腓特烈二世的母親康斯坦絲皇后本是西西里公主，薄伽丘在《名女傳》里記載了關(guān)于她的一個傳說：有預(yù)言稱她的婚姻將毀滅西西里，所以威廉一世強(qiáng)迫童年的她發(fā)誓永遠(yuǎn)守住處女之身，此后她就被關(guān)在修道院里當(dāng)修女直到三十多歲，在中世紀(jì)的人看來她已經(jīng)是個老太婆了，所以也就慢慢淡忘了這個不幸的預(yù)言，她還是在32歲的時候嫁給了年輕的亨利即后來的亨利六世。

康斯坦絲皇后在婚后一直沒有孩子，直到40歲才令人吃驚地懷上了孩子，有些不懷好意的人宣稱一個屠夫的兒子將被調(diào)換成皇子，這對靠血緣世襲的西西里王室而言是十分危險的流言。1194年12月26日皇后在趕往西西里（皇帝已經(jīng)于圣誕節(jié)加冕成為西西里國王）的途中感到了分娩的陣痛，她在耶西的市集上搭起了帳篷，為了維護(hù)孩子正統(tǒng)的繼承權(quán)力，她允許鎮(zhèn)上的女公民觀看皇后的分娩，并把赤裸的正滴著乳汁的胸脯給眾人看。

腓特烈在與父亨利六世唯一一次見面——施洗中，被賦予FEDERICO RUGGERO的名稱：意寓將繼承祖父紅胡子（FEDERICO I）和外公羅杰二世（RUGGERO）的名字以及他們的豐功偉績，成為西西里與日爾曼兩地之王。

腓特烈二世父母的婚姻使他自然成為西西里的繼承人。而德意志的王冠他也在例行的“選舉”中得到。亨利六世讓諸侯在1196年12月選舉年幼的腓特烈為德國國王，但同時皇帝企圖實現(xiàn)的皇位世襲制度卻因教廷的強(qiáng)烈反對而失敗了。但當(dāng)亨利六世患瘧疾突然去世時（1197年9月28日），腓特烈二世還是個孩子，皇帝的遺囑（有可能是偽造的）為他規(guī)劃了“理想的未來”。以帝國對教廷的讓步保證腓特烈二世得到巨大的帝國。然而皇帝一死，托孤大臣安魏勒的馬克瓦爾特就被康斯坦絲皇太后趕出了西西里。

在康斯坦絲皇太后授意下，年幼的腓特烈二世放棄了德國的王位，她讓自己的兒子于1198年5月17日加冕為西西里國王。在丈夫去世一年后，44歲的康斯坦絲太后也走到生命的盡頭，她于1198年9月27日去世，她在去世前請求強(qiáng)大的教皇英諾森三世保護(hù)這個年幼的國王。因而這位年輕的國王是在教皇的監(jiān)護(hù)下成長起來的，被稱做“神父哺育的國王”，德國人則喜歡稱他為“阿普利亞的孩子”。

當(dāng)然作為帝國的敵人，英諾森三世并沒有成為這個可憐皇室遺孤的負(fù)責(zé)的監(jiān)護(hù)人，幼年的腓特烈二世是在不受重視甚至是歧視和虐待中度過的，他在西西里的首府巴勒莫度過了整個童年，在一個充滿陰謀和冷漠的宮廷中，這個兒童雖然戴著王冠其實卻是個時時被監(jiān)視的囚徒。有傳說，6歲的他穿著國王的華服用尖利的手指甲不停地劃破綢衣和自己幼嫩的皮膚。沒有人關(guān)心他，有時候連吃飯都成為問題，這個孩子在巴勒莫的街頭流浪，依靠富有愛心支持皇帝的家庭的接濟(jì)。這樣的童年是個皇帝不可想象的，但正是這樣悲慘坎坷的童年的經(jīng)歷影響了腓特烈二世的一生。他待人平等，可以同馬夫平等地交談問題，他只相信自己，極端地自我，相當(dāng)?shù)厥拦�。他見多識廣，對知識孜孜不倦也是從他童年在市井間的生活開始的。（然不盡實，教宗有派遣一系列的教會人士，對腓特烈生活，教育進(jìn)行相當(dāng)程度上的監(jiān)護(hù)）

在他15歲的時候，他的監(jiān)護(hù)人英諾森三世終于做了一件重大的事情，讓他結(jié)了婚。為他選了一位新娘，比年輕的國王至少大10歲還是個寡婦，阿拉貢的公主康斯坦絲。

