村上氏的遠(yuǎn)祖較有力的說法是清和源氏或村上源氏。在平安時代末期起與伊予河野氏結(jié)盟擴張在瀨戶內(nèi)海的勢力。在南北朝，北畠顯家的親生兒子進入村上家改名為村上師清成為三上村上氏的祖先，但未有在北畠氏史料提及，因此這個說法未能確定。

村上師清兒子分為能島、來島及因島三個勢力。每代與伊予河野氏關(guān)系深厚，周防大內(nèi)氏發(fā)展，亦成為大內(nèi)氏家臣。能島宗另外兩家關(guān)系不同因島與安蕓兒玉氏及小早川氏關(guān)系親近，至于來島與伊予河野氏接觸比較多，因此很多時候會獨自行動。

爭奪家督

村上武吉，出身于瀨戶內(nèi)海上的能島村上水軍，父親是村上義忠。村上水軍的歷史十分悠久，由于瀨戶內(nèi)海上的島嶼多半面積狹且土壤貧瘠，無法完全供給島上居民充分的糧食，所以島上居民便利用自己對水路的了解成為雄據(jù)當(dāng)?shù)睾Ｓ虻囊话�，設(shè)立私家海關(guān)對來往的船只收取帆別錢，也就是船上貨物價格的十分之一，輔以走私、劫掠等海盜行為作為營生。后來村上水軍分家，分成能島、因島、來島三家，既各自發(fā)展又互相奧援。

1508年（永正5年），村上武吉年幼時祖父村上隆勝被殺死，在父親村上義忠死后，還是幼童的武吉早早便已卷入與異母兄弟益義爭奪家督寶座的風(fēng)波之中，借助尼子氏家勢力支持的村上益義打敗了倚重大內(nèi)家的武吉與叔父隆重，因此武吉被迫流亡至九州島，逃入肥前菊池家的領(lǐng)地內(nèi)以避開益義的追捕，因此以其家主菊池武俊偏諱"武"取名為武吉。

后來武吉的叔父隆重反攻成功，又將益義打敗，武吉才得以再次回到能島并繼任成為新家主，而失敗的益義則流竄至來島村上家的領(lǐng)地里，并在當(dāng)?shù)夭」省．?dāng)時武吉為了斬草除根追殺益義，與來島村上家發(fā)生了一些不愉快，益義死后，有鑒村上三家同心同盟的傳統(tǒng)，武吉為修補和來島村上家的關(guān)系而決定以雙方聯(lián)姻來鞏固兩家盟約，于是便娶了來島村上家當(dāng)主來島通康之女為妻。

繼任為能島村上家的家督后，武吉除了繼續(xù)經(jīng)營水軍的老本行外，也將目標(biāo)放遠(yuǎn)，積極推動海外貿(mào)易，與當(dāng)時中國東南沿海地區(qū)也有來往。

1551年（天文20年），長久以來一直充做能島村上家后盾的大內(nèi)家當(dāng)主大內(nèi)義隆受到家中武功派重臣陶晴賢謀反殺害，翌年陶晴賢迎大內(nèi)義隆的侄子、大友宗麟之弟晴英繼承大內(nèi)家，是為大內(nèi)義長。1554年（天文23年），大內(nèi)義長向室町幕府進貢米2000石，由陶晴賢麾下的屋代島白井水軍經(jīng)海路上洛，途中通過能島村上家的勢力范圍時，屋代島水軍不但無視武吉設(shè)立的關(guān)卡拒繳帆別錢，更欲強行以武力突破。收到訊息的武吉大怒，火速點兵出戰(zhàn)，在其必經(jīng)之路蒲刈伏擊，激戰(zhàn)之中屋代島水軍慘敗，船上欲進獻(xiàn)幕府的2000石大米悉數(shù)被武吉沒收，雙方關(guān)系從此惡化。

嚴(yán)島之役顯鋒芒

1555年（天文24年），安藝的毛利元就與陶晴賢全面對決，在嚴(yán)島筑宮之城引誘陶晴賢率大軍來攻，水軍實力遠(yuǎn)不如控有屋代島水軍的陶晴賢的毛利元就便急速向三島村上水軍求援，當(dāng)時因島村上家的村上吉充很早便已答應(yīng)協(xié)助毛利元就，派遣了家臣末長景通參戰(zhàn)助陣，并遣使家臣，武吉姻親乃美宗勝替毛利家游說村上武吉，武吉性格一向沉著冷靜，聽完了乃美宗勝來意，也不表示可否，只說要看來島村上氏的意向再做決定。

那時毛利和陶雙方都來向來島村上家當(dāng)主通康請援，兩者相比雖然陶晴賢的實力比較雄厚，但是因為通康的主家河野氏與大內(nèi)氏乃是宿敵，所以表示要支持毛利家，因而通康也同意支持毛利，既然三島村上家已有兩家投向毛利家，武吉便也同意出兵了，但是只答應(yīng)援助毛利元就一天，到期就會自己撤軍。同年十月一日，毛利軍與陶晴賢軍在嚴(yán)島爆發(fā)大戰(zhàn)，也就是歷史上著名的“嚴(yán)島合戰(zhàn)”。僅有三千五百人的毛利軍在雨夜中對總兵力兩萬余人的陶晴賢軍進行奇襲，其中武吉率領(lǐng)的三百船隊特別驍勇將陶軍的屋代島水軍擊退立功。

嚴(yán)島合戰(zhàn)后，毛利元就和伊予河野氏正式結(jié)盟，將原來屋代島水軍白井氏的領(lǐng)地屋代島給了來島通康，而最早加盟毛利家的因島村上吉充也得到了備后向島，而戰(zhàn)后同樣幫助毛利家占領(lǐng)周防長門并封鎖海路以擒抓大內(nèi)義長的武吉只得到幾個小島，這使武吉對毛利家十分不滿。

