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  • 吳仲義

    吳仲義(研究員)

    吳仲義(Chung-I Wu)教授,1954年出生, 臺灣省籍貫,曾任中科院基因所所長 ,中研院院士,博士生導師。


    人物經(jīng)歷

    1972年-1976年,畢業(yè)于臺灣東海大學,獲生物學學士學位;

    1976年9月-1977年8月,臺灣東海大學,助教;

    1977年-1982年,加拿大英屬哥倫比亞大學,獲遺傳學博士學位;

    1982年6月-1984年12月,美國德克薩斯大學休斯頓健康中心,助理研究員;

    1985年1月-1986年7月,美國威斯康辛大學麥迪遜分校,博士后;

    吳仲義

    1986年8月-1990年8月,美國羅徹斯特大學,助理教授;

    1990年9月-1991年6月,美國羅徹斯特大學,副教授;

    1991年7月-1998年6月,美國芝加哥大學,副教授;

    1998年7月-2006年6月,美國芝加哥大學生態(tài)與進化系,系主任;

    1998年7月-2008年5月,美國芝加哥大學,教授;

    2004年7月-2008年5月,中山大學學者;

    2008年6月-2014年5月,中國科學院北京基因組研究所,所長;

    2008年6月至今 中國科學院北京基因組研究所,研究員。

    學術(shù)任職

    分子系統(tǒng)遺傳及演化學 (USA)、遺傳學報 (USA)、美國自然學家期刊 (USA)、Genome Biology and Evolution (USA)、基因和遺傳系統(tǒng) (Japan)、動物學報 (China)等期刊副主編。

    學術(shù)成就

    吳仲義教授目前是中山大學教授,擔任分子系統(tǒng)遺傳及演化學 (USA)、遺傳學報 (USA)、美國自然學家期刊 (USA)、Genome Biology and Evolution (USA)、基因和遺傳系統(tǒng) (Japan)、動物學報 (China)等期刊副主編。2004年,吳仲義教授被評為中研院院士。自80年代以來一直從事群體遺傳學的研究,在物種形成和自然選擇這兩個演化生物學領(lǐng)域中的基礎(chǔ)問題的研究上及在自私遺傳因子、分子時鐘、X染色體抑制及演化基因組學等領(lǐng)域的研究中做出了獨創(chuàng)性的貢獻。2005 年之后,吳仲義開啟新的研究領(lǐng)域,從microRNA著手解決物種形成的問題。在Science、Nature、PNAS等世界頂級學術(shù)期刊上發(fā)表論文論文近120篇。

    物種形成和自然選擇是吳仲義在分子演化工作中的主要研究方向。他80%的論文皆是這兩大問題的結(jié)合,主要貢獻是把物種起源研究帶到DNA水平上,進而觀測自然選擇的巨大作用;同時把自然選擇研究帶到全基因組的層次,否定了分子進化中性學說,也肯定了自然選擇的廣泛存在。2006年后吳仲義開發(fā)了microRNA的研究,由 microRNA 基因的特質(zhì)探討物種起源的微進化機制。同時他在自私遺傳因子、分子時鐘、X染色體抑制、基因表達及演化基因組學等領(lǐng)域中也做出了獨創(chuàng)性的貢獻。

    物種形成是演化學中最困難的問題。到1990年時?o種化的遺傳分析還十分粗糙?o分子研究更是遙不可及。吳仲義1992Nature的論文是種化遺傳分析的一個里程碑。此后他的實驗室引進大幅革新?o成為一個居于領(lǐng)導地位的研究群體。其主要研究成果常是《自然》/《科學》雜志的評論主題。在1990到2000的十年中,吳研究室發(fā)表一系列30篇論文,定出了物種分化的大體遺傳結(jié)構(gòu)。這些論文全在遺傳專業(yè)的頂尖期刊發(fā)表。他在2000年完成的成果,帶動了物種形成研究這10年的文藝復興,同時也為物種形成的分子層次研究奠定了基礎(chǔ)。

    在分子演化領(lǐng)域中,中性學說已占主導優(yōu)勢20余年(Kimura,1983)。一直以來該學說批判自然選擇在分子水平上的重要性。吳仲義2000年Nature的論文與之前的工作闡述了性選擇的普遍性。他進而歸納了這個趨勢并以數(shù)據(jù)分析來證明自然選擇的廣泛性。此觀點與現(xiàn)階段分子演化研究主流學說背道而弛,復蘇了因中性學說的興起而退引的新達爾文主義觀點。自然選擇作為分子演化主要驅(qū)動力量的觀點的從新提出,將激發(fā)演化學和人類遺傳學研究的新主流。吳教授正在著書,系統(tǒng)地探討自1983年以來遺傳學家在自然選擇方面的研究進展,并為今后的研究提出了新的方向及目標。

