1886年12月12日生于貴陽(yáng)，4歲時(shí)父親去世，由母親譚氏撫育，在貴陽(yáng)入私塾啟蒙。塾師的嚴(yán)格教誨，使他對(duì)古文字產(chǎn)生了濃厚的興趣。后考入成都高等學(xué)堂，開始受到西方先進(jìn)自然科學(xué)和民主思想的影響。在四川讀書期間，他曾與盧師締（孫中山任護(hù)法軍政府大元帥時(shí)，盧為屬下軍長(zhǎng)）等人相交，傾向民主革命，并秘密加入了同盟會(huì)。1905年，19歲的許肇南東渡日本，立志學(xué)習(xí)“科學(xué)救國(guó)”的本領(lǐng)。1908年又從日本轉(zhuǎn)赴美國(guó)伊利諾斯大學(xué)深造，為貴州省第一位赴美留學(xué)生。1910年6月，許肇南回國(guó)投考公費(fèi)留學(xué)資格，以總分五十八分四分之一的成績(jī)與胡適等143名考生取得第二屆清華公費(fèi)生赴美深造，先入威斯康星大學(xué)攻電機(jī)工程，學(xué)成后獲得該校學(xué)士學(xué)位及電氣工程師職稱。后又入哈佛大學(xué)攻讀工業(yè)經(jīng)濟(jì)和經(jīng)營(yíng)管理。留美期間，他被留學(xué)生推選為“中國(guó)留美學(xué)生會(huì)會(huì)長(zhǎng)”。又與楊銓、任鴻雋等共同發(fā)起，在康奈爾大學(xué)成立了“中國(guó)科學(xué)社”和“中國(guó)工程師學(xué)會(huì)”。在哈佛大學(xué)即將畢業(yè)之際，許肇南到美國(guó)通用電器公司所屬的斯坎奈克塔底工廠實(shí)習(xí)。這家公司看中了他的才干，擬以重金聘任他為遠(yuǎn)東總買辦。許予以婉言拒絕，打定主意學(xué)有成即歸，報(bào)效祖國(guó)。1914年8月14日，胡適在日記中有以下記載：

許肇南（先甲）遠(yuǎn)道來訪，連日傾談極歡，肇南將回國(guó)，作詩(shī)送之：

秋風(fēng)八月送殘暑，天末忽逢故人許。

烹茶斗室集吾侶，高談奕奕忘夜午。

評(píng)論人物屈指數(shù)，爽利似聽蕉上雨。

明辨如聞老吏語：“君家汝南今再睹。

慷慨為我道出處，“不為良相為良賈。

愿得黃金堆作■（陳之左“阜”+烏），遍交天下之才諝。”

（肇南昨書黃伯芹冊(cè)子上云：“愿得黃金三百萬，交盡天下美人名士�！保�

自言“國(guó)危在貧霎，衣食不足士氣沮。

室惟四壁塵生釜，餓莩未可任艱巨。

能令通國(guó)無空庾，自有深夜不閉戶。

諸公肉食等狐鼠，吾曹少年國(guó)之主。

（君每言一國(guó)命脈在中等社會(huì)）

責(zé)人無已亦無取，宜崇令德慎所樹。

愿集志力相夾輔，誓為宗國(guó)去陳腐。

（今夜同人有“社會(huì)改良會(huì)”之議，君倡之，和之者任叔永、梅覲莊、陳晉侯、楊杏佛、胡明復(fù)、胡適之也。）

譬如筑室先下礎(chǔ)，綱領(lǐng)既具百目舉。”

