1954年被選為吳江縣第一屆人民代表大會代表。1954年調(diào)到南京參加江蘇省中醫(yī)院的籌建工作，任內(nèi)科醫(yī)師兼院工會副主席。1955年獲得南京市總工會的優(yōu)秀工會工作者獎。1956年調(diào)入中國人民解放軍軍事學(xué)院院務(wù)部衛(wèi)生處工作。1960年任主治軍醫(yī)，1962年任主任軍醫(yī)，1964年授少校軍銜（行政14級）。文革中軍事學(xué)院撤銷后，1970年復(fù)員回吳江人民醫(yī)院工作。1974年由中國人民解放軍軍政大學(xué)政治部重新按原級別作退休安置。在軍事學(xué)院工作期間曾獲1956年學(xué)院三等獎；1958年院務(wù)部獎、南京軍區(qū)后勤部優(yōu)秀成果獎；1959年學(xué)院一等獎；1960年和1961年院務(wù)部先進獎各一次。

退休后被聘為吳江縣衛(wèi)生局顧問，組織領(lǐng)導(dǎo)蘇州地區(qū)醫(yī)學(xué)協(xié)作組中醫(yī)學(xué)會的學(xué)術(shù)工作。這期間歷任江蘇省中醫(yī)學(xué)會第三屆理事、第四屆顧問；《江蘇醫(yī)藥》《江蘇中醫(yī)》雜志編委；《蘇州醫(yī)學(xué)》雜志副總編；江蘇省中醫(yī)學(xué)會仲景學(xué)說研究會委員；蘇州地區(qū)醫(yī)學(xué)協(xié)作組中醫(yī)學(xué)組組長；蘇州中醫(yī)學(xué)會常務(wù)理事；吳江縣第六、第七屆政協(xié)委員；政協(xié)醫(yī)衛(wèi)組副組長；吳江縣醫(yī)學(xué)會副會長等職務(wù)。并參加蘇州地區(qū)中醫(yī)師職稱中升高、高升高的評審工作，參加南京醫(yī)學(xué)院常熟本科班、蘇州衛(wèi)生學(xué)校、中醫(yī)提高班、中醫(yī)護理班、鄉(xiāng)村醫(yī)生提高班、地縣各期西醫(yī)學(xué)中醫(yī)班等的教學(xué)工作。期間獲1978-1979年度蘇州地區(qū)科技成果獎、1980-1985年度蘇州市自然科學(xué)優(yōu)秀論文二等獎、1985年蘇州市榮譽證書、1986年江蘇省衛(wèi)生廳中醫(yī)工作三十年榮譽證書，在吳江政協(xié)工作中被多次評為先進。1989年起被聘為蘇州市吳中醫(yī)學(xué)研究所顧問。

1995年和1996年接受國家中醫(yī)藥管理局的邀請，連續(xù)兩年去廈門國際培訓(xùn)交流中心做膽結(jié)石病的專家診治交流。對膽石癥的長期研究成果《治療膽石癥的藥物及其制備方法》在2005年獲得國家發(fā)明專利。

編有《馬云翔醫(yī)學(xué)學(xué)術(shù)經(jīng)驗選編》、《集腋驗方錄》及《長壽保健知識講座》。1989年獲得江蘇省“老有所為精英獎”，1991年評為江蘇省“健康老人”，1999年榮獲江蘇省“模范金婚”榮譽稱號。

馬云翔的業(yè)余愛好也非常廣泛，拳術(shù)劍法、金石篆刻、琴棋詩聯(lián)、旅游天文，無不涉獵。