1853年7月4日，恩斯特·奧托·貝克曼出生于德國(guó)索林根，父親是一名工廠主約翰內(nèi)斯·弗雷德里�！ね�廉·貝克曼。老貝克曼擁有一家生產(chǎn)礦物染料、顏料、磨料磨具、拋光材料的工廠，在那里年幼的貝克曼最早接觸了化學(xué)實(shí)驗(yàn)。1870年，在他的父親的勸說(shuō)下，貝克曼決定學(xué)習(xí)藥劑學(xué)而不是化學(xué)，于是他來(lái)到埃爾伯費(fèi)爾德成為了一名學(xué)徒。由于不習(xí)慣那里的工作環(huán)境，貝克曼不久返回家鄉(xiāng)。但當(dāng)被告知如果沒(méi)有藥店學(xué)徒的經(jīng)歷就很難