1972年-1976年，畢業(yè)于臺灣東海大學(xué)，獲生物學(xué)學(xué)士學(xué)位；

1976年9月-1977年8月，臺灣東海大學(xué)，助教；

1977年-1982年，加拿大英屬哥倫比亞大學(xué)，獲遺傳學(xué)博士學(xué)位；

1982年6月-1984年12月，美國德克薩斯大學(xué)休斯頓健康中心，助理研究員；

1985年1月-1986年7月，美國威斯康辛大學(xué)麥迪遜分校，博士后；

1986年8月-1990年8月，美國羅徹斯特大學(xué)，助理教授；

1990年9月-1991年6月，美國羅徹斯特大學(xué)，副教授；

1991年7月-1998年6月，美國芝加哥大學(xué)，副教授；

1998年7月-2006年6月，美國芝加哥大學(xué)生態(tài)與進(jìn)化系，系主任；

1998年7月-2008年5月，美國芝加哥大學(xué)，教授；

2004年7月-2008年5月，中山大學(xué)學(xué)者；

2008年6月-2014年5月，中國科學(xué)院北京基因組研究所，所長；

2008年6月至今 中國科學(xué)院北京基因組研究所，研究員。

分子系統(tǒng)遺傳及演化學(xué) (USA）、遺傳學(xué)報 (USA）、美國自然學(xué)家期刊 (USA）、Genome Biology and Evolution (USA）、基因和遺傳系統(tǒng) (Japan）、動物學(xué)報 (China）等期刊副主編。

吳仲義教授目前是中山大學(xué)教授，擔(dān)任分子系統(tǒng)遺傳及演化學(xué) (USA）、遺傳學(xué)報 (USA）、美國自然學(xué)家期刊 (USA）、Genome Biology and Evolution (USA）、基因和遺傳系統(tǒng) (Japan）、動物學(xué)報 (China）等期刊副主編。2004年，吳仲義教授被評為中研院院士。自80年代以來一直從事群體遺傳學(xué)的研究，在物種形成和自然選擇這兩個演化生物學(xué)領(lǐng)域中的基礎(chǔ)問題的研究上及在自私遺傳因子、分子時鐘、X染色體抑制及演化基因組學(xué)等領(lǐng)域的研究中做出了獨(dú)創(chuàng)性的貢獻(xiàn)。2005 年之后，吳仲義開啟新的研究領(lǐng)域，從microRNA著手解決物種形成的問題。在Science、Nature、PNAS等世界頂級學(xué)術(shù)期刊上發(fā)表論文論文近120篇。

物種形成和自然選擇是吳仲義在分子演化工作中的主要研究方向。他80%的論文皆是這兩大問題的結(jié)合，主要貢獻(xiàn)是把物種起源研究帶到DNA水平上，進(jìn)而觀測自然選擇的巨大作用；同時把自然選擇研究帶到全基因組的層次，否定了分子進(jìn)化中性學(xué)說，也肯定了自然選擇的廣泛存在。2006年后吳仲義開發(fā)了microRNA的研究，由 microRNA 基因的特質(zhì)探討物種起源的微進(jìn)化機(jī)制。同時他在自私遺傳因子、分子時鐘、X染色體抑制、基因表達(dá)及演化基因組學(xué)等領(lǐng)域中也做出了獨(dú)創(chuàng)性的貢獻(xiàn)。

物種形成是演化學(xué)中最困難的問題。到1990年時?o種化的遺傳分析還十分粗糙?o分子研究更是遙不可及。吳仲義1992Nature的論文是種化遺傳分析的一個里程碑。此后他的實(shí)驗(yàn)室引進(jìn)大幅革新?o成為一個居于領(lǐng)導(dǎo)地位的研究群體。其主要研究成果常是《自然》/《科學(xué)》雜志的評論主題。在1990到2000的十年中，吳研究室發(fā)表一系列30篇論文，定出了物種分化的大體遺傳結(jié)構(gòu)。這些論文全在遺傳專業(yè)的頂尖期刊發(fā)表。他在2000年完成的成果，帶動了物種形成研究這10年的文藝復(fù)興，同時也為物種形成的分子層次研究奠定了基礎(chǔ)。

在分子演化領(lǐng)域中，中性學(xué)說已占主導(dǎo)優(yōu)勢20余年（Kimura,1983）。一直以來該學(xué)說批判自然選擇在分子水平上的重要性。吳仲義2000年Nature的論文與之前的工作闡述了性選擇的普遍性。他進(jìn)而歸納了這個趨勢并以數(shù)據(jù)分析來證明自然選擇的廣泛性。此觀點(diǎn)與現(xiàn)階段分子演化研究主流學(xué)說背道而弛，復(fù)蘇了因中性學(xué)說的興起而退引的新達(dá)爾文主義觀點(diǎn)。自然選擇作為分子演化主要驅(qū)動力量的觀點(diǎn)的從新提出，將激發(fā)演化學(xué)和人類遺傳學(xué)研究的新主流。吳教授正在著書，系統(tǒng)地探討自1983年以來遺傳學(xué)家在自然選擇方面的研究進(jìn)展，并為今后的研究提出了新的方向及目標(biāo)。

另外，在<<細(xì)胞>>；和<<；自然>>；雜志上，吳仲義發(fā)表了有關(guān)衛(wèi)星DNA在減數(shù)分裂驅(qū)動中作用的論文。這兩篇論文解決了減數(shù)分裂驅(qū)動的一大難題?o也是目前衛(wèi)星DNA不全是廢物的最好證據(jù)。他與李文雄教授合作的工作是分子時鐘的研究的一個重要里程碑。其在<<；自然>>；雜志上發(fā)表的另一篇論文則為進(jìn)化過程中的DNA雙鏈不對稱研究提供了新的思路。近五年來其它學(xué)者的研究工作受他這篇論文的影響頗大。最近發(fā)表的一篇封面主題論文可望革新我們對于X染色體抑制演化的看法。

腫瘤進(jìn)化和群體遺傳學(xué)。

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1.中科院先導(dǎo)專項(xiàng)B類，在模式系統(tǒng)中研究復(fù)雜性狀演化和穩(wěn)定性的網(wǎng)絡(luò)調(diào)控，XDB13040300，2014/06-2019/06，共同課題負(fù)責(zé)人，在研

2.科技部973項(xiàng)目，腫瘤異質(zhì)性的分子網(wǎng)絡(luò)研究和新治療策略，2014CB542006，2014.01-2018.08，首席科學(xué)家，在研

3.國家自然科學(xué)基金重點(diǎn)項(xiàng)目，MicroRNAs的功能進(jìn)化分析與全基因組表達(dá)穩(wěn)定性的渠化調(diào)控，31130069，2012.01-2016.12，項(xiàng)目負(fù)責(zé)人，在研

4.中科院重點(diǎn)部署項(xiàng)目，腫瘤細(xì)胞群體演化及關(guān)鍵突變基因鑒定，KJZD-EW-L06-1，2013.01-2015.12，項(xiàng)目負(fù)責(zé)人，在研

5.國家自然科學(xué)基金重大研究計劃項(xiàng)目，指導(dǎo)專家組調(diào)研和組織學(xué)術(shù)交流會費(fèi)用，91431000，2015.04-2017.03，項(xiàng)目負(fù)責(zé)人，在研

6.國家自然科學(xué)基金重大研究計劃項(xiàng)目，指導(dǎo)專家組調(diào)研和組織學(xué)術(shù)交流會費(fèi)用，91331101，2013.04-2015.03，項(xiàng)目負(fù)責(zé)人，結(jié)題

7.國家自然科學(xué)基金重大研究計劃項(xiàng)目，指導(dǎo)專家組調(diào)研和組織學(xué)術(shù)交流會費(fèi)用，91131000，2011.01-2012.12，項(xiàng)目負(fù)責(zé)人，結(jié)題

8.農(nóng)業(yè)部轉(zhuǎn)基因?qū)ｍ?xiàng)，基于micro RNA干涉的轉(zhuǎn)基因新技術(shù)的開發(fā)與應(yīng)用，2009ZX08010-017B，2009.06-2011.12，項(xiàng)目負(fù)責(zé)人，結(jié)題

9.中國科學(xué)院知識創(chuàng)新工程重大項(xiàng)目課題，癌癥基因組和蛋白質(zhì)組研究，KSCX1-YW-22，2009-2012，結(jié)題

1989年-1991年，獲得全國唐氏綜合癥協(xié)會獎；1990年-1995年，獲得NIH研究職業(yè)發(fā)展獎；2004年，獲得臺灣東海大學(xué)優(yōu)秀畢業(yè)生獎；2004年，被評為臺灣中央研究院院士；2011年，國家自然科學(xué)獎二等獎；2013年，中國科學(xué)院“優(yōu)秀研究生指導(dǎo)教師”獎；2014年，中國科學(xué)院“優(yōu)秀研究生指導(dǎo)教師”獎。