早年師從馮桂芬，二十歲時(shí)由馮桂芬聘請(qǐng)修撰《蘇州府志》，與葉、管、翟氏校定《鐵琴銅劍樓書目》。通籍后，撰《周禮義疏》及《明史考證捃逸》若干卷，同葉昌熾、袁寶璜合稱“蘇州三才子”。其妻為謝長(zhǎng)遠(yuǎn)。

清光緒六年（1880年）庚辰進(jìn)士，改庶吉士繼續(xù)進(jìn)修，散館改戶部主事，補(bǔ)軍機(jī)章京。因其內(nèi)心欽慕朱蓉生、梁節(jié)庵等為人，故常說(shuō)：假使我能為御史言官之職，則愿足矣。王頌蔚每每看到有耿直忠誠(chéng)的為官事跡，都手抄筆錄。

朝廷考核錄用御史，他參加考試，且獲第一名。想不到軍機(jī)處因其工作出色，業(yè)務(wù)熟練，上奏不能放任而未成，但耿言敢說(shuō)之志不衰。彈劾安徽巡撫阿克達(dá)春貪污黷職、在購(gòu)買北洋海軍軍艦時(shí)浮報(bào)冒領(lǐng)價(jià)款一案的上奏文稿，均由王頌蔚撰寫。

王頌蔚為官廉潔清介，曾派任工程監(jiān)督，廠商按常例贈(zèng)送因工程節(jié)約所提獎(jiǎng)金，他堅(jiān)決不收，說(shuō)：提工價(jià)的十分之一獎(jiǎng)人，雖為常例，但我不能隨俗浮沉。潘祖蔭和翁同龢都是他的座師，官居高位，但他除非請(qǐng)教學(xué)問，平時(shí)決不輕易拜訪。潘公清風(fēng)亮節(jié)，待人嚴(yán)謹(jǐn)，唯獨(dú)對(duì)王頌蔚推崇備至。

王頌蔚還提倡“開賢良、登俊良、講求實(shí)學(xué)”,希望士人“學(xué)習(xí)測(cè)量、化學(xué)、光學(xué),…”并“咨商制造”。1890年任會(huì)試考官時(shí)曾力薦蔡元培的考卷。甲午中日之戰(zhàn)爆發(fā)，翁氏入主軍機(jī)處，王積極進(jìn)言："軍機(jī)處總持戰(zhàn)局，更應(yīng)該先知道戰(zhàn)區(qū)地形，今軍機(jī)處連高麗地圖都沒有，每當(dāng)前方奏報(bào)軍情，連所指地名在那里都不知道，如何能運(yùn)籌帷幄、決勝千里呢？ "于是，軍機(jī)處令北洋進(jìn)高麗地圖。但該圖簡(jiǎn)單疏漏，難以使用。

時(shí)王頌蔚卻有友人自日本歸來(lái)，攜有日本報(bào)館所印中國(guó)地圖，凡鐵道、港口、電線等一切羅列，十分周詳。王深為嘆息："敵人準(zhǔn)備已非一日，而我們則在臨渴掘井，如何能制勝敵人！"不久，中國(guó)果然失敗，割地賠款，他深為悲憤，抑郁寡歡，于光緒二十一年七月在北京逝世，終年僅48歲。有一子 王季烈，一女王季常。

通目錄版本之學(xué)，長(zhǎng)于金石考證，對(duì)晁公武、陳振孫、歐陽(yáng)修、趙明誠(chéng)四人的著作研究頗深。與葉昌熾、管禮耕等人往來(lái)甚密，曾為常熟瞿氏校訂《鐵琴銅劍樓書目》，又為《藏書紀(jì)事詩(shī)》作序。頗有藏書，宋本如《老子》、《文中子》、《白虎通義》、《老子纂圖互注》等，還有明代名人尺牘數(shù)百扎。葉昌熾曾多次到他家觀書，藏書處有“寫禮庼”，曾編有書目，未刊。其藏書在晚年被盛宣懷購(gòu)藏。著有《古書經(jīng)眼錄》、《寫禮庼雜著》、《寫禮庼讀碑記》、《寫禮庼遺著》、《明史考證捃逸》、《寫禮庼遺詞》、《寫禮庼文集》等。