伊波普猷于1876年（清光緒二年）出生于琉球國(guó)那霸西村（今那霸市西），漢姓魚(yú)，父親為魚(yú)永壽（伊波普濟(jì)）。他是家中的長(zhǎng)子。1879年，琉球國(guó)被日本滅亡。1891年，伊波普猷入學(xué)沖繩縣尋常中學(xué)校（今沖繩縣立首里高等學(xué)校）。1895年因與漢那憲和等人參與該校的罷課事件而被開(kāi)除。1896年入學(xué)明治義會(huì)中學(xué)，翌年肄業(yè)。

1900年，伊波普猷入學(xué)第三高等學(xué)校（今京都大學(xué)的前身）。1903年卒業(yè)后，入學(xué)于東京帝國(guó)大學(xué)，專攻語(yǔ)言學(xué)。在帝大，伊波與橋本進(jìn)吉、小倉(cāng)進(jìn)平、金田一京助一起師從于新村出。

1906年歸鄉(xiāng)之后，出任沖繩縣立圖書(shū)館館長(zhǎng)，盡力收集沖繩研究的相關(guān)資料。此時(shí)，歷史學(xué)家比嘉春潮等人正在學(xué)習(xí)世界語(yǔ)，研究圣經(jīng)。在比嘉春潮等人的影響下，伊波的學(xué)問(wèn)領(lǐng)域開(kāi)始擴(kuò)大，關(guān)于沖繩的研究領(lǐng)域擴(kuò)展到語(yǔ)言學(xué)、民俗學(xué)、文化人類學(xué)、宗教學(xué)等多個(gè)方面。伊波對(duì)琉歌大集《おもろそうし》研究頗深，并于1911年出版了《古琉球》一書(shū)，從此創(chuàng)立了一門(mén)新的科學(xué)——沖繩學(xué)，伊波因此被后世稱為“沖繩學(xué)之父”。

伊波普猷在研究琉球的同時(shí)也研究日本，對(duì)琉球族的形成進(jìn)行研究，支持“日琉同祖論”。伊波與日本民俗學(xué)家柳田國(guó)男和折口信夫、人類學(xué)家鳥(niǎo)居龍藏、思想家兼經(jīng)濟(jì)學(xué)家河上肇結(jié)為摯友。1947年，伊波普猷病死于比嘉春潮的宅中，享年71歲。葬于浦添市，其友人東恩納寬惇在浦添城遺址附近為其建立顯彰碑。