天文十八年（1549）8月自鹿兒島登陸，越明年11月離日其間，曾往平戶、博多、山口、堺、京都、豐后府內等地，致力布教工作。島津貴久以薩比爾所傳宗教為新天竺之教而對它表崇敬之義，并命家臣予以禮拜。自此之后，西方傳教士便接踵來到日本，順著日本的禮法以確立其布教政策，來鞏固教會的基礎。