穆罕默德登位時將十六個弟弟處以絞刑，所以他在奧斯曼帝國的歷史上當(dāng)代仍然惡名昭彰。他是一個懶散的蘇丹，把政府交給母親皇太后Safiye Sultan管理。他任內(nèi)最重大的事件是在1596年至1605年在匈牙利發(fā)生的奧地利—奧斯曼帝國戰(zhàn)爭。

穆罕默德的軍隊在1596年占領(lǐng)了匈牙利境內(nèi)的埃格爾，并在Mezokeresztes戰(zhàn)役（克雷斯茨戰(zhàn)役）中打敗哈布斯堡王朝和川西凡尼亞的軍隊，但穆罕默德本人在戰(zhàn)役中途卻曾打算逃離戰(zhàn)場，不過被勸阻。

在穆罕默德三世的統(tǒng)治時期，雖然奧斯曼帝國看來正在衰落中，卻未有重大挫折。