1993年起在海外媒體工作，其間對 中國環(huán)境和資源狀況做跟蹤研究。完成《 中國水危機》一書，闡述中國七大流域面臨的 水資源問題及其對流域內經(jīng)濟、 社會和 生態(tài)環(huán)境構成的威脅，提出中國一些地區(qū)可能陷入水危機，分析造成水資源困境的根本原因，倡導對江河生態(tài)的保護和對水資源的可持續(xù)地利用。該書1999年底由 中國環(huán)境科學出版社出版， 英文版于2004年在美出版。

2000年任SCMP網(wǎng)絡公司 北京代表處首席代表，負責協(xié)調網(wǎng)站在華業(yè)務，組織中國報道，同時為報紙撰寫環(huán)境專稿。2002年加入博信國際咨詢公司，為在華海外投資企業(yè)提供有關中國環(huán)境、健康和安全(EHS)相關政策和法律的咨詢服務；為跨國企業(yè)在華的供貨商制定 企業(yè)社會責任標準和評價體系，并以其開展環(huán)境、健康、安全和勞工權益的審核。

2004年入選 耶魯大學世界學人項目(Yale World Fellows Program)，其間對中美環(huán)境管理體制作比較性研究，并向 美國各界人士介紹中國面對的嚴峻環(huán)境挑戰(zhàn)，以及中國政府和公眾為保護環(huán)境付出的巨大努力。2005年6月回國后，繼續(xù)致力于江河生態(tài)保護的工作；同時撰寫文章，探討中國環(huán)境和資源管理體制變革方向和可行出路。2006年5月，他與國務院總理溫家寶、 民權行動者陳光誠、家電行業(yè)巨頭 黃光裕以及臺灣導演 李安一同被入選為美國《 時代周刊》“2006年全球最具影響的100人”。

2006年6月，出任公眾與環(huán)境研究中心主任，致力于推動環(huán)境信息公開和污染防治。先期領導開發(fā)了一個水污染公益數(shù)據(jù)庫，匯集和整理全國各省、市水質信息、排放信息和污染源信息，通過“ 中國水污染地圖”網(wǎng)站， 提供給公眾使用。

馬軍因 開發(fā)出中國第一個 水污染公益數(shù)據(jù)庫，發(fā)布“ 中國水污染地圖”而被評選為2006年 綠色中國年度人物。

1993年起在海外媒體工作，其間對中國環(huán)境和資源狀況做跟蹤研究。完成《中國水危機》一書，闡述中國七大流域面臨的水資源問題及其對流域內經(jīng)濟、社會和生態(tài)環(huán)境構成的威脅，提出中國一些地區(qū)可能陷入水資源危機，分析造成水資源困境的根本原因，倡導對江河生態(tài)的保護和對水資源的可持續(xù)地利用。該書1999年底由中國環(huán)境科學出版社出版，英文版于2004年在美出版。

領導開發(fā)了中國水污染地圖，一個與數(shù)字地圖結合的水污染公益數(shù)據(jù)庫，向公眾提供全國水污染信息。通過點擊數(shù)據(jù)庫網(wǎng)站，用戶可以查閱全國、 31個省級 行政區(qū)和超過300家地市級行政區(qū)的水質信息、污染排放信息和污染源信息，包括超標排放的企業(yè)和污水處理廠信息，還可以對各省市 有毒有害物質的排放量進行排名。IPE還開發(fā)了一套環(huán)境信息公開指數(shù)，以評價各地主管部門的信息公開狀況。

2018年4月，獲得2017年荷蘭克勞斯親王最高榮譽獎。?