早年為 諸生，后因襲一等子，按例不得與試，后授三等侍衛(wèi)，擢二等，文武雙才，為人伉爽有奇氣，敬慕孫白谷的為人，喜歡與朝野賢士游玩。 光緒二十年，日本入侵朝鮮，朝廷商議出師，馬鐘祺上書自請(qǐng)，遂跟從戎軍奉天。盛京將軍 依克唐阿器重他，并使其統(tǒng)鎮(zhèn)邊馬隊(duì)。之后日本朝鮮和談，后歸鄉(xiāng)。光緒二十五年， 李秉衡奉旨巡視長(zhǎng)江，親訪于家，疏請(qǐng)從行。當(dāng)時(shí) 義和團(tuán)亂紛起，李秉衡死難，馬鐘祺護(hù)送歸喪。三天后，京師被破，馬鐘祺上吊自盡。其著有五倫大義、馬氏日記等。