1867年10月14日生于愛媛縣一個下層武士家庭。中學時代一度喜愛文學，后受自由民權運動影響，改志從事哲學和政治。1884年考進東京大學預備部后，向詩人井手真棹學習創(chuàng)作短歌，并為坪內逍遙的《當世書生氣質》和幸田露伴的《風流佛》所刺激，重新愛好文學。1889年因患結核病咯血后，取意杜鵑啼血，改號為子規(guī)。1892年東京大學國文專業(yè)中途輟學，進入日本新聞社。

最初有志于哲學和政治，后受幸田露伴所作《風流佛》的影響，從事文學創(chuàng)作。1891年冬，著手編輯俳句分類全集的工作，1892年發(fā)表的《獺祭書屋俳話》對傳統(tǒng)的俳句提出嚴峻的批評，成為俳句革新的先聲。1895年從軍參加中日甲午戰(zhàn)爭，因肺病惡化而退伍。從此臥床不起。主要致力于研究和革新俳句、短歌等傳統(tǒng)文學形式，提倡創(chuàng)作寫實的、具有繪畫性的、印象性的俳句，同時也進行一些啟蒙性的評論活動。創(chuàng)辦俳句詩人組織“松風會”，并于1897年參加創(chuàng)辦《杜鵑》雜志，同高浜虛子、河東碧梧桐、夏目漱石等詩人和作家一起，全力支持該雜志，使《杜鵑》大有一統(tǒng)整個俳句詩壇之勢，對后世產生很大影響。

正岡子規(guī)的早期作品有1892年的《月亮的都城》、1897年的《花枕》和《曼珠沙華》等小說。1893年發(fā)表《芭蕉雜談》，對松尾芭蕉作出獨特評價。其他主要作品有1885－1896年間受與謝蕪村影響較大的5卷本俳句集《寒山落木》、1897－1902年用寫實手法完成、風格平淡的2卷本《俳句稿》和1904年由弟子左千夫等編選的短歌集《竹之里歌》及1895年的《俳諧大要》、1897年出版的《俳句詩人蕪村》，對主要吟詠風景的與謝蕪村給予高度評價。1898年的《致歌者的書簡》等詩論和1896年的《松蘿玉液》、1901年的《墨汁一滴》、1902年的《病床六尺》和1901－1902年的《仰臥漫錄》等隨筆集。

正岡子規(guī)的俳句、短歌一反傳統(tǒng)寫法，具有現實性和客觀性，使俳句等作為能夠適應新時代文學精神的一種形式而再次獲得藝術生命。他認為詩人應該如實地反映事物，并且應該使用當代的語言。隨筆追求簡潔平明而又富有起伏的文風。1900年，他在《日本新聞》上發(fā)表一篇題名《敘事文》的隨筆，介紹“寫生”一詞，借以闡述他的論點。對日本8世紀的和歌集《萬葉集》十分推崇，通過自己的文章促使人們對該作品和對俳句詩人芫村重新發(fā)生興趣。而對紀貫之參加編纂的日本第一部敕選詩集《古今和歌集》則認為其過于拘泥于對傳統(tǒng)的尊重，重詞藻而輕內容。《致歌者的書簡》反映了這一觀點。 為此曾同與謝野寬發(fā)生激烈論爭。

1899年，正岡子規(guī)和弟子們一同創(chuàng)辦“根岸派短歌會”，同與謝野鐵干和與謝野晶子夫婦為代表的浪漫主義詩歌組織“新詩社”相對立，成為當時日本詩壇的兩大流派。晚年除詩歌創(chuàng)作外，還喜愛水彩畫。1902年9月19日去世。死后以俳句革新家的身份享譽日本文壇。

司馬遼太郎的長篇巨著《坂上之云》描述松山藩出身的秋山好古和秋山真之兄弟，以及自幼一起長大的文學家正岡子規(guī)的故事。