1211年，因為奧托四世的不受控制，英諾森三世提議腓特烈為日爾曼國王，而他的嬰兒長子亨利加冕為西西里國王，妻子為王國攝政。于是乎腓特烈踏上前往日爾曼的道路。3月，自巴勒莫出發(fā)，于復(fù)活節(jié)夕到達(dá)羅馬，與英諾森三世會面——這也是兩者唯一的一次會面。腓特烈宣誓效忠教宗。隨后通過熱那亞，于7月到達(dá)康斯坦茨，并在之后3個月與法國不久后的國王路易八世簽訂共同對抗奧托四世。1213年7月12日，在教宗的黃金訓(xùn)令中，承托了神圣羅馬帝國與西西里王國的分離，放棄日爾曼在意大利半島的一切權(quán)力，并承諾進(jìn)行第五次十字軍東征。教皇滿意地認(rèn)為，他已經(jīng)完全控制了腓特烈二世。1214年，奧托四世在鮑文思戰(zhàn)役中慘敗，這使得腓特烈二世確保了神圣羅馬帝國的皇位。

一俟腓特烈二世成年，他就顯示出一種截然非英諾森三世所想的態(tài)度。英諾森三世的繼任霍諾留斯三世是一個優(yōu)柔寡斷之人，他使得腓特烈二世能夠放手把西西里作為他的政治基地。1220年帝國會議選舉腓特烈二世為德意志國王，并于當(dāng)年腓特烈二世被加冕為神圣羅馬帝國皇帝，于是皇帝的地盤把教皇國包圍了起來，而這正是歷代教皇所極力反對的。總的來說，腓特烈二世對德國的事務(wù)反倒不甚關(guān)心，他統(tǒng)治的中心是西西里。意大利的城市剛剛依靠倫巴第聯(lián)盟擊退了腓特烈二世的祖父紅胡子腓特烈一世，現(xiàn)在他們發(fā)現(xiàn)自己正面對一位更恐怖的腓特烈。

1226年，腓特烈二世發(fā)給條頓騎士團(tuán)大團(tuán)長赫爾曼·馮·薩爾扎一個特許狀，準(zhǔn)許其征服普魯士。薩爾扎是腓特烈二世一生中最信賴的顧問之一。

1227年性格倔強(qiáng)的格列高利九世當(dāng)選為教皇，他的后半生都在與腓特烈二世爭斗。他命令腓特烈二世立即率領(lǐng)十字軍東征。但是腓特烈二世的十字軍遇到了瘟疫，以至很快折返。格列高利九世不相信這是事實，他對腓特烈二世處以絕罰。腓特烈二世只好再次出征耶路撒冷。

腓特烈二世領(lǐng)導(dǎo)的十字軍是十字軍東征史上絕無僅有的一次。他的行動令東方和西方都大吃一驚，然而卻得到了最好的效果。實際上，腓特烈二世避免任何戰(zhàn)場上的交鋒，他通過談判手段換回了耶路撒冷。埃及蘇丹稱贊他為最好的歐洲君主。根據(jù)和約，腓特烈二世重建了耶路撒冷王國并自任國王，同時與原國王的女兒結(jié)婚。他的這些史無前例的活動成了格列高利九世反對他的借口。格列高利九世譴責(zé)腓特烈公然與異教徒簽約，并派軍隊進(jìn)攻西西里。然而，教皇大大低估了腓特烈二世的力量。腓特烈二世迅即班師回意大利擊潰教皇軍隊。雙方于1230年休戰(zhàn)，格列高利九世解除了對腓特烈的絕罰。

腓特烈二世與教皇國的矛盾已經(jīng)根深蒂固。1234年，教皇支持腓特烈二世的兒子德意志國王亨利七世反對自己的父親。腓特烈二世很快撲滅了叛亂，他廢除了兒子的王位，并把他終身監(jiān)禁在意大利的監(jiān)獄里（1235年）。他在意大利有一個有力的支持者：維羅納長官埃澤利諾三世·達(dá)·羅馬諾。在后者支持下，他對意大利南方的反皇帝城市聯(lián)盟進(jìn)行征討（1236年）。1237年，腓特烈二世在科爾泰努瓦大敗圣澤諾內(nèi)聯(lián)盟。1241年他襲擊了熱那亞的艦隊，俘虜了兩名正準(zhǔn)備參加教皇召開的，譴責(zé)腓特烈二世的會議的紅衣主教。

