1999年，陳保善懷著一顆報(bào)國之心，放棄了國外優(yōu)越的研究條件和生活待遇，回到廣西大學(xué)任教。

2000年以來，他共招收了博士生7名和碩士研究生17名，指導(dǎo)21名本科生的畢業(yè)論文研究。

2009年9月—2014年，任廣西大學(xué)副校長。

2014年—2018年3月，廣西大學(xué)副廳級(jí)調(diào)研員。

2018年2月，擔(dān)任第十三屆全國人民代表大會(huì)代表。

1.在世界上首次建立了真菌病毒的轉(zhuǎn)染系統(tǒng)；2.評估、鑒定了首例施放到自然環(huán)境中用于植物病害生物防治的經(jīng)遺傳工程生防真菌；3.首次揭示低毒病毒對真菌毒力的調(diào)節(jié)是通過影響G-蛋白信號(hào)傳導(dǎo)系統(tǒng)；4.建立了世界上第一個(gè)分子比較真菌病毒學(xué)系統(tǒng)。他先后主持國家自然科學(xué)基金重點(diǎn)項(xiàng)目、國家高技術(shù)計(jì)劃項(xiàng)目、國家轉(zhuǎn)基因植物研究及產(chǎn)業(yè)化專項(xiàng)和廣西重大創(chuàng)新計(jì)劃等課題，獲得了包括番茄和辣椒在內(nèi)的一批作物抗病毒新種質(zhì)。

主持國家863、國家自然科學(xué)基金重點(diǎn)項(xiàng)目、國際科技合作重點(diǎn)項(xiàng)目以及廣西科技創(chuàng)新重大項(xiàng)目等多項(xiàng)國家和地方課題。

作為學(xué)科帶頭人，他積極創(chuàng)造條件，大力提攜中青年教師在學(xué)術(shù)上成長。在他領(lǐng)導(dǎo)的分子遺傳研究所內(nèi)，倡導(dǎo)并推行學(xué)術(shù)研討與合作制度，發(fā)揚(yáng)學(xué)術(shù)民主，充分調(diào)動(dòng)科研人員的自主性和創(chuàng)造性。研究所副高職稱以上的教師人均至少主持1項(xiàng)國家級(jí)研究課題，全所三年累計(jì)承擔(dān)國家級(jí)項(xiàng)目20項(xiàng)，省部級(jí)項(xiàng)目10項(xiàng)，在植物病原微生物功能基因組學(xué)、病毒與宿主相互作用、新型抗逆農(nóng)作物種質(zhì)創(chuàng)建等領(lǐng)域的研究已達(dá)到國際先進(jìn)水平。

他負(fù)責(zé)廣西大學(xué)“211工程”重點(diǎn)建設(shè)學(xué)科“生物技術(shù)與亞熱帶資源”學(xué)科的一期建設(shè)的總結(jié)，并主持二期建設(shè)的規(guī)劃和實(shí)施。該學(xué)科于2001年獲得了微生物學(xué)博士點(diǎn)授權(quán)，2002年獲準(zhǔn)招收博士后。
他十分重視教書育人。他主持了微生物學(xué)和生物化學(xué)與分子生物學(xué)兩個(gè)學(xué)位點(diǎn)的博士、碩士研究生培養(yǎng)方案和生物技術(shù)本科生培養(yǎng)方案的修訂，提出并率先在學(xué)科內(nèi)試行細(xì)致的研究生中期綜合考核制度以及畢業(yè)論文答辯后論文修改的具體程序。經(jīng)過兩年的實(shí)踐，收到了很好的效果，已經(jīng)為學(xué)校正式采用。他關(guān)心和愛護(hù)學(xué)生，在要求學(xué)生大膽創(chuàng)新的同時(shí)，注重通過自身嚴(yán)格遵守科學(xué)道德、實(shí)事求是的模范行為，對學(xué)生的科學(xué)觀、人生觀和品行進(jìn)行熏陶。他每年為研究生講授分子生物學(xué)、分子病毒學(xué)和微生物學(xué)前沿進(jìn)展和專業(yè)英語共4門核心課程，給本科生做生命科學(xué)前沿進(jìn)展講座。他每個(gè)學(xué)期都對授課內(nèi)容進(jìn)行更新，力求把最新的知識(shí)傳授給學(xué)生，同時(shí)注重培養(yǎng)學(xué)生主動(dòng)和批判地吸收知識(shí)的能力。

2001年被評為全國優(yōu)秀教師，2002年被中組部、中宣部、人事部和科技部授予“杰出專業(yè)人才”榮譽(yù)稱號(hào)，2004年被評為全國師德先進(jìn)個(gè)人，2005年被評為全國先進(jìn)工作者。

1999-2000 國家863計(jì)劃青年科學(xué)基金“與病毒復(fù)制有關(guān)的寄主因子基因的克隆鑒定”(主持)；

2000-2003國家杰出青年科學(xué)基金“病毒與寄主相互作用的分子生物學(xué)：寄主因子基因的功能性克隆”(主持)；

2000-2002 國家轉(zhuǎn)基因植物研究與產(chǎn)業(yè)化專項(xiàng)“水稻和蕃茄RNA病毒寄主因子基因的克隆和鑒定”(主持)；

2000-2002 教育部高等學(xué)校骨干教師資助計(jì)劃“病毒寄主因子的克隆鑒定”(主持)；

2001-2003 廣西自治區(qū)人事廳“十百千人才工程”人選專項(xiàng)資金(主持)；

2002-2005 國家自然科學(xué)基金重點(diǎn)項(xiàng)目“低毒病毒的宿主因子基因和靶基因的克隆及其功能研究”(主持)；

2001-2003 國家863計(jì)劃“病毒宿主因子基因克隆及抗病毒化合物篩選新方法研究”(主持)；

2002-2004 科技部國際科技合作重點(diǎn)項(xiàng)目“病毒病防治新策略的研究”(主持)；

2002-2004 廣西科學(xué)研究與技術(shù)開發(fā)計(jì)劃“水稻和蕃茄RNA病毒寄主因子基因的克隆和鑒定”(主持)；

2002-2004 廣西自然科學(xué)基金項(xiàng)目“低毒病毒寄主因子基因的功能性克隆”(主持)；

2002-2005 國家攻關(guān)計(jì)劃“稻瘟病菌致病性的功能基因組研究”(合作單位主持)；

2003-2005 廣西科學(xué)研究與技術(shù)開發(fā)計(jì)劃“辣椒新型抗病基因克隆及抗病新種質(zhì)創(chuàng)建”(主持)；

2004-2005 國家863計(jì)劃“病毒宿主因子基因克隆及抗病毒化合物篩選新方法研究”(主持)。

Dawe AL, McMains VC, Panglao M, Kasahara S, Chen B, Nuss DL. An ordered collection of expressed sequences from Cryphonectriaparasitica and evidence of genomic microsynteny with Neurospora crassa and Magnaporthe grisea. Microbiology. 2003;149:2373-84.

Todd B. Parsley, Baoshan Chen, Lynn M. Geletka, Donald LN. Differential Modulation of Cellular Signaling Pathways by Mild and Severe Hypovirus Strains. Eukaryotic Cell. 2002;1:401-13.

2018年3月30日，廣西壯族自治區(qū)人民政府決定免去陳保善同志的廣西大學(xué)副廳級(jí)調(diào)研員職務(wù)。