵下云南，廉清不逮趙良棟，戰(zhàn)績與相亞。哈占鎮(zhèn)陜西，衛(wèi)國（董衛(wèi)國）定江西，有德（周有德）略四川，督餉治軍，其於戡亂皆與有功。云南既下，撫綏安集之績，毓榮開之，繼文成之，自是西南遂底於平矣。

秦樹才：綜觀蔡毓榮一生 , 率軍平叛和治滇是其歷史最輝煌燦爛的篇章。他不但是清軍中為數(shù)不多的始終參加平叛斗爭的將領(lǐng)之一 , 而且功績卓著 , 對根除云南禍亂、維護(hù)祖國統(tǒng)一作出了較大貢獻(xiàn)。擔(dān)任云貴總督期間 , 言行舉止更是對云南由亂而治的轉(zhuǎn)變影響極大。