順治八年（1651年）舉人。順治十七年（1660），授重慶推官，權(quán)代重慶府、夔州府知府。此時張獻忠初滅，蜀東一帶還在起義軍的掌握中，征師四集，陳丹赤給餉不乏。墾荒萊，緩刑禁，報最。遷刑部主事，再晉刑部員外郎。監(jiān)天津關(guān)稅時，恪盡公廉，未茍取一錢。后升兵部郎中，出為浙江按察司僉事、分巡溫處道，署按察使。

康熙十三年（1674），入京覲見走到山東的時候，平南王吳三桂反，詔令入覲官員悉還治所。陳丹赤歸至東昌，聽說盤踞福建的靖南王耿精忠也加入了叛亂。陳丹赤憂慮溫州與福建接壤，福建既叛，定首攻溫州，溫州一失，全浙則不可守。遂晝夜兼程，趕至杭州謁撫軍議事，而后馳赴溫州籌劃防御事宜。

平陽叛將司定猷勾結(jié)耿精忠兵逼瑞安，陳丹赤獨居城上，泣諭父老，誓與城存亡。�？苤祜w熊乘間肆掠，鄉(xiāng)民爭相入城，總兵祖弘勛欲不納。陳丹赤曰：“城以人為固，人以食為命。民輦粟入城，民即兵，食即餉。亟宜納之，與共守�！庇谑莵碚邤�(shù)萬。

寇涌至，攻南門甚急，副將楊春芳忽撤兵去，人心洶懼。陳丹赤日馳牒乞援，晨夜徼循，以忠義厲士卒，皆感泣，愿死守。祖弘勛準(zhǔn)備以溫州叛，表面上派遣游擊馬文始助守，實際上欺騙陳丹赤，陳丹赤誓以身殉。永嘉知縣馬琾見狀，躍起搏擊道：“汝等反了！”高魁刀砍馬琾，琾血流滿面，以頭撞祖宏勛曰：“吾與爾俱死。”遂同遇害。

六月甲午朔，祖弘勛陳甲仗華蓋山，集文武官計事，欲以脅迫陳丹赤。千總姚紹英知其謀，勸勿往，陳丹赤不顧，策馬去。

至則兵露刃夾階立，坐定，祖弘勛曰：“彼眾我寡，將若何？”陳丹赤曰：“提標(biāo)前鋒五千人已集，且民心效死，戰(zhàn)即不足，守自有馀。吾此來商以舟濟師，顧乃計多寡邪？”祖弘勛曰：“舟安在？”陳丹赤語通判白鼇宸曰：“河干泊舟不少，皆鄉(xiāng)民所棄。以濟援師，何患無舟？”弘勛語塞，楊春芳厲聲言曰：“城中糧盡，縱有兵有舟，誰為我用？”陳丹赤曰：“若言誤矣。吾軍糧餉足供六閱月，且遠(yuǎn)近鄉(xiāng)民輸粟入。若乃為此言惑軍心邪？”

有自懷中出帛書者，耿精忠招祖弘勛獻城檄也，陳丹赤怒，碎而擲之地，曰：“此豈可污吾目？吾頭可斷，城不可得也！”祖弘勛執(zhí)其手，好語慰之，陳丹赤曰：“封疆之臣死封疆，不知其他�！弊婧雱字�不可奪，命千總高魁持斧擁陳丹赤出，陳丹赤罵益厲，執(zhí)斧者斷其臂，大呼曰：“臣事畢矣！”兵刃交下，遂遇害。

康熙十六年（1677），浙江巡撫陳秉直疏請撫恤，贈通政使，謚忠毅，馬琾贈布政司參政�？滴跞�十五年（1696），敕建“雙忠祠”于溫州，奉祀陳丹赤及馬琾�？滴跞�十八年（1699），康熙帝南巡，陳丹赤子陳一夔時任湖州知府，迎駕于杭州，康熙帝書“名垂青史”額賜之，以旌其父忠。其后，馬琾子馬逸姿，引陳丹赤例上疏，亦求賜謚，康熙深加體恤，允之，追謚“忠勤”。

《清史稿》有云：“定制，一品官以上予否請上裁，二品官以下不獲請。其得謚者，率出自特旨，或以勤勞，或以節(jié)義，或以文學(xué)，或以武功。破格崇褒，用示激勸……易名盛典，殊不易得�！标惖こ�，官階雖在二品以下，卻能破格榮膺謚號，實屬難得。