丘瓊蓀受“五四”運動影響，曾用新文學觀點研究古代韻文，著有《詩賦詞曲概論》�？箲�(zhàn)初期，開始研究我國古代樂律學。解放后，結識音樂史研究專家楊蔭瀏、沈知白和隋唐藝術研究專家任二北（半塘）、現(xiàn)代音樂理論家繆天瑞等，相互探討音樂理論。1954～1957年，完成《楚調鉤沉》、《吉律質疑》、《漢大曲管窺》、《樂書訂誤》等論文。奮斗10余年，于1961年完成《歷代樂志律志校釋》稿5冊，約100萬字，終于貢獻給學術界一部很有價值的樂律導航之作。借書稿未及出齊，底稿于“文化大革命”中在中華書局遺失。

丘瓊蘇歷時7年研究我國古代樂譜，將南宋姜夔所填的17首歌曲，全部破譯成功。撰寫了《白石道人歌曲通考》，由音樂出版社出版。

1963年5月，丘瓊蓀經上海文史館館長金兆鋅等人介紹，赴東北文史研究所講學3月。他撰寫《樂律舉要》一書，圖文并茂，深入淺出，為樂律學之啟蒙作品。晚年全力撰寫《燕樂探微》，約30萬字。針對日本學者林謙三著《隋唐燕樂調研究》中的問題進行探討，涉及面極廣，對印度樂、龜茲樂、日本樂等皆有對照論列。郭沫若讀后，給予充分肯定。原稿在“文化大革命”中毀損1/3，后由隗芾按其原目錄予以補著完成。