1989年，波蒂略回到危地馬拉，以政治為職業(yè)，先后成為社會(huì)民主黨、基督教民主黨和危地馬拉民主陣線成員。1992至1994年間，他當(dāng)選為國會(huì)議員，并任國會(huì)市政、經(jīng)濟(jì)、外貿(mào)和一體化委員會(huì)主席。1995年，他作為共和陣線總統(tǒng)候選人參加大選，經(jīng)過兩輪角逐，最后以3萬張選票之差未能獲勝。1999年11月作為危地馬拉共和陣線候選人當(dāng)選為總統(tǒng)，次年1月就職，2004年1月卸任。任期結(jié)束后，危地馬拉司法部便對其展開腐敗調(diào)查，他逃往墨西哥。2004年7月19日，危地馬拉法官對阿方索·波蒂略正式發(fā)出了通緝令。2006年10月底，墨西哥外交部批準(zhǔn)引渡危地馬拉前總統(tǒng)波蒂略。