14歲進(jìn)花行、豆麥行當(dāng)學(xué)徒，同治十二年（1873年）考入當(dāng)時滬上最高學(xué)府——龍門書院（今上海中學(xué)的前身）。該書院創(chuàng)辦于1865 年，是由上海道創(chuàng)立的一所學(xué)術(shù)研究與傳授機(jī)構(gòu)，學(xué)生名額僅三十六名。李后以優(yōu)貢入仕。

他三十歲后，由于祖母病故，甚感自疚，始習(xí)中醫(yī)。他自述學(xué)醫(yī)原委：“自是不理舉業(yè)，專求經(jīng)世之學(xué)。因念先世習(xí)醫(yī)，余以少孤未承家學(xué)，此次祖妣之病，茫無所措，深用疚心，愛發(fā)先人所貽《內(nèi)》、《難》、《長沙》諸書，潛心考索，冀有所獲。”

光緒十三年（1887年），李鐘玨赴新加坡游歷兩個月，后根據(jù)自己的觀感寫成《新加坡風(fēng)土記》。

1893-1899年間，先后置廣東、陸豐、新寧、遂溪等縣知縣。任內(nèi)因支持民眾反對法國在廣州灣內(nèi)建筑兵營，被清政府革職。1900年入張之洞幕。翌年，任陸軍武備學(xué)堂提調(diào)�；販�后，從事商業(yè)活動。1903年后歷任江南機(jī)器制造局提調(diào)，并兼中國通商銀行總董、輪船招商局、江蘇鐵路局董事職。

1905年，李任上海城廂內(nèi)外總工程局總董，并發(fā)起和領(lǐng)導(dǎo)了上海地方自治運(yùn)動。辛亥上海光復(fù)以后，李出任上海軍政分府民政長，名重一時。

卒于大革命時期，年七十五歲。