張之洞接任湖廣總督后，欲發(fā)展自強事業(yè)，開始收攬?zhí)煜氯瞬拧Ｈ~瀚與譚獻、錢恂、王詠霓、汪康年、夏曾佑、黃體芳、黃紹箕等浙江士子一時多會集在張氏門下。1893年，張之洞創(chuàng)辦湖北自強學堂，葉瀚成為學堂的教員。

1895年，在上海與汪康年創(chuàng)辦《蒙學報》，1897年又發(fā)起成立“蒙學公會”，撰文抨擊“自君權(quán)一尊積威壓制，而人人失自主之權(quán)與自使之利。”鋒芒直指清政權(quán)。1898年8月，在上海創(chuàng)設速成教習學堂。1898年，在同鄉(xiāng)葉爾愷出任陜西學政提學使后，入其幕府。

1900年，在上海參加保皇活動，在7月26日的“中國議會”成立大會上任大會主席（“中國議會”主要傾向是：一、尊光緒帝；二、不承認端王、剛毅等；三、力講明新政法而謀實施之。）1901，在龐元澄創(chuàng)辦的潯溪公學擔任校務主任，主持校務。1902年，與蔡元培、章太炎等發(fā)起成立 中國教育會，在愛國女學和愛國學社擔任教員。次年與蔡元培等人組織對俄同志會，發(fā)行《俄事警聞》日報，積極參加拒俄運動。1905年，與蔡元培、杜亞泉等創(chuàng)辦理科通學所。

中華民國成立后，曾任北京大學歷史系教授兼研究所國學門導師，被蔡元培校長聘為北京大學國史編纂處纂輯股纂輯員。1923年，參加了北大考古學會（考古學會計劃從調(diào)查入手，“并為發(fā)掘與保存之預備”，其主要活動有參觀朝鮮漢樂浪郡古墓發(fā)掘、調(diào)查大宮山明代古跡、洛陽北邙山出土文物以及甘肅敦煌古跡等）。在北大屬于“舊學派”，在國學門第四次懇親會上，“新學派”的胡適宣稱鉆故紙堆治國學是條死路，而生路為一切科學。當時，葉瀚說：“行年將六十有五歲，從事考古，時已不及。適之先生希望猶大；我但愿在死路上多做點收集工夫，而讓后人好開生路，將材料供給參考。因現(xiàn)在死路上材料供給過少，所以在北大授課，講義毫無精采�！笨梢娖湓诒贝蟮牡匚徊桓摺�

研究領(lǐng)域很廣，涉及國學和新學，有《中國美術(shù)史》、《中國通史》、《中國學術(shù)史長編》、《中國學術(shù)史》、《尊圣論》、《文學初津》、《墨經(jīng)詁義》（初稿、定稿）、《墨子學術(shù)起源考》、《墨子大誼考》、《墨說與墨守》（四種）、《論格致理法綱要》、《一賜樂業(yè)教碑跋》、《楊惠之塑象考》、《楊惠之塑象與鞏縣石窟禮佛圖》、《漢譯塑壁殘影》、《山西壁畫七佛象題辭》、《清代地理學家傳略》、《初學宜讀諸書要略》、《天文歌略》、《地學歌略》（與葉瀾合撰）、《西域帕米爾輿地考》、《滇省礦物志略》（載于《東方雜志》1910年7月）等傳世。

曾創(chuàng)辦啟秀編譯局。曾供職于《中外日報》，擔任日文翻譯。譯著有《泰西教育史》（[日]能勢榮著，金粟齋譯書社1901年版）、《新撰亞細亞洲大地志》（[日]山上萬次郎/著，上海正記書局1901年版）、《世界通史》（[德]布勒志/著，據(jù)日譯本翻譯，鏡今書局1903年11月版）、《地質(zhì)學教科書》（[日]橫山又次郎著，吳縣汪氏校，上海:蒙學報館印刷，上海:正記書局發(fā)行）。曾校《洛陽伽藍記》（五卷，[明]吳琯刻<古今逸史>本）。自傳有《塊余生自記》。著作多收錄于《晚學廬叢稿》。

