苻菁是苻健兄長之子，不過苻健的兩個兄長都因后趙君主石虎猜疑苻氏而遇害。永和六年（350年），苻健接掌苻洪部眾后稱晉朝官爵，并與晉廷聯(lián)絡(luò)，以苻菁為揚武將軍，準備進攻關(guān)中。不久苻健正式出兵關(guān)中，并于盟津分七千兵讓苻菁走河東地區(qū)經(jīng)軹關(guān)渡過黃河，自己則領(lǐng)軍渡過黃河并經(jīng)潼關(guān)直取長安。苻健在分別時更手執(zhí)苻菁的手說：“若果事情不成功，你死在河北，我死在河南，不再相見�！币庵^背水一戰(zhàn)，必須成功。隨著據(jù)守關(guān)中的杜洪派往抵抗苻健大軍的將領(lǐng)張先于潼關(guān)戰(zhàn)敗，渭北的氐、羌酋長都向苻健投降，苻菁所過的郡縣都向其歸降。及后苻菁在渭北生擒張先，三輔郡縣堡壘皆盡向苻健投降，杜洪亦棄長安出奔，苻健得以入據(jù)長安。

皇始元年（351年），苻健稱天王，正式建立前秦，封苻菁為衛(wèi)大將軍、平昌公，擔當守衛(wèi)苻健及太子苻萇所居宮舍的重任。次年苻健稱帝，進封苻菁為平昌王。

皇始二年（352年），苻菁奉命與丞相苻雄領(lǐng)兵略地關(guān)東并救援正受到東晉安西將軍謝尚及姚襄攻擊的后趙豫州牧張遇，終大敗晉軍。次年，前涼派將軍張弘及宋修聯(lián)同王擢進攻前秦，苻菁又與苻雄領(lǐng)兵抵御，終大敗涼軍并俘獲張弘及宋修。不久將軍苻飛敗于氐王楊初，苻菁就與苻雄還屯隴東。接著因張遇謀叛失敗而引發(fā)原與張遇同謀的孔特、劉珍、喬秉等人各據(jù)城叛變，苻雄返回長安準備討伐，而苻菁則出兵上洛郡，并設(shè)置荊州，治于豐陽（今陜西山陽縣）。

皇始四年（354年），東晉征西大將軍桓溫發(fā)動北伐，自荊州進攻關(guān)中，苻健于是命苻萇與苻雄、苻菁等領(lǐng)兵抵抗，卻于藍田縣敗于桓溫，于是退守長安城南，聯(lián)同雷弱兒所率從長安城內(nèi)調(diào)來的三萬精兵防御停駐于灞上的桓溫大軍。后桓溫因敗于苻雄，亦缺乏軍糧，于是退兵，苻萇等于是率大軍追擊，殺傷晉兵以萬計。苻健不久追論抵抗桓溫的功勞，以苻菁為司空。

皇始五年（355年），苻菁改任太尉。同年，苻健立三子苻生為太子（苻萇于上一年十月去世）。苻健在六月患病，至庚辰日，苻菁以為苻健已死，于是帶兵攻入太子所住的東宮，意圖殺死苻生，自己登位。不過當時苻生在苻健所住的西宮侍疾，苻菁于是轉(zhuǎn)攻東掖門。苻健知道外有變亂，于是登上端門陳兵自衛(wèi)。苻菁部眾見苻健未死，恐懼之下都自潰，苻健于是拿下苻菁，數(shù)責其罪后處死。