2006年，牟昌華授命擔(dān)任公司重大戰(zhàn)略項目“8英寸半導(dǎo)體高端數(shù)字氣體質(zhì)量流量控制器”技術(shù)負(fù)責(zé)人。該項目旨在開發(fā)我國新一代數(shù)字氣體質(zhì)量流量控制器。氣體的控制和測試在幾乎應(yīng)用所有的工業(yè)現(xiàn)代化領(lǐng)域，測量和控制的水平將直接影響到該領(lǐng)域的技術(shù)水平和產(chǎn)品質(zhì)量，因此是重要的核心工藝。由于項目的重要意義，2007年北京市委組織部給予牟昌華優(yōu)秀人才項目培養(yǎng)基金資助。

在牟昌華的帶領(lǐng)下，項目組成功研制了CS200氣體質(zhì)量流量控制器，并建立了完整的供應(yīng)鏈體系和生產(chǎn)制造能力。2008年9月，CS200型產(chǎn)品通過北京市的新產(chǎn)品鑒定，并在北京北方微電子基地設(shè)備工藝研究中心和北京大學(xué)微電子所成功進(jìn)行了工藝試用，鑒定結(jié)論該產(chǎn)品的技術(shù)指標(biāo)已達(dá)到國際同類先進(jìn)水平。目前，CS系列產(chǎn)品已經(jīng)成為我國第一款擁有自主知識產(chǎn)權(quán)的高端氣體質(zhì)量流量控制器。目前在國內(nèi)大規(guī)模集成電路及半導(dǎo)體，光伏太陽能，真空、特種玻璃等各個行業(yè)取得了客戶的普遍認(rèn)可，產(chǎn)品已經(jīng)在美國、歐洲等各個地區(qū)開始拓展。

2008年6月起，牟昌華擔(dān)任國家科技重大專項02號專項“300mm 90/65nm立式氧化爐/質(zhì)量流量控制器”項目子課題三技術(shù)負(fù)責(zé)人。該課題旨在研制我國300mm生產(chǎn)線的高端氣體質(zhì)量流量控制器，打破國外的技術(shù)壁壘。目前所研發(fā)的產(chǎn)品已在我國各主要大規(guī)模集成電路產(chǎn)線和裝備企業(yè)進(jìn)行了測試，測試結(jié)果良好。

2009年，隨著國際上對于燃料電池新興能源的重視，牟昌華開始針對燃料電池行業(yè)需求的氣體流量控制產(chǎn)品展開研究，最終根據(jù)該行業(yè)特點(diǎn)陸續(xù)推出了多款產(chǎn)品。其中，2011年推出了專門為燃料電池行業(yè)開發(fā)的數(shù)字化的CS230G產(chǎn)品，該產(chǎn)品具備極低壓差，寬溫度使用范圍，低溫度系數(shù)和零漂，可靠通訊協(xié)議，安全認(rèn)證等多項優(yōu)勢。目前產(chǎn)品已經(jīng)出口海外超過3000臺，是目前國際上唯一適用于商業(yè)燃料電池電站的氣體質(zhì)量流量控制器，取得了良好的經(jīng)濟(jì)和社會效益。2011年，CS230G通過北京市的新產(chǎn)品鑒定，鑒定結(jié)論其技術(shù)水平達(dá)到國際領(lǐng)先。

堅持技術(shù)創(chuàng)新的牟昌華在質(zhì)量流量控制器領(lǐng)域共申請獲得專利10余項，其中國際PCT發(fā)明2項。在國際國內(nèi)重要會議上發(fā)表論文5篇。2009年，牟昌華順利完成在七星華創(chuàng)電子股份有限公司博士后工作站、清華大學(xué)自動化系博士后流動站的博士后工作，以優(yōu)秀成績通過考核。2012年，牟昌華所帶領(lǐng)的團(tuán)隊獲得北京市“牟昌華創(chuàng)新工作室”稱號。

牟昌華先后獲得北京市勞動模范、北京市經(jīng)濟(jì)技術(shù)創(chuàng)新標(biāo)兵等多項榮譽(yù)。