當時,東林黨勢力正盛,士人爭相附之。李時馨卻說:“東林黨固然為正人君子,但如果我們頌揚過甚,以后必然會有禍患,而且會株連許多人,應以漢宋末之覆車為戒�！�
不久,李時馨升為監(jiān)察御史,巡視江南,嚴懲貪官污吏,鏟除豪霸,所到之處,秩序井然。熹宗天啟四年(1624)杭州兵變,連累平民4百余家,州縣監(jiān)獄皆滿。李時馨到任后,嚴懲罪魁禍首,其余都免刑罰釋放。監(jiān)察期滿回期,奏疏時政,直言不諱。當時,宦官魏忠賢獨攬朝政,對李時馨非常憎恨。李時馨知魏忠賢不肯善罷甘休,遂托病歸家。崇禎即位,魏忠賢死,有人薦李時馨復官,他堅決辭謝。20余年后,病故。