人物簡介
曾任國家“十五”高技術(shù)發(fā)展計劃(863計劃)生物和農(nóng)業(yè)技術(shù)領(lǐng)域生物信息技術(shù)主題專家組組長,國家中長期發(fā)展規(guī)劃第十五專題組副組長,上海市2002年科學(xué)預(yù)見專家,中國科學(xué)院生命科學(xué)領(lǐng)域戰(zhàn)略發(fā)展專家組專家,國家科技部中英E-Science國際合作計劃中方協(xié)調(diào)人。
2003年度上海市勞動模范,2003年度上海市優(yōu)秀學(xué)科帶頭人,F(xiàn)為國家自然科學(xué)基金委員會生命科學(xué)部自然科學(xué)基金專職評審專家,德國Journal of Integrative Bioinformatics雜志,美國Medical Science Monitor雜志特邀審稿人,國內(nèi)《科學(xué)通報》特邀編輯,生物物理和生物化學(xué)學(xué)報、中國生物工程雜志以及Genomics,Proteomics and Bioinformatics 等雜志編委。
學(xué)習(xí)和工作經(jīng)歷
1978-1982年在新疆大學(xué)物理系獲學(xué)士學(xué)位;
1984-1987年在新疆大學(xué)物理系獲理論物理碩士學(xué)位(就讀于西北大學(xué)物理系、西安交通大學(xué)信息控制系生物醫(yī)學(xué)儀器研究所)。
1992-1996年在德國海德堡大學(xué)理論物理研究所獲理論物理博士學(xué)位。
1996年11月至1997年3月在德國斯圖加特大學(xué)第三計算機應(yīng)用研究所從事計算數(shù)學(xué)博士后研究。
1997年4月至2000年6月在歐洲分子生物學(xué)實驗室(EMBL)從事生物物理博士后研究。
2000年7月回國到中科院上海生命科學(xué)研究院生物信息中心工作,2002年7月起任上海生物信息技術(shù)研究中心主任,中科院上海生命科學(xué)研究院生物信息中心主任。2006年起任中科院系統(tǒng)生物學(xué)重點實驗室副主任。
主要研究方向
蛋白質(zhì)組學(xué)研究
主要研究蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)及其進化的規(guī)律。此項研究對于人們了解蛋白質(zhì)的功能,協(xié)同作用以及對于疾病發(fā)生發(fā)展的機理的深入了解帶來幫助。
系統(tǒng)生物學(xué)研究
主要研究復(fù)雜生物系統(tǒng)的數(shù)學(xué)建模及其動力學(xué)性質(zhì)的研究。此項研究將有助于人們在實驗現(xiàn)象之上發(fā)現(xiàn)生命活動的控制規(guī)律,提出假設(shè),對生命活動的規(guī)律作出合理的預(yù)測,提交實驗驗證,或者指導(dǎo)實驗,引領(lǐng)生命科學(xué)從定性科學(xué)向定量的理論科學(xué)轉(zhuǎn)化。
主要學(xué)術(shù)成就
從1997年以來一直使用神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)、統(tǒng)計物理等方法從事與DNA序列相關(guān)的軟件開發(fā)研究,特別發(fā)展了時間序列的統(tǒng)計相關(guān)算法。獨自研發(fā)的大規(guī)模、高通量、自動化的DNA序列測序分析專家系統(tǒng)被EMBL命名為LI-Tracker,分別運用于德、法、挪威等國的研究所和LION Bioscience等生物技術(shù)公司。在基因水平上研究總結(jié)出SARS病毒傳播和變異規(guī)律,發(fā)現(xiàn)18條免疫多肽序列并用于SARS病毒檢測和治療研究,為研制抗SARS 病毒的藥物和疫苗做出了重要貢獻。領(lǐng)銜承擔(dān)了列為科教興市重大產(chǎn)業(yè)化項目的“一網(wǎng)兩庫”工程,經(jīng)過兩年多的建設(shè),該系統(tǒng)已經(jīng)擁有各類科技資源信息量6TB,訪問量達到190萬余人,累計對外服務(wù)22.2萬人次,并廣泛輻射到長三角地區(qū),有效推動了本市及長三角地區(qū)科技創(chuàng)新和知識服務(wù)業(yè)的發(fā)展。
2000年回國后,先后主持和承擔(dān)了國家“九五”863計劃生物技術(shù)領(lǐng)域《生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫開發(fā)和建設(shè)》重大項目。作為首席科學(xué)家主持了中科院《生物信息學(xué)重大基礎(chǔ)理論與應(yīng)用》重大研究項目;國家973《重大疾病相關(guān)蛋白質(zhì)組學(xué)生物信息學(xué)》課題;中科院上海生科院《生物信息技術(shù)平臺建設(shè)》項目等。近5年共發(fā)表論文近60余篇,包括Science, Nature Genetics,Nature Biotechnology, Oncogene, PNAS, Bioinformatics等,論文總影響因子200點以上,被引用400多次。共申請發(fā)明專利8項,獲得軟件著作權(quán)15項。