辛亥革命時，李石愚加入了廣西學生軍，因其受到干校監(jiān)督蔡鍔和組建學生軍的林虎的賞識，就被直接任命為見習連長，順帶著還成為同盟會會員。在學生軍參加北伐的作戰(zhàn)中，李石愚身先士卒率領全連與清軍拼殺，打到最后全連竟然只剩下他一人。李的表現(xiàn)被林虎深深的記在了心中，后來在林虎組織護國軍的時候，直接提拔李石愚為營長。第一次粵桂戰(zhàn)爭后由于林虎的辭職，李也跟隨林辭職。

李宗仁在六萬大山屯兵時邀請已解甲歸田的李石愚出山相佐，成為李宗仁當時的頭號大將，協(xié)助李宗仁整軍經(jīng)武，為日后李宗仁經(jīng)營廣西立下汗馬功勞。

1925年春，云南軍閥唐繼堯乘孫中山北上京都之機，為了占據(jù)兩廣，爭奪廣州大元帥寶座，借口假道廣西，率滇軍大舉入侵廣西，矛頭直指 柳州。李宗仁任命李石愚為前敵總指揮，堅守 柳州，在一次巡視前線工事時，不幸中彈負傷，1925年5月3日，因傷重而亡，享年37歲。

對李石愚的逝去，李宗仁十分傷感和惋惜，他在后來的回憶錄中就這樣寫著：李石愚為人豪爽有俠氣，驍勇善戰(zhàn)，討陸討沈，無役不與，威名赫赫，勞苦功高，不竟于廣西統(tǒng)一之時，竟于 柳州殉職。