我聞君言如飲醑，投袂欲起為君舞。

君歸且先建旗鼓，他日歸來隸君部。

1914年，許肇南滿載學(xué)習(xí)的收獲返回祖國(guó)，恰逢北京政府農(nóng)商總長(zhǎng)張謇不滿袁世凱公然復(fù)辟帝制的作法，憤然南歸，準(zhǔn)備繼續(xù)發(fā)展實(shí)業(yè)與教育事業(yè)，但又苦于無技術(shù)人才相助。恰此時(shí)許肇南回國(guó)，便前去拜見張謇，向他提出設(shè)立河海工程專門學(xué)校的建議，立即得到張謇同意。隨后張謇出面向當(dāng)時(shí)的冀、魯、蘇、浙四省當(dāng)局籌得銀洋四萬元作為學(xué)校的開辦費(fèi)，校址暫設(shè)城北丁家橋江蘇省咨議局。1915年1月9日，許肇南被任命為校長(zhǎng)；2月7日，學(xué)校分赴河北、山東、江蘇、浙江四省招生；3月15日，學(xué)校正式開學(xué)，分正特、科，各班40人。這一年的10月23日，他給遠(yuǎn)在美國(guó)的胡適去書：

目下帝制運(yùn)動(dòng)極形活動(dòng)。中華民國(guó)早變官國(guó)，其必有皇帝，宜也。時(shí)局危險(xiǎn)，當(dāng)局亦豈不知之？然愛國(guó)之心不敵其做皇帝與封侯拜相之癮，故演成現(xiàn)時(shí)怪狀。自我觀之，招牌換后，一二在朝賢者必皆退隱。剝極之時(shí)，內(nèi)亂且生。然能復(fù)興否，殊未可必，以有日本乘我之危也。又值均勢(shì)打破之時(shí)，國(guó)命如何，正不忍言。在理，以吾國(guó)現(xiàn)在人心社會(huì)，若不亡國(guó)，亦非天理。吾人一息尚存，亦努力造因而已。欲揚(yáng)眉吐氣，為強(qiáng)國(guó)之民，吾輩曾元庶得享此幸福。某為此言，非持悲觀主義。某以為現(xiàn)在中國(guó)較前實(shí)有進(jìn)步。特造孽太久，揆諸因果相尋之理，不易解脫耳。曾文正有言：“不問收獲，且問耕耘。”某至今猶服膺此語。亦甚冀海外故人之“努力崇明德，隨時(shí)愛景光”也。

1915年至1921年在他任校長(zhǎng)期間，克服種種困難，苦心孤詣，熱心辦學(xué)。他忠實(shí)地恪守張謇倡導(dǎo)的辦學(xué)宗旨：一、注重學(xué)生道德思想，以養(yǎng)成高尚之人格；二、注重學(xué)生身體之健康，以養(yǎng)成勤勉耐勞之習(xí)慣；教授河海工程必需之學(xué)理技術(shù)，注重實(shí)地練習(xí)，以養(yǎng)成切實(shí)應(yīng)用之智識(shí)。在他親手制定的《設(shè)校旨趣》中，對(duì)于受聘的教員、就讀的學(xué)生，都一一作了明確的要求，體現(xiàn)了強(qiáng)烈的科學(xué)救國(guó)精神。

許肇南嚴(yán)以律己，事事率先垂范。常抱“持己則奮勉篤實(shí)為歸，得人則以仁民愛物為志，師徒一堂，相為戒勉”的態(tài)度，注重教育對(duì)象全面發(fā)展，深受廣大師生的尊重敬仰。后來在全國(guó)水利局年終論考成績(jī)時(shí)，以“精心擘劃，校規(guī)學(xué)風(fēng)均稱整飭，畢業(yè)生成才甚多”呈請(qǐng)大總統(tǒng)比照簡(jiǎn)任官例給獎(jiǎng)，許肇南先后獲得三至五等嘉禾勛章。

他還是民初革命文學(xué)社團(tuán)“南社”的成員。柳亞子編的《南社社友姓氏錄》載：“許肇南，字先甲，貴州貴陽(yáng)人。入社書號(hào)為539�！�

“河�！背闪⒅畷r(shí)，新文化運(yùn)動(dòng)已在北京發(fā)軔，由于“河�！钡奈幕�背景，《新青年》等進(jìn)步刊物得以在學(xué)校圖書室公開陳列，為學(xué)生閱讀新文化的讀物提供了可能和方便。在自由和民主思想的感召下，“河�！痹谀暇┞氏瘸闪⒘诵Ｓ褧�(huì)（學(xué)生會(huì)、學(xué)生自治會(huì)）。張聞天來校后不久，即被選為校友會(huì)評(píng)議部評(píng)議，結(jié)識(shí)了比他高一級(jí)的時(shí)任校友部音樂部長(zhǎng)的沈澤民，兩人志趣相投，常在一起議論改造中國(guó)、改造社會(huì)等問題。沈澤民是著名文學(xué)家茅盾的弟弟，受哥哥影響，投身新文化運(yùn)動(dòng)。平時(shí)他們一起利用課余時(shí)間閱讀《新青年》、《每周評(píng)論》、《新潮》等進(jìn)步刊物，努力探索革命真理，一起議論“改造中國(guó)”的問題，萌發(fā)了獻(xiàn)身于建設(shè)“光明中國(guó)”的意愿。張聞天在校期間就是《南京學(xué)生聯(lián)合會(huì)日刊》編輯和主要撰稿人之一。他的文章猛烈地抨擊了舊制度、舊道德、舊思想。他發(fā)表在《南京學(xué)生聯(lián)合會(huì)日刊》的《社會(huì)問題》一文，以馬克思主義唯物論的歷史觀，在觀察剖析中國(guó)社會(huì)的現(xiàn)狀之后，提出了解決中國(guó)社會(huì)問題的辦法，認(rèn)為“現(xiàn)在最要緊的是鏟除士大夫階級(jí)”，亦即徹底推翻封建統(tǒng)治階級(jí)。關(guān)于革命的動(dòng)力，他認(rèn)為應(yīng)當(dāng)是“勞農(nóng)界人”（工人和農(nóng)人）。他還根據(jù)中國(guó)社會(huì)的實(shí)際情況，論述了中國(guó)革命的步驟：第一步，必須鏟除士大夫階級(jí)，然后實(shí)行普選的民主政治；第二步，實(shí)行共產(chǎn)主義，生產(chǎn)機(jī)關(guān)歸社會(huì)所共有，“各盡所能，各取所需”或“各盡所能，各取所值”。文章最后，他全文轉(zhuǎn)抄了《共產(chǎn)黨宣言》第二章中的十條綱領(lǐng)，認(rèn)為這是中國(guó)人民光明的前途和具體的奮斗目標(biāo)。張聞天所著《社會(huì)問題》一文，對(duì)傳播馬克思主義具有極其重要的意義，張聞天因此成為南京地區(qū)傳播馬克思主義的第一人。

當(dāng)時(shí)的“河海”十分注重學(xué)生綜合素質(zhì)的培養(yǎng)。每周都舉行演講會(huì)，演講者可以是校外的社會(huì)名流，也可以是校內(nèi)的各科教席。演講的主題包羅萬象，不局限于工程技術(shù)，有哲學(xué)、文學(xué)、藝術(shù)、風(fēng)俗等等，可以是學(xué)科介紹，也可以是觀感或漫談。這種演講對(duì)“河海”學(xué)生影響很大，一方面開拓了眼界，活躍了思想，另一方面學(xué)習(xí)了知識(shí)，培養(yǎng)了思維�！昂雍！眲�(chuàng)辦之初沒有中文教材，許肇南就提出完全用外文教材以濟(jì)急需，得到各位教師的贊同。先后采用英文教材達(dá)40余種，教師授課也大都使用英文，“一時(shí)使國(guó)內(nèi)工科高等學(xué)校采用外文教材成為風(fēng)氣”。這樣一來，學(xué)生在學(xué)習(xí)和掌握科學(xué)知識(shí)的同時(shí)，外語能力也迅速提高，給學(xué)生開闊視野提供了極大的幫助，對(duì)于世界范圍內(nèi)新思想和新文化的傳播打下了堅(jiān)實(shí)的基礎(chǔ)。張聞天1919年12月離開“河�！焙箝_始從事新文化運(yùn)動(dòng)。1920年初，他就指出，“有系統(tǒng)地翻譯歐美叢書”是當(dāng)時(shí)提倡新思潮的重要工作之一，并認(rèn)為即使是“整理國(guó)故”，也應(yīng)該請(qǐng)不僅對(duì)國(guó)故有徹底研究，而且對(duì)西洋學(xué)說也十分了解，“有世界的眼光，有科學(xué)的見解”的人來做。他還指出翻譯介紹國(guó)外學(xué)術(shù)思想必須消除三個(gè)弊端：“閉門造車”、“故為歧異”和“盲目的服從”，提出“譯名的統(tǒng)一”的要求。這些成就的取得顯然與張聞天在“河�！睂W(xué)習(xí)期間形成的外語素養(yǎng)有密切的關(guān)系。