1 墨守要義 稿本暨鉛印石印本

2 墨說要指 稿本暨鉛印石印本

3 墨學派衍考證 稿本暨鉛印石印本

4 龍門有年月造象錄 稿本暨鉛印石印本

5 六藝通誼 稿本暨鉛印石印本

6 老子學派考 稿本暨鉛印石印本

7 龍門象種略考 稿本暨鉛印石印本

8 靈素解剖學 稿本暨鉛印石印本

9 墨經(jīng)詁義 稿本暨鉛印石印本

10 元史講義 稿本暨鉛印石印本

11 六藝偶見 稿本暨鉛印石印本

12 孔子世家箋注 稿本暨鉛印石印本

13 晚學廬札記 稿本暨鉛印石印本

14 織繡史札記 稿本暨鉛印石印本

15 唐陶史札記 稿本暨鉛印石印本

16 元史札記 稿本暨鉛印石印本

17 樂章集選 稿本暨鉛印石印本

18 河南陜西省造象蕞錄 稿本暨鉛印石印本

19漢畫偶譚 稿本暨鉛印石印本

20中國美術(shù)史 稿本暨鉛印石印本

21 國學研究 稿本暨鉛印石印本

22 國學通論 北平: 北平大學女子學院 石印講義本

23 中國學術(shù)史 北京: 北京大學 排印講義本

24 中國學術(shù)史 稿本暨鉛印石印本

25 中國通史 稿本暨鉛印石印本

26 晚學廬文稿 稿本暨鉛印石印本

27 國學研究法 稿本暨鉛印石印本

28 十二經(jīng)脈考 稿本暨鉛印石印本

29 秦敦考釋 稿本暨鉛印石印本

30 浙江杭州西湖石屋洞摩崖象 稿本暨鉛印石印本

31 中國美術(shù)史定稿 排印本

32 中國學術(shù)史定稿 稿本暨鉛印石印本

33文心雕龍私記 稿本暨鉛印石印本

34 角工雕刻札記 稿本暨鉛印石印本

35 靈樞解剖學述大旨 稿本暨鉛印石印本

36 揚雄方言存沒考 稿本暨鉛印石印本

37 瓷史札記 稿本暨鉛印石印本

38 谷梁釋經(jīng)重辭說 稿本暨鉛印石印本

39 四川摩崖象 稿本暨鉛印石印本

40 浙江四川直隸造象目蕞錄 稿本暨鉛印石印本

41 靈素解剖學初稿 稿本暨鉛印石印本

42 墨經(jīng)詁義初稿 稿本暨鉛印石印本

43 國學研究法初稿 稿本暨鉛印石印本

44 龍門有年月造象錄初稿 稿本暨鉛印石印本

45 六藝通誼初稿 稿本暨鉛印石印本

46 晚學廬詩文稿，附尺牘稿 稿本暨鉛印石印本

47 常山貞石志造象目 稿本暨鉛印石印本

48 墨斠注殘稿 稿本暨鉛印石印本

49 上古史殘 排印本

50 墨辯釋詞擬目 稿本暨鉛印石印本

51 墨辯釋要札記 稿本暨鉛印石印本

52 墨辨斠注初稿 稿本暨鉛印石印本

53 墨辨斠注 稿本暨鉛印石印本

54 中國美術(shù)史二編 稿本暨鉛印石印本

55 中國學術(shù)史長編 稿本暨鉛印石印本

56 塑壁殘影改定稿 稿本暨鉛印石印本

57 本草綱目輯注札記 稿本暨鉛印石印本

58 湖北沔陽陸氏舊藏北齊造象考 稿本暨鉛印石印本

59 晚學廬藏碑象目存 稿本暨鉛印石印本

60 碑石象目 稿本暨鉛印石印本