幼聰穎，博學(xué)能詩文，工書法。年青時參加童子試，名列前茅。以勇力過人，遂應(yīng)考武科，中武舉人。乾隆五十八年，考中武探花進(jìn)士，欽點(diǎn)探花及第，被委為侍衛(wèi)。隨御駕至熱河，抓獲刺客，以功賜獨(dú)眼花翎，賞穿黃馬褂，誥封武功將軍。

嘉慶初，同安人蔡牽在福建沿海聚眾起義，清廷命孫全謀等會師廈門鎮(zhèn)壓。自超奉令率水師營，為清廷效力賣命。他善于領(lǐng)兵，屢破義軍，以功被派駐鎮(zhèn)金門。七年（1802）八月，與蔡牽戰(zhàn)于高崎，殺蔡將辛德成等三十余人，并乘勝以漁舟追至銅山宮口，攻戰(zhàn)義軍營地，被任命代理海門總兵，兼管平海。這時，平海有會黨首領(lǐng)陳阿本與蔡牽聯(lián)合，暗中聯(lián)絡(luò)自超侍衛(wèi)及各營警衛(wèi)多人，定期作內(nèi)應(yīng)，被自超察覺。他在義軍缺乏防備之時，率領(lǐng)輕銳隊伍乘雨夜進(jìn)行突襲，殺害蔡牽主將卓亞旺等數(shù)十人。接著，又在黃嶼拿獲黃亞武等百余人，在莽擒獲陳明練，復(fù)追剿蔡牽于龍門鎮(zhèn)，俘虜義軍三十余人。清政府聞訊，以自超鎮(zhèn)壓有功，提升為崖州參將，兼香山水陸協(xié)統(tǒng)，保薦提舉為虎門總兵。

稍后，在一次戰(zhàn)役中，自超轄內(nèi)的新會黃象新炮臺被義軍攻占，上司以他疏于防范，給予革職留任。自超為向清王朝表忠贖罪，即率兵會同其他鎮(zhèn)壓部隊，與蔡牽大戰(zhàn)于桅夾門。他率部追蹤深入，為義軍伏舟包圍，身受重傷，乃裹創(chuàng)奮力還擊突圍，發(fā)大炮擊沉義軍船艘，引弓射殺蔡將三人落海，被圍部隊始得逃脫。事聞于朝廷，他官復(fù)原職。

自超與蔡牽義軍作戰(zhàn)十?dāng)?shù)年，屢為清朝統(tǒng)治階級建立功勛。然風(fēng)潮靡常，起義軍到處均得群眾擁戴，且飄忽善變，難于剿滅。他深感師出無名，于心有虧；而諸將又良莠不齊，事權(quán)不一，中樞失察，常自坐累，遂萌退志，告病乞歸。返里后，在桃溪之虎溪山坳，建屋舍數(shù)間，題其額說 環(huán)谷草堂，每日以賦詩彈琴自娛。后來，朝廷考績，以自超宿著賢勞，詔令重新征召任用。他托詞以眼力衰退，不堪驅(qū)馳遜謝。從此足跡罕至城市，幅巾藜杖，自甘淡泊，蕭然如寒士。一心課督子孫讀書寫字，耕種田園，而戒涉足仕途，自己亦絕口不談戰(zhàn)功。道光十七年（1837年）卒。

著有《環(huán)谷草堂詩集》行世。