莫祥芝是在同治六年（1867）出任江寧知縣。莫祥芝每官一地，頗注意文化建設。之前在署任通州知州任上，他主修《通州志》十六卷；江寧任上主修《同治上江兩縣志》三十卷；同治七年，將晚清學者鄭珍的《輪輿私箋》二卷付刊；光緒六年（1880），匯集出版明代鄉(xiāng)賢孫應鰲著述為《孫文恭遺書》六種計二十四卷。

宋代學者張涌《乖崖先生文集》自宋代刊版后，元、明以來無翻刻，多以抄本傳藏。光緒八年（1882），在上海知縣任上的莫祥芝得到了清康熙間蘇州張青芝仿宋抄本，便校以孫淵如所藏明抄本，付刊傳播。此舉被著名藏書家繆荃孫稱道：“洵足嘉惠藝林，表彰前哲矣”（見《藝見堂文集》卷七《乖崖先生文集跋》）。同年還刊刻了宋魏了翁的《毛詩要義》二十卷、《譜序要義》一卷。清代學者顧觀光遺著未能刊行，莫祥芝以顧氏之學“不在戴東原（震）、錢曉征（大昕）下，而天算之學實過之”（莫祥芝《武陵山人遺書序》），于是籌資刊刻《武陵山人遺書》。此外，他還刊刻了時人張文虎的《舒藝室余筆》，以及《清朝古文正的》等。