1988年10月，出任" 總統(tǒng)府"副秘書長(zhǎng)。1990年5月又兼任"總統(tǒng)府"發(fā)言人。1992年5月曾對(duì)外放出試探汽球，提議海峽兩岸簽署"兩岸互不侵犯協(xié)定"， 成為時(shí)論焦點(diǎn)。

1990年11月21日，臺(tái)灣 海峽交流基金會(huì)正式成立，并于翌年3月9日開始掛牌運(yùn)作。該會(huì)采取民間團(tuán)體形式，具法人資格，接受臺(tái)灣"行政院"指導(dǎo)，“陸委會(huì)”為其主管機(jī)關(guān)，實(shí)際上具有半官方性質(zhì)。該會(huì)設(shè)董、監(jiān)理事會(huì)，董事長(zhǎng)一直由 辜振甫擔(dān)任，而秘書長(zhǎng)自成立到1998年已走馬燈似地?fù)Q了5個(gè)，邱進(jìn)益就是其中之一。

1993年3月，邱進(jìn)益出任" 海峽交流基金會(huì)"副董事長(zhǎng)兼秘書長(zhǎng)。4月7日,應(yīng)大陸 海峽兩岸關(guān)系協(xié)會(huì)邀請(qǐng)，臺(tái)灣海峽交流基金會(huì)副董事長(zhǎng)兼秘書長(zhǎng)邱進(jìn)益一行下午乘飛機(jī)抵達(dá)北京，與大陸海協(xié)會(huì)常務(wù)副會(huì)長(zhǎng) 唐樹備進(jìn)行"汪辜會(huì)晤"預(yù)備性 磋商。邱進(jìn)益說，目前，海協(xié)會(huì)與�；鶗�(huì)已建立起了非常好的合作關(guān)系，這次來，希望在草簽兩個(gè)協(xié)議的同時(shí)，對(duì)建立兩會(huì)間制度化的溝通管道能達(dá)成一個(gè) 協(xié)議，此外當(dāng)然還有若干 議題，希望雙方在這次會(huì)談中能彼此交換意見、達(dá)成共識(shí)。4月10日,海峽兩岸關(guān)系協(xié)會(huì)常務(wù)副會(huì)長(zhǎng)唐樹備與臺(tái)灣海峽交流基金會(huì)副董事長(zhǎng)兼秘書長(zhǎng)邱進(jìn)益，下午在 釣魚臺(tái)國賓館草簽了《 兩岸公證書使用查證協(xié)議》、《兩岸掛號(hào)函件查 詢、補(bǔ)償事宜協(xié)議》。4月22日，海基會(huì)副董事長(zhǎng)兼秘書長(zhǎng)邱進(jìn)益一行和海協(xié)會(huì)常務(wù)副會(huì)長(zhǎng)唐樹備、 鄒哲開一行相繼抵達(dá)新加坡，為" 汪辜會(huì)談"做最后準(zhǔn)備，確定了會(huì)談的具體地點(diǎn)、主要議題和會(huì)談后發(fā)表文件的基本內(nèi)容。