1241年，在位僅17天的塞萊斯廷四世病故，宗座從缺長達(dá)一年之久。1243年，教宗選舉方在阿那尼（Anagni）舉行。6月25日，時(shí)任Albenga總主教的西尼巴爾多·菲斯奇當(dāng)選180任教皇，結(jié)果于三天后宣布�！坝⒅Z森四世”成為其名號(hào)。(1243～1254年在位)。受任教皇前后，盡力推行格列高利九世制定的政策。英諾森四世把自己的侄兒菲耶里斯基立為樞機(jī)主教，1276年成為教皇阿德里安五世。

第一次里昂大公會(huì)議

教廷與神圣羅馬帝國皇帝腓特烈二世的矛盾已經(jīng)持續(xù)多年。英諾森四世上任之后，與腓德烈二世的沖突逐漸難以調(diào)和，后者揚(yáng)言要發(fā)兵搗毀羅馬，廢黜教宗。英諾森四世遂于1244年遷往熱那亞，第二年又移至法國里昂，并在法王路易九世的支持下于6月28日至7月17日召開大公會(huì)議，史稱第一次里昂大公會(huì)議。

會(huì)決定對(duì)腓特烈二世處以絕罰。由此帶來的紛擾直到1250年腓特烈二世病逝方才結(jié)束。英諾森四世則在1251年方得以回到意大利。

大公會(huì)議上路易九世宣布準(zhǔn)備發(fā)動(dòng)新一輪十字軍東征。

與蒙古帝國的接觸

大公會(huì)議正值東方的蒙古帝國興起。1241年，蒙古人侵入匈牙利，劫掠波蘭，繼而轉(zhuǎn)向奧地利，歐洲一片恐慌。大公會(huì)議之后，英諾森四世派遣柏郎嘉賓攜教皇敕令前往蒙古帝國以說服蒙古統(tǒng)治者皈依天主教并停止對(duì)基督徒的殺戮。柏郎嘉賓在哈拉和林進(jìn)諫大汗貴由，后者反于1246年用波斯語回信要求教宗和其他歐洲君主向蒙古臣服。這封信至今還保存在梵蒂岡。

第七次十字軍東征

1248年，在英諾森四世的支持下，路易九世發(fā)動(dòng)了第七次十字軍東征。結(jié)果軍隊(duì)遭遇瘟疫，并被埃及戰(zhàn)敗，路易九世本人也被俘，后法國用重金將其贖回。