    另外,在<<細胞>>;和<<;自然>>;雜志上,吳仲義發(fā)表了有關(guān)衛(wèi)星DNA在減數(shù)分裂驅(qū)動中作用的論文。這兩篇論文解決了減數(shù)分裂驅(qū)動的一大難題?o也是目前衛(wèi)星DNA不全是廢物的最好證據(jù)。他與李文雄教授合作的工作是分子時鐘的研究的一個重要里程碑。其在<<;自然>>;雜志上發(fā)表的另一篇論文則為進化過程中的DNA雙鏈不對稱研究提供了新的思路。近五年來其它學者的研究工作受他這篇論文的影響頗大。最近發(fā)表的一篇封面主題論文可望革新我們對于X染色體抑制演化的看法。

    研究方向

    腫瘤進化和群體遺傳學。

    近期論文

    1.Tang,H and C.-I Wu. A new method for estimating nonsynonymous substitutions and its applications to detecting positive selection.Molec. Biol. Evol.23(2006):372-379.

    2.Greenberg,A. J.,J. R. Moran,S. Fang and C.-I Wu. Adaptive loss of an old duplicate gene during incipient speciation.Mol. Biol. Evol.,23(2006):401--410.

    3.Greenberg,A. J.,J. R. Moran and C.-I Wu. Proper control of genetic background with precise allele substitution: A comment on Coyne and Elwyn.Evolution60(2006): 623-625.

    4.Greenberg,A. J. and C.-I Wu. Molecular genetics of natural populations.Mol. Biol. Evol.23(2006):883-886.

    5.Lu,J.,T. Tang,J. Huang,S. Shi,and C.-I Wu. The accumulation of deleterious mutations in the rice genomes: a hypothesis on the cost of domestication.Trends in Genetics22(2006): 126 - 131.

    6.Liu,X.,Y. Fu,(9 other authors),C.-I Wu,and A. Xu. An ancient balanced polymorphism in a regulatory region of human Major Histocompatibility Comlex is retained in Chinese minorities but lost worldwide.Amer. J. Hum. Genet.78(2006): 393 - 400.

    7.Osada,N.,M. H. Kohn,and C.-I Wu. Genomic Inference of cis-regulatory nucleotide polymorphism underlying gene expression differences between Drosophila melanogaster mating races.Molec. Biol. Evol.23⑻(2006):1585-1591.

    8.Zeng,Kai,S.H.,Shi,Y.X. Fu,and C.-I Wu. Statistical Tests for Detecting Positive Selection by Utilizing High Frequency SNPs.Genetics174(2006):1431-1439.

    9.Tang,T.,J. Lu,J. Huang,J. He,Y. Shen,K. Zeng,S. R. McCouch,M. D. Purugganan,S. Shi and C.-I Wu. Genomic variation in rice - Genesis of highly polymorphic linkdage blocks during domestication.PlosGenetics2(2006):1824-1833.

    10.Wang,Huan-Chieh Chien,Naoki Osada,Katsuyuki Hashimoto,Sumio Sugano,Takashi Gojobori,Chen-Kung Chou,Shih-Feng Tsai,Chung-I Wu,C.-K. James Shen. Rate of evolution in brain-expressed genes in humans.PlosBiology5(2007): 335-342.

    11.Shapiro,J. A. et al. C.-I Wu. Adaptive Genic evolution in the Drosophila genomes.Proc. Natl. Acad. Sci.104(2007):2271-2276.

    12.Gojobori,J.,H. Tang,J. Akey and C.-I Wu. Negative correlation between the two phases of molecular evolution - constraint and adaptation in the human genomes.Proc. Natl. Acad. Sci.104(2007):3907-3912. 13 Zeng,K.,S. Mano,S. Shi and C.-I Wu. Comparisons of site- and Haplotype-Frequency methods for detecting positive selection.Molec. Biol. Evol.24⑺(2007): 1562-1574.

    14.Zeng,K.,S. Shi and C.-I Wu. Compound tests for the detection of hitchhiking under positive selection.Molec. Biol. Evol.24⑻(2007):1898-1908.

    15.Wang HY,Chang HT,Pai TW,Wu CI,Lee YH,Chang YH,Tai HL,Tang CY,Chou WY,Chang MD. Transcriptional Regulation of Human Eosinophil RNases by an Evolutionary- Conserved Sequence Motif in Primate Genome.BMC Mol Biol.8⑴(2007):89-107.

