穆罕默德登位時(shí)將十六個(gè)弟弟處以絞刑，所以他在奧斯曼帝國(guó)的歷史上當(dāng)代仍然惡名昭彰。他是一個(gè)懶散的蘇丹，把政府交給母親皇太后Safiye Sultan管理。他任內(nèi)最重大的事件是在1596年至1605年在匈牙利發(fā)生的奧地利—奧斯曼帝國(guó)戰(zhàn)爭(zhēng)。

穆罕默德的軍隊(duì)在1596年占領(lǐng)了匈牙利境內(nèi)的埃格爾，并在Mezokeresztes戰(zhàn)役（克雷斯茨戰(zhàn)役）中打敗哈布斯堡王朝和川西凡尼亞的軍隊(duì)，但穆罕默德本人在戰(zhàn)役中途卻曾打算逃離戰(zhàn)場(chǎng)，不過(guò)被勸阻。

在穆罕默德三世的統(tǒng)治時(shí)期，雖然奧斯曼帝國(guó)看來(lái)正在衰落中，卻未有重大挫折。