新任教皇英諾森四世表現(xiàn)出一種比格列高利九世還要嚴(yán)厲的態(tài)度。1245年，他在法國的里昂對腓特烈二世處以絕罰（他選擇里昂是為了避開皇帝的直接軍事威脅）。腓特烈二世面臨著嚴(yán)峻的形勢：教皇的制裁損害了他的聲望，在那個人民篤信基督教的時代，君主被開除教籍是極其危險的，以前就有不少這方面的例子。更嚴(yán)重的是，德意志的諸侯開始與意大利城市聯(lián)合反對他，這些諸侯一直是困擾每一代皇帝的威脅力量。1246年，圖林根公爵亨利在教皇與諸侯支持下當(dāng)選為敵對國王。在種種困難之下，腓特烈二世在弗薩爾塔戰(zhàn)役中被意大利同盟打敗，他的兒子被俘。

腓特烈二世一直未能找到反對英諾森四世的可靠同盟。1250年12月，他在一次行獵中突然病倒了，可能是中風(fēng)。當(dāng)然也有流言說是被自己的兒子曼弗雷德殺死。1250年12月13日（惡魔之夜）腓特烈二世死在了弗奧倫蒂諾城堡，享年56歲。迷信的皇帝曾聽到過請他小心帶“花”的地名，所以他一生都小心地踏足佛羅倫薩，但是命運(yùn)卻安排他在“百花之宮”（弗奧倫蒂諾城堡）結(jié)束了他傳奇性的人生。

他的死被隱瞞了一段時間，最后他被葬在巴勒莫大教堂的地下室內(nèi)，他父母的身旁。入葬的時候他身上穿著重罪者懺悔的麻袋衣而不是皇帝華麗的壽衣，他的遺體外還按照阿拉伯的習(xí)俗裹上大幅的絲綢布，上面繡著一句箴言：“統(tǒng)治世界的”。這件悔過的麻袋衣今日仍然在皇帝遺體的身上，不過這位在生前把世界攪亂的皇帝已經(jīng)變成了一堆紅棕色的枯骨，即將化為灰塵。就像他所有的愛和恨。

他活著的時候為意大利而生，忘卻了自己的父親的國家德意志，他愛說自己是“西西里國王”，一生只有一次稱自己為“羅馬人之王”（即德意志國王）。

腓特烈二世給人留下深刻的印象，仿佛他不是個君主而是位學(xué)者。他本人掌握了七種語言：德語，意大利語，法語，拉丁語，希臘語，希伯萊語和阿拉伯語。這在教育比較落后的中世紀(jì)是非常令人驚奇的。

由于具有一些新穎的觀念，他在發(fā)展工商業(yè)方面很有成就。腓特烈二世重視教育，他創(chuàng)辦了西西里王國的第一所大學(xué)——那不勒斯大學(xué)（1224年），在西西里辦了一個詩歌學(xué)校�；实郾救诉�寫有一部詩集“獵鳥的藝術(shù)”。腓特烈二世把西西里的法律編成法令集。在自然科學(xué)方面，腓特烈二世非常重視伊斯蘭學(xué)者掌握的知識，當(dāng)時伊斯蘭世界的文化水平遠(yuǎn)遠(yuǎn)超過了歐洲。他有時會做一些實驗，不過這些實驗據(jù)說變成了暴行（人體實驗？），當(dāng)然這也可能是教皇對他的誹謗。

腓特烈二世是個有強(qiáng)烈感官刺激欲望的男人，換而言之他有很強(qiáng)烈的性欲。他對女色的追求可能來自于過早地喪失母愛，童年生活在一個完全沒有關(guān)心和愛的環(huán)境中有關(guān)。

他愛女人，愛過許多許多女人并為她們寫出許多情真意切，感情熱烈奔放，甚至相當(dāng)肉麻的情詩。傳說他在年少流浪時便和妓女們打成一片，15歲時便和一位比他至少大十歲的美麗寡婦，前匈牙利的王后結(jié)婚了。17歲就有了嫡出的長子，未來的共同統(tǒng)治者德意志的亨利。在他喜愛的發(fā)妻死后，他又結(jié)了兩次婚，這兩位夫人為他生了許多孩子后也都去世了。在他最愛的情人臨死的時候他在她的靈床邊和她舉行了婚禮的儀式。他還有一個奇特的愛好，就和以前的西西里君王一樣，喜愛阿拉伯的美麗宮妃，他經(jīng)常帶著一些阿拉伯女奴和這珍禽異獸出游。

由于腓特烈二世一生征伐無度，人們傳說在他去世的時候，惡魔把他的靈魂從埃特納火山口帶往了地獄�，F(xiàn)在西西里地區(qū)仍然有這樣的說法：這位國王會騎著白馬從埃特納火山口躍出，以救世主的身份拯救世界。