彭小蓮早年在江西插隊九年，1978年，考入北京電影學(xué)院導(dǎo)演系，畢業(yè)后分配到上海電影制片廠從事導(dǎo)演工作。1989年，彭小蓮應(yīng)邀到紐約大學(xué)電影研究院任訪問學(xué)者，并且在那呆了7年，在紐約大學(xué)電影研究院獲得了電影藝術(shù)碩士學(xué)位。進入九十年代以后，彭小蓮回國擔(dān)任獨立電影制片人，并且仍然繼續(xù)從事導(dǎo)演工作。

1986年，彭小蓮導(dǎo)演兒童題材影片《我和我的同學(xué)們》，影片塑造了蓬勃向上，個性鮮明的中學(xué)生群像，該片獲第二屆“童牛獎”優(yōu)秀兒童少年故事片獎，第七屆中國電影金雞獎最佳兒童故事片獎，彭小蓮獲“童牛獎”優(yōu)秀兒童少年故事片導(dǎo)演獎。

1987年，彭小蓮導(dǎo)演劇情影片《女人的故事》，該片表現(xiàn)的是在改革開放的時代潮流鼓舞下，三個從來未出過門的農(nóng)村婦女毅然出門掙錢的故事。

1996年，參與改編了黃蜀芹執(zhí)導(dǎo)的溫情影片《我也有爸爸》。同時獨立執(zhí)導(dǎo)了《犬殺》，該片通過一起狗咬主人致死的離奇事件，引發(fā)出一樁撲朔迷離的謀殺案。

1998年，為紀(jì)念上海解放50周年，彭小蓮執(zhí)導(dǎo)了影片《上海紀(jì)事》，該片從一個獨特的角度反映了上海解放這一重要歷史轉(zhuǎn)折時期，描寫了中國共產(chǎn)黨在接管特大都市時采取的一系列有力措施，該片獲得了1998年度中國電影華表獎最佳故事片獎。

2002年10月27日，自編自導(dǎo)的劇情片《假裝沒感覺》上映，影片是根據(jù)上海中學(xué)生徐敏霞的獲獎作文《站在十幾歲的尾巴上》改編。

2003年，執(zhí)導(dǎo)“上海三部曲”第二部《美麗上海》，該片于2005年9月15日上映，憑借該片獲得第24屆中國電影金雞獎最佳導(dǎo)演，以及第13屆上海影評人獎最佳導(dǎo)演。

2005年，執(zhí)導(dǎo)為百年中國電影獻禮的愛情電影《上海倫巴》，影片講述了舞臺演員出身的婉玉與男演員阿川在生死與共的風(fēng)浪中患難見真情的故事。

2008年，執(zhí)導(dǎo)表現(xiàn)當(dāng)代民工子弟生活的電影《我堅強的小船》，影片被評為第4屆美國洛杉磯好萊塢AOF國際電影節(jié)最佳外語片。

2015年，創(chuàng)作的圖書《荒漠的旅程》出版，笨豬記敘了作家劉溪家庭，和其妻子吳進的上代家庭的歷史回憶，及“小鶯”出國前后的個人際遇。

彭小蓮的作品展示出出她良好的專業(yè)技巧和藝術(shù)才華，她的作品大多以女性為主人公，她注重于女性在新時期個性的釋放的表達，特別是能細(xì)膩入微地傳達女性的內(nèi)心情感變化，又能觸及到與此相關(guān)的社會根源性問題。在思想上和藝術(shù)上都具有一定深度，受到專家和觀眾的肯定和歡迎（網(wǎng)易娛樂評）。