丘瓊蓀受“五四”運(yùn)動(dòng)影響，曾用新文學(xué)觀點(diǎn)研究古代韻文，著有《詩(shī)賦詞曲概論》�？箲�(zhàn)初期，開始研究我國(guó)古代樂律學(xué)。解放后，結(jié)識(shí)音樂史研究專家楊蔭瀏、沈知白和隋唐藝術(shù)研究專家任二北（半塘）、現(xiàn)代音樂理論家繆天瑞等，相互探討音樂理論。1954～1957年，完成《楚調(diào)鉤沉》、《吉律質(zhì)疑》、《漢大曲管窺》、《樂書訂誤》等論文。奮斗10余年，于1961年完成《歷代樂志律志校釋》稿5冊(cè)，約100萬字，終于貢獻(xiàn)給學(xué)術(shù)界一部很有價(jià)值的樂律導(dǎo)航之作。借書稿未及出齊，底稿于“文化大革命”中在中華書局遺失。

丘瓊蘇歷時(shí)7年研究我國(guó)古代樂譜，將南宋姜夔所填的17首歌曲，全部破譯成功。撰寫了《白石道人歌曲通考》，由音樂出版社出版。

1963年5月，丘瓊蓀經(jīng)上海文史館館長(zhǎng)金兆鋅等人介紹，赴東北文史研究所講學(xué)3月。他撰寫《樂律舉要》一書，圖文并茂，深入淺出，為樂律學(xué)之啟蒙作品。晚年全力撰寫《燕樂探微》，約30萬字。針對(duì)日本學(xué)者林謙三著《隋唐燕樂調(diào)研究》中的問題進(jìn)行探討，涉及面極廣，對(duì)印度樂、龜茲樂、日本樂等皆有對(duì)照論列。郭沫若讀后，給予充分肯定。原稿在“文化大革命”中毀損1/3，后由隗芾按其原目錄予以補(bǔ)著完成。