    16.Zhou,R,K. Zeng,W. Wu,X. Chen,Z. Yang,S. Shi and C.-I Wu. Population genetics of speciation in non-model organisms: I. Ancestral polymorphism in mangroves.Molec. Biol. Evol.24(2007): 2746-2754. 17 Lu,J.,Y. Fu,S. Kumar,Y. Shen,R. W. Carthew and C.-I Wu. Adaptive evolution of newly-ermged microRNA genes in Drosophila.Molec. Biol. Evol.25(2008):929-938.

    18.Lu,J.,Y. Shen,Q. Wu,S. Kumar,B. He,S. Shi,R. W. Carthew,S. Wang and C.-I Wu. The birth and death of microRNA genes in Drosophila.Nature Genetics40(2008):351-355.

    19.Wang,H.,Y Fu,M. McPeek,X. Lu,S. Nuzhdin,A. Xu,M. Wu and C.-I Wu. Complex genetic interactions underlying expression differences between Drosophila races - Analysis of chromosome substitutions.Proc. Natl. Acad. Sci.105(2008): 6362-6367.

    20.Zhou,R.,X. Gong,D. Boufford,C.-I Wu and S. Shi. Testing the Hypothesis on Unidirectional Hybridization in Plants: Observations on Sonneratia,Bruguiera and Ligularia.BMC Evolutionary Biology8(2008): 149-157.21.Yu,Y.,T. Tang,Q,Qian,Y. Wang,M. Yan,D. Zeng,B. Han,C.-I Wu,S. Shi and J. Li. Independent Losses of Function in a Polyphenol Oxidase in Rice - Differentiation in Grain Discoloration between Subspecies and the Role of Positive Selection in Domestication.Plant Cell20(2008): 2946-2959.

    22.Kohn,M. H.,J. Shapiro and C.-I Wu. Decoupled differentiation of gene expression and coding sequence among Drosophila populations.Gene and Genetic Systems83(2008):265-273.

    23.Wu,Q,Y. C. Kim,J. Lu,et al. M. Q. Zhang,C.-I Wu and S. M. Wang. Poly A- transcripts expressed in HeLa cells.PLoSOne3⑺ (2008):e2803.

    24.Wu,C.-I,Y. Shen and T. Tang. Evolution under canalization and the dual functions of microRNAsC A Hypothesis.Genome Research(2009,in press)。

    科研項目

    1.中科院先導專項B類,在模式系統(tǒng)中研究復雜性狀演化和穩(wěn)定性的網(wǎng)絡(luò)調(diào)控,XDB13040300,2014/06-2019/06,共同課題負責人,在研

    2.科技部973項目,腫瘤異質(zhì)性的分子網(wǎng)絡(luò)研究和新治療策略,2014CB542006,2014.01-2018.08,首席科學家,在研

    3.國家自然科學基金重點項目,MicroRNAs的功能進化分析與全基因組表達穩(wěn)定性的渠化調(diào)控,31130069,2012.01-2016.12,項目負責人,在研

    4.中科院重點部署項目,腫瘤細胞群體演化及關(guān)鍵突變基因鑒定,KJZD-EW-L06-1,2013.01-2015.12,項目負責人,在研

    5.國家自然科學基金重大研究計劃項目,指導專家組調(diào)研和組織學術(shù)交流會費用,91431000,2015.04-2017.03,項目負責人,在研

    6.國家自然科學基金重大研究計劃項目,指導專家組調(diào)研和組織學術(shù)交流會費用,91331101,2013.04-2015.03,項目負責人,結(jié)題

    7.國家自然科學基金重大研究計劃項目,指導專家組調(diào)研和組織學術(shù)交流會費用,91131000,2011.01-2012.12,項目負責人,結(jié)題

    8.農(nóng)業(yè)部轉(zhuǎn)基因?qū)m,基于micro RNA干涉的轉(zhuǎn)基因新技術(shù)的開發(fā)與應(yīng)用,2009ZX08010-017B,2009.06-2011.12,項目負責人,結(jié)題

    9.中國科學院知識創(chuàng)新工程重大項目課題,癌癥基因組和蛋白質(zhì)組研究,KSCX1-YW-22,2009-2012,結(jié)題

    榮譽記錄

    1989年-1991年,獲得全國唐氏綜合癥協(xié)會獎;1990年-1995年,獲得NIH研究職業(yè)發(fā)展獎;2004年,獲得臺灣東海大學優(yōu)秀畢業(yè)生獎;2004年,被評為臺灣中央研究院院士;2011年,國家自然科學獎二等獎;2013年,中國科學院“優(yōu)秀研究生指導教師”獎;2014年,中國科學院“優(yōu)秀研究生指導教師”獎。

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