“河�！豹�(dú)特的文化氛圍使它在“五四”運(yùn)動(dòng)期間成為南京地區(qū)的中堅(jiān)力量。5月13日，南京成立學(xué)界聯(lián)合會(huì)，許肇南被公推為臨時(shí)主席和參事長(zhǎng)。在他的支持下，河海工程專門學(xué)校廣大師生始終站在反帝愛國(guó)斗爭(zhēng)的前列。

1919年底，許肇南在任河海工程專門學(xué)校校長(zhǎng)的同時(shí)，又肩負(fù)起了創(chuàng)建下關(guān)發(fā)電廠的重任，兼任廠長(zhǎng)。為了兼顧學(xué)校與工廠的工作，許肇南還創(chuàng)設(shè)了校內(nèi)電話和廠內(nèi)電話，以爭(zhēng)取時(shí)間，提高辦事效率。他選購(gòu)了美商上海慎昌洋行美制的一臺(tái)1000千瓦汽輪發(fā)電機(jī)和一臺(tái)水管式鍋爐之后，免去了聘請(qǐng)外國(guó)專家的慣例，創(chuàng)建了我國(guó)第一座自行設(shè)計(jì)、施工、安裝、運(yùn)轉(zhuǎn)成功的火力發(fā)電廠，為我國(guó)電力工業(yè)的起步和發(fā)展開了先河。當(dāng)年，許肇南設(shè)計(jì)的下關(guān)發(fā)電廠廠房，如今是下關(guān)發(fā)電廠修配車間用房。

許肇南1921年辭去“河海”校長(zhǎng)后，又出任鄱陽(yáng)煤礦礦長(zhǎng)，后又任廣東國(guó)立師范學(xué)校教授、廣東省省長(zhǎng)廖仲愷秘書、宜昌海關(guān)監(jiān)督署監(jiān)督。1927年后，許肇南深感當(dāng)局政治腐敗，他的“科學(xué)救國(guó)”的理想在現(xiàn)實(shí)面前只能變?yōu)榕萦埃瑥拇宿o去一切職務(wù)，潛心研究起古文字學(xué)，寫有《家學(xué)古獲編》77卷、《中庸平義探》、《簡(jiǎn)鱘靈集——經(jīng)篆論證》等多種著作，可惜均未印行�？谷諔�(zhàn)爭(zhēng)初期困居北平，后輾轉(zhuǎn)流亡到上海，過著“寓公”生活。解放前夕，許肇南謝絕了胡適邀請(qǐng)他同去臺(tái)灣的請(qǐng)求，毅然留在上海。新中國(guó)成立后，許肇南被聘為上海文史研究館館員，除了繼續(xù)從事古文字的研究外，還積極參加了征集上海近百年史的史料工作，翻譯了外國(guó)人編著的《上海史》一書部分篇章。

1960年12月26日許肇南病逝于上海，享年74歲。