再降毛利氏

1567年（永祿10年），來島通康過世，由四子通總繼為第五代當(dāng)主。1569年（永祿12年），就在毛利家與九州島強豪大友宗麟在九州島筑前一來一回地膠著戰(zhàn)時，村上武吉與大友、三好加深關(guān)系。本來從屬毛利家的武吉受大友宗麟以博德南蠻貿(mào)易的巨利引誘倒戈與毛利軍為敵，將船隊開往周防港口，使同來的來島村上通總成為海上孤軍陷入苦戰(zhàn)，由此之后來島村上家與能島村上家徹底反目。

1571年（元龜2年），在毛利元就的遺命策劃下由三子小早川隆景率因島村上、來島村上、小早川、兒玉、投降的屋代島白井等諸路水軍圍剿武吉的本城能島城，本來要覆滅已入愁城的村上武吉對小早川隆景來說是易如反掌，但小早川隆景因惜村上武吉的武勇舍棄了正面進攻，反而冒險單身上島入城勸降，村上武吉畢竟是個鐵錚錚的海上男兒，眼見小早川隆景仁勇的氣概，武吉大為感動于是接受了小早川隆景的說服回歸毛利家，從此忠心不二。

勝也木津川，敗也木津川

這時，稱霸畿內(nèi)的織田信長已率軍將攝津一向宗的本寺石山本愿寺包圍數(shù)年。1576年（天正4年），已將近彈盡糧絕的本愿寺方向盟友毛利家求取大批軍物資。于是毛利輝元便下令村上武吉由海路運送入本愿寺，能島村上家本來就是熱誠的一向宗徒，武吉不敢懈怠很快便組織八百艘船隊出發(fā)，運送途中村上水軍與織田家的九鬼水軍、安宅水軍于木津川口遭遇，村上水軍倚仗本身精熟的操舵技術(shù)和焙烙火矢使用一沾即走的燒夷戰(zhàn)術(shù)將織田水軍打得七零八落，從此村上武吉就成了信長進攻本愿寺的頭痛人物。

為了有效反制村上水軍，織田信長采用雙管齊下的方法，一方面離間已有心結(jié)的來島村上家與能島村上家，另一方面集中近江國友村的鐵匠跟伊勢熊野的船匠，由九鬼嘉隆與瀧川一益領(lǐng)導(dǎo)開發(fā)新武器鐵甲船。天正六年，村上武吉一如往日統(tǒng)領(lǐng)水軍部隊運送軍物資進本愿寺，但就在木津川口武吉的水軍遇上了織田家的六艘鐵甲船，披上鐵甲的戰(zhàn)船使以往百戰(zhàn)百勝的燒夷戰(zhàn)術(shù)失去效用，同時船上負(fù)載的大炮與長洋槍也發(fā)揮威力痛擊村上水軍，武吉大敗。

天正十年三月，在織田家部將羽柴秀吉的勸誘下來島村上家當(dāng)主村上通總反出毛利改投織田家，此事使毛利家陷入驚慌，毛利家在與因島、能島兩村上家再度重申盟約后聯(lián)合出兵聲討來島村上家，于當(dāng)年六月對來島城發(fā)動總攻擊，在武吉的善戰(zhàn)下，來島城失陷，村上通總匆忙逃往京都投向秀吉，之后秀吉讓他改以居地為姓，易名來島通總，落入毛利家掌握的來島城則被賜為武吉的領(lǐng)地以為獎賞。

遠(yuǎn)征朝鮮

本能寺之變，信長橫死后，羽柴秀吉接收了他遺留的霸業(yè)，奪取天下。當(dāng)時秀吉與毛利家已不再敵對，在秀吉命令下武吉只好將方占領(lǐng)兩年多的來島還給來島通總。

1588年（天正16年），羽柴秀吉頒布海賊禁止令，其中不準(zhǔn)再收帆別錢的條文，嚴(yán)重打擊了村上水軍的經(jīng)濟利益，村上武吉因強烈反對這項律法而被秀吉下令自盡，最后是倚靠老上司小早川隆景在秀吉面前說情方免去一死，改為流放，從此之后武吉便隱居于長門大津，也就在這段時間里村上武吉撰寫了《村上舟戰(zhàn)要法》一書留傳后世。

統(tǒng)一日本的秀吉的野心急速膨脹，以“假道入明”為由出兵朝鮮，往日的三島村上水軍皆被動員參戰(zhàn)，村上武吉也帶同兒子元吉一起隨小早川隆景軍出陣，但面臨李舜臣的龜甲船，一切皆徒然，水軍戰(zhàn)線完全大敗。

武吉之死

1598年（慶長3年），關(guān)原合戰(zhàn)時村上水軍與毛利水軍皆從屬于西軍，并由武吉的嫡男元吉擔(dān)任大將進攻四國伊予，揮軍直撲加藤嘉明的居城，道上投降的當(dāng)?shù)仡I(lǐng)民紛紛大罵加藤嘉明的苛政，使元吉認(rèn)為自己順民心出戰(zhàn)必然定勝，而小看了名列“賤岳七本槍”的加藤嘉明，戰(zhàn)敗被殺。

老來喪子使村上武吉悲痛不已，而主公毛利輝元也因與德川家康敵對被減封至只剩周防長門兩國，年事已高的武吉還是跟隨輝元去周防，居住于大島和田，三年后過世，享年七十二歲，法名大仙寺殿覺甫元正居士，家督由村上元吉長子元武接任。