主要成果
（1）實(shí)驗(yàn)用小型豬SPF種群凈化技術(shù)及疾病模型的建立。主持完成國(guó)家十五攻關(guān)項(xiàng)目“中國(guó)實(shí)驗(yàn)用小型豬資源開(kāi)發(fā)和研究應(yīng)用-子課題”。
（2）豬戊型肝炎病毒、豬薩佩羅病毒等與宿主互作機(jī)制。主持完成國(guó)家自然科學(xué)基金項(xiàng)目“肝細(xì)胞表面豬戊型肝炎病毒候選受體的篩選和鑒定”，參與完成國(guó)家自然科學(xué)基金項(xiàng)目“豬薩佩羅病毒受體的篩選與互作關(guān)鍵位點(diǎn)鑒定”及“豬札幌病毒受體鑒定的研究”；主持完成上海市科委標(biāo)準(zhǔn)化技術(shù)專(zhuān)項(xiàng)“生豬屠宰產(chǎn)品中豬戊型肝炎病毒檢測(cè)技術(shù)標(biāo)準(zhǔn)制定”及家畜疫病病原學(xué)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室開(kāi)放基金“VOPBA法鑒定人/豬肝細(xì)胞表面與豬戊型肝炎病毒互作蛋白”，上海市科委科技攻關(guān)計(jì)劃重點(diǎn)項(xiàng)目“戊型肝炎阻斷技術(shù)研究”。研究成果對(duì)揭示豬HEV及PSV致病機(jī)理及其與宿主細(xì)胞互作機(jī)制，了解HEV跨種間（人/豬）感染與傳播等問(wèn)題提供有價(jià)值的證據(jù)。
（3）近年在國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃“重要疫源微生物組學(xué)研究”的支持下，采用病毒宏基因組學(xué)方法構(gòu)建病毒基因文庫(kù)，結(jié)合高通量測(cè)序和生物信息學(xué)分析，開(kāi)展了不同宿主不同健康狀態(tài)體內(nèi)病毒群落初步分析，已完成冠心病患者與健康人群的腸道細(xì)菌組與病毒組比較、傳播媒介蜱在不同地域攜帶病毒多樣性分析、腹瀉仔豬及腹瀉兒童腸道病毒組學(xué)多樣性和演化規(guī)律，對(duì)未來(lái)繼續(xù)研究病毒組在疾病發(fā)展中的的功能、病毒-細(xì)菌共感染和病毒與宿主基因互作，以及對(duì)潛在性致病病毒的預(yù)防奠定基礎(chǔ)。
獲獎(jiǎng)：2018年江蘇省科學(xué)技術(shù)獎(jiǎng)勵(lì)三等獎(jiǎng)“人獸共患戊型肝炎病毒流行規(guī)律及跨種間傳播機(jī)制” 排名第二；2011年上海市科學(xué)進(jìn)步三等獎(jiǎng)“戊型肝炎病原學(xué)、流行病學(xué)、致病機(jī)制和綜合防治技術(shù)的研究”排名第二；201年教育部科技進(jìn)步二等獎(jiǎng)“附紅細(xì)胞體病原學(xué)和綜合防治技術(shù)研究”排名第三；2003年上海市科技進(jìn)步二等獎(jiǎng)“生物醫(yī)學(xué)實(shí)驗(yàn)用清潔級(jí)豬的培育”排名第三。
近期代表性論文
1. Shuyu Zheng, Tingting Zhao, Shuijuan Yuan, Lingyu Yang, Jinmei Ding and Li Cui*， Crosstalk between gut microbiota and immune deficiency u2013 an observation of dynamic microbial shift in immunodeficient mice, Frontiers in Microbiology，2019.9 accepted
2. Tingting Zhao, Xiaojuan Shen, Haiyan Gong, Wen Zhang, Tongling Shan, Xiangqian Yu, Seongjin Wang, Li Cui, Virome Comparisons in Ticks from Different Domestic Animals, Virologica Sinica, 2019.10 accepted
3. Seong Jin Wang, Xue Wei liu, Xiaojuan Shen, Xiu guo hua, Li cui*, Epidemiological and molecular analysis of avian influenza A(H7N9) virus in Shanghai, China, 2013u20132017， Infection and Drug Resistance 2018:11 2411u20132424
4. Tingting Zhao, Xiaojuan Shen, Chang Dai, Li Cui* ，Benefits of procyanidins on gut microbiota in Bama minipigs and implications in replacing antibiotics， J Vet Sci 2018; 19(6): 798-807
5. Li Cui* Tingting Zhao， Haibing Hu， Wen Zhang， Xiuguo Hua . Association Study of Gut Flora in Coronary Heart Disease through High-Throughput Sequencing，BioMed research international 2017：3796359.
6. Guo L, Hua X, Zhang W, Yang S, Shen Q, Hu H, Li J, Liu Z, Wang X, Wang H, Zhou C, Cui L*. Viral metagenomics analysis of feces from coronary heart disease patients reveals the genetic diversity of the Microviridae (J). Virologica Sinica, 2017, 32(2):130-138.
7. 沈小娟, 李晶嬌, 邊疆, 趙婷婷, 華修國(guó), 崔立*. 腹瀉仔豬腸道病毒組學(xué)分析[J]. 畜牧獸醫(yī)學(xué)報(bào), 2019, 50(3): 611-619.
8. 郭靚驊,吳孔菊,華修國(guó)，崔立*.病毒宏基因組學(xué)方法鑒定出小熊貓糞便中一株新型指環(huán)狀病毒[J].上海交通大學(xué)學(xué)報(bào)（農(nóng)業(yè)科學(xué)版）,2018,35(1):14-19.
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10. Li J, Zhang W, Cui L, Shen Q, Hua X. Metagenomic identification, genetic characterization and genotyping of porcine sapoviruses(J). Infection Genetics & Evolution Journal of Molecular Epidemiology & Evolutionary Genetics in Infectious Diseases, 2018, 62.
11. Li J, Shen Q, Zhang W, Zhao T, Li Y, Jiang J, Yu X, Guo Z, Cui L, Hua X. Genomic organization and recombination analysis of a porcine sapovirus identified from a piglet with diarrhea in China(J). Virology Journal, 2017, 14(1):57.
12. Ling Y, Zhang X, Qi G, Yang S, Li J, Shen Q, Wang X, Cui L, Hua X, Deng X, Delwart E, Zhang W. Viral metagenomics reveals significant viruses in the genital tract of apparently healthy dairy cows(J). Archives of Virology, 2019,
13. Wang H, Li S, Mahmood A, Yang S, Wang X, Shen Q, Shan T, Deng X, Li J, Hua X, Cui L, Delwart E, Zhang W. Plasma virome of cattle from forest region revealed diverse small circular ssDNA viral genomes(J). Virology Journal, 2018, 15(1):11.
14. Zhang et al. Virome comparisons in wild-diseased and healthy captive giant pandas, Microbiome (2017) 5:90 DOI 10.1186/s40168-017-0308-0
著作
主編 國(guó)家職業(yè)資格培訓(xùn)教材：寵物健康護(hù)理員（基礎(chǔ)知識(shí)）；寵物健康護(hù)理員（高級(jí)）
主編 上海市職業(yè)技術(shù)及職業(yè)資格培訓(xùn)教材：寵物健康護(hù)理員（初級(jí) 中級(jí) 高級(jí)）
參編 全國(guó)高等農(nóng)林院校十三五規(guī)劃教材：獸醫(yī)高級(jí)病理學(xué)（研究生）
