康熙十三年，陜西提督王輔臣叛應(yīng)吳三桂，上命揚(yáng)威將軍阿密達(dá)自江寧移師討之，瑪爾漢以署驍騎參領(lǐng)從。十四年，與副都統(tǒng)鄂克濟(jì)哈、穆舒琿等自涇州進(jìn)兵，屢破壘，斬級(jí)數(shù)百，克寧州。十五年，大將軍圖海督兵圍平?jīng)�，輔臣降，瑪爾漢還京師。圖海請(qǐng)調(diào)涼州、寧夏、固原諸鎮(zhèn)兵進(jìn)攻興安、漢中，上命副都統(tǒng)吳丹及瑪爾漢赴諸鎮(zhèn)料理徵發(fā)，兼詢緩急機(jī)宜。甘肅提督張勇請(qǐng)緩師，上命圖海固守鳳翔、秦州諸要隘，分兵授征南將軍穆占下湖廣，命瑪爾漢從。十七年，授御史。

十九年，穆占師進(jìn)貴州，二十年，師進(jìn)云南，瑪爾漢皆在行間，得功牌十二。云南平，師還，追論征湖南不力援永興，致?lián)p將士，奪功牌九。二十一年，命巡視河?xùn)|鹽政。御史許承宣、羅秉倫?ài)郎轿餮矒釄D克善令平陽(yáng)屬十三州縣增報(bào)鹽丁加課累民，下巡撫穆?tīng)栙悤?huì)瑪爾漢覈實(shí)，請(qǐng)免虛報(bào)一萬(wàn)七千馀丁。二十五年，以按治歸化城都統(tǒng)固穆德不實(shí)，吏議左遷。二十六年，授理籓院司務(wù)。從大學(xué)士索額圖等使鄂羅斯定邊界，辭辨明析，鄂羅斯人折服。事聞，圣祖嘉其能。尋遷戶部郎中。三十三年，遷翰林院侍講學(xué)士，再遷兵部侍郎。三十五年，上親征噶爾丹，命瑪爾漢駐土木董理驛站，以送軍馬羸，吏議奪官，命寬之。

三十八年，遷左都御史。再遷兵部尚書(shū)，充經(jīng)筵講官、議政大臣。四十三年，歲饑，流民就食京師。命與內(nèi)大臣佟國(guó)維、明珠、阿密達(dá)等監(jiān)賑。四十六年，調(diào)吏部。四十八年，以老病乞休。五十七年，卒，年八十五。上遣內(nèi)大臣臨奠，賜祭葬。雍正八年，世宗諭獎(jiǎng)瑪爾漢謹(jǐn)慎忠厚，事圣祖宣力多年，完名引退，贈(zèng)太子太傅。賢良祠成，命入祀。乾隆元年，高宗命追謚恭勤。