三十六年（公元1557年），奉天、華蓋、謹(jǐn)身三殿遭火災(zāi)，明世宗命重修，特授李佑為工部郎中。他赴川貴采木事，不辭險(xiǎn)陰，深入嵐瘴，很好地完成了任務(wù)，名起大振。后升任江西按察兵備南贛副使，其間率明軍多次鎮(zhèn)壓農(nóng)民起義，建“大功”于明廷，晉升江西右參政，仍掌兵備南贛事。

明穆宗隆慶元年（公元1567年），升都察院右僉都御史出任廣東巡撫。為貴州第一位出任廣東巡撫者，在廣東再次鎮(zhèn)壓農(nóng)民起義，受到皇帝嘉獎(jiǎng)。隆慶四年（公元1570年），被彈劾閑居。當(dāng)朝廷擬再次起用他時(shí)，他已于隆慶五年（公元1571年）去世。平生著有《南法寺駁稿》六卷，《撫粵疏草》八卷，《詩(shī)文集》四卷。《黔詩(shī)紀(jì)略》收錄其《歸來(lái)有懷前撫孔韶文侍郎》、《經(jīng)香爐山》詩(shī)二首。

《明史·列傳第一百十》有載：“李佑，字吉甫，貴州清平衛(wèi)人。嘉靖二十六年進(jìn)士。歷官江西副使，邀賊瑞金有功。尋敗廣東賊吳志高、江西下歷賊賴清規(guī)等，皆賚銀幣。進(jìn)江西右參政。偕總兵官俞大猷，大破劇賊李亞元。擢僉都御史，巡撫廣東。屢敗海寇林道乾、山寇張韶南等。隆慶中，被劾罷歸�！