1956年，馬昌華先生自南京大學(xué)歷史系畢業(yè)，因成績突出，分配至北京中國社會科學(xué)院歷史研究所第二所隋唐史研究組工作，同時保送讀該所副博士(即今碩士)研究生，師從導(dǎo)師賀昌群先生，專攻 隋唐史。

1957年7月，馬昌華先生放棄中國最高學(xué)術(shù)殿堂中科院優(yōu)厚的工作條件、濃郁的學(xué)術(shù)氛圍和首都北京優(yōu)良的生活環(huán)境，主動請求調(diào)回家鄉(xiāng)安徽省社會科學(xué)研究所歷史研究室工作，因無古代史，即安排在近代史組。白手起家，艱苦創(chuàng)業(yè)，積極參與正在雛形之中的歷史研究室的籌建和研究工作，研究方向亦改為清史和安徽地方史。次年，省科學(xué)所擴建為 中國科學(xué)院安徽分院，歷史室改為哲學(xué)社會科學(xué)研究所，按照歷史室初建時擬定的調(diào)查捻軍的計劃，組建了安徽科學(xué)分院歷史研究室近代史5人調(diào)查小組，于當(dāng)年8月奔赴淮北，專門進行捻軍史跡的實地調(diào)查，歷時兩個月，馬昌華先生為5人捻軍史跡調(diào)查組骨干之一。1959年全國掀起修志熱潮，馬昌華先生又和歷史室其他全體人員一道，分別承擔(dān)了編寫安徽省志的中心任務(wù)。捻軍調(diào)查研究，暫時擱淺。但志書尚未修成，馬昌華先生又被抽調(diào)參加了“ 四清運動”工作隊。接著史無前例的“ 文化大革命”運動全面爆發(fā)，作為知識分子，在這場浩劫中，他自然被列為批斗對象。1969年他被下放到 青陽、 肥東等縣農(nóng)村勞動，接受貧下中農(nóng)再教育，前后中斷歷史研究十多年。歲月蹉跎，和所有的知識分子一樣，馬昌華先生最美好的青春年華已被荒唐的時代無情地葬送掉。

1976年，受著名中國科技史專家、英國劍橋大學(xué)教授李約瑟博士的《中國科技史》出版的影響，全國開展了天文資料的普查工作。馬昌華先生命運因此出現(xiàn)轉(zhuǎn)機，他因懂得古文得以離開農(nóng)村，率先返城，參加安徽科委組織的安徽省古天文資料小組，從事天文、地震史料的普查、搜集、整理和研究工作，單位亦因此落實在安徽省地震局。1978年普查工作結(jié)束，省人事局調(diào)馬昌華先生去省出版社任歷史編輯，因事先未征詢他的意見，被他當(dāng)即拒絕。次年，他被調(diào)入 安徽省博物館，從事研究工作。

1981年，馬昌華先生重返安徽省哲學(xué)社會科學(xué)研究所歷史研究室(1983年更名為安徽省社會科學(xué)院歷史研究所)工作，任近代史研究室主任，副研究員、研究員。從此進入歷史研究的黃金時期，全身心投入到史學(xué)研究之中。1992年8月退休，1994年被評為享受國務(wù)院特殊津貼優(yōu)秀專家。2005年元月1日14時13分，馬昌華先生因長期勞累過度，突發(fā)大面積 腦溢血，經(jīng)全力搶救無效，在合肥安徽省立第一人民醫(yī)院急救中心不幸逝世，享年75歲。

馬昌華先生自參加工作以后，一貫擁護中國共產(chǎn)黨的領(lǐng)導(dǎo)，堅持用 馬克思主義世界觀分析問題，研究歷史，窮畢生精力從事社會主義史學(xué)研究事業(yè)，勤勤懇懇，兢兢業(yè)業(yè)，不辭辛苦，任勞任怨，在學(xué)術(shù)界享有崇高的聲望。他學(xué)識淵博，在清史研究領(lǐng)域，特別是近代史和安徽地方史方面學(xué)術(shù)造詣精深。他主持的國家社科基金項目《淮系集團與近代中國》研究課題獲得國家和省部級獎，點校的《劉銘傳文集》一書獲國家古籍整理圖書二等獎，他參與整理的古天文、地震資料普查成果獲得全國第一屆科學(xué)大會一等獎。

馬昌華先生作為中國捻軍史跡5人調(diào)查組中的骨干成員，在中國捻軍史研究方面具有突出成就，是中國捻軍史研究的領(lǐng)軍學(xué)者之一。他學(xué)術(shù)成果豐碩。出版的作品有專著《捻軍調(diào)查和研究》( 安徽人民出版社1992年3月)，點校《劉銘傳文集》(與翁飛合作， 黃山書社1997年7月)，主編《安徽省社會科學(xué)志》(方志出版社1990年)、《淮系人物列傳》(黃山書社1995年12月)、《清代教案新探》等書。參與搜集資料、整理和編撰的圖書有《關(guān)于捻軍的幾個問題》(安徽人民出版社1960年)、《中國古代天象記錄總集》( 江蘇科學(xué)技術(shù)出版社1988年4月)、《中國地震歷史資料匯編》(科學(xué)出版社1988年)、《中國天文史料匯編》第一卷(科學(xué)出版社1989年7月)、《安徽近代史》(安徽人民出版社1990年1月)、《 太平天國大辭典》(中國社會科學(xué)出版社1995年5月)、《安徽省志·人物志》(黃山書社1999年)、安徽省重要歷史事件叢書《政治風(fēng)云》(安徽人民出版社1999年8月)和《軍事縱橫》(安徽人民出版社1999年8月)等書。是《嘉山縣志》(黃山書社1993年1月)、《渦陽縣志》(黃山書社1989年)編審。曾在1985年合肥“劉銘傳首任臺灣巡撫100周年學(xué)術(shù)討論會”、1990年南京“中國太平天國史研究會成立大會暨學(xué)術(shù)研討會”等史學(xué)盛會上宣讀《團練與圩寨》、《論捻軍與太平天國的關(guān)系》等多篇學(xué)術(shù)論文。發(fā)表的史學(xué)論文有《捻軍的產(chǎn)生及其初期活動》(《安徽史學(xué)通訊》1959年第6期)、《再論捻軍與 白蓮教的關(guān)系》(《江淮論壇》1981年第6期)、《捻軍調(diào)調(diào)查記》(《安徽史學(xué)》1984年第1期)、《捻軍雉河集會盟時間考》(《安徽史學(xué)》1987年第1期)、《皖著太平天國資料摭錄》(《安徽史學(xué)》1985年)、《張文祥刺馬案辨析》(《安徽史學(xué)》1989年)、《清季安徽教案述略》(收入《近代中國教案研究》 四川省社會科學(xué)院出版社1987年)、《楊光先與不得已》(收入《近代中國教案新析》黃山書社1993年)等數(shù)十篇。其中《捻軍調(diào)查記》一文曾被1984年中國人民大學(xué)報刊復(fù)印資料中心轉(zhuǎn)載。馬昌華先生退休后仍擔(dān)任國家古籍整理重點項目國內(nèi)外歷史上最長的個人文集2600萬---2700萬字的新編《 李鴻章全集》的執(zhí)行編委，自1994年起，投入近十年精力從事新編《李鴻章全集》點校、審定工作。此書是中國文化出版史上創(chuàng)記錄的浩大工程，由安徽教育出版社斥資300萬元獨家出版，可惜馬昌華先生未能見到自己為之已付出大量心血的新編《李鴻章全集》公開發(fā)行就已作古，實在令人嘆惋。