吳良知幼有大志，感慨男兒應(yīng)當(dāng)縱橫四方，廓清天下，于是棄文就武，耽精孫吳謀略，博涉弓馬戰(zhàn)陣之術(shù)。明嘉靖三十七年（1558），倭寇橫行于南直隸、浙江、福建、廣東數(shù)省。朝廷敕令譚綸任浙江海道副使，肅清倭寇。譚綸廣收領(lǐng)軍將才，攜厚禮越重山疊嶺前來聘請(qǐng)吳良知。吳良知以解民倒懸、掃清倭寇乃男兒本分，慨然接受把總一職。吳良知招募民勇加以訓(xùn)練。他編列部伍，整肅風(fēng)氣，嚴(yán)明紀(jì)律，教以武藝戰(zhàn)術(shù)。

嘉靖三十七年（1558）四月，倭寇再次竄擾臺(tái)州、溫州、福州、泉州、漳州等地。譚綸檄令吳良知率本部到馬岡設(shè)伏。吳良知告誡部下，待敵人爬至離陣地?cái)?shù)丈時(shí)，方可用山上滾石投擊敵人。待敵人爬至山腰，吳良知一聲令下，倭寇突遭石雨，損折過半，銳氣頓失。譚綸率部縮小包圍圈，明軍乘勝聚殲。倭寇毫無斗志，除二十余人逃脫外，其余全部被殲。

初戰(zhàn)告捷，士氣大振。但大部倭寇不甘失敗，分成數(shù)股由三門灣入臺(tái)州北部山區(qū)。吳良知帶本部人馬在何家覽、南灣、裘村、戴岙等地截?fù)簦瑲v時(shí)半月，將數(shù)股敵人悉數(shù)消滅。

何家覽之戰(zhàn)，吳良知沖鋒在前，鉛彈穿其牙床，依然堅(jiān)持指揮。此戰(zhàn)告捷，令浙江之倭寇氣焰頓失，也使譚綸對(duì)吳良知信任有加，擢升他為臺(tái)州衛(wèi)指揮僉事。浙江倭患消除后，譚綸被調(diào)任福建參政，負(fù)責(zé)剿倭，吳良知也率部隨往。

福州瀕海，倭寇沿閩江口西上。吳良知負(fù)責(zé)福州東北方向的防御和清剿。與倭寇在橫嶼、牛田、長(zhǎng)平街等處激戰(zhàn)，生擒、斬獲、焚舟、搗巢、殲敵數(shù)以千計(jì)，救還被掠男婦亦數(shù)以千計(jì)。

吳良知自出師以來，三戰(zhàn)皆捷，名聲大噪。譚綸上其功于朝廷，升吳良知為廣東南韶守備。

南韶處粵北山區(qū)，溪峒連綿，一股久悍山賊盤踞于翁源之龍眼洞，負(fù)險(xiǎn)頑抗，難以清剿。吳良知引蛇出洞，會(huì)戰(zhàn)于李村，一舉擒斬賊首祖政等四人。又在沙坑斬賊首張韶南等。再于大羅山生擒大賊首吳子和等。接著又取得圓石寨、英德連捷。沙坪之戰(zhàn)斃傷俘獲賊寇達(dá)數(shù)千人，解救被擄百姓數(shù)千人。吳良知治軍嚴(yán)明有方，每戰(zhàn)必誓師，說“寧可自己沒功勞不獲賞，也別濫殺無辜來邀功”。若發(fā)現(xiàn)濫殺冒功者，嚴(yán)懲不貸。吳良知言出必行，賞罰分明，部下都感其信義，奮勇爭(zhēng)先。吳良知所經(jīng)七十余戰(zhàn)，每戰(zhàn)必率眾先驅(qū)，因而勢(shì)若破竹，莫攖其鋒。

討南韶大捷后，有奏疏稱他為“東南之大將，當(dāng)代之干城”。升吳良知為浙江都司、游擊將軍、溫處參將，歷廣東瓊崖參將。

《南岑吳氏宗譜》（民國(guó)丁巳續(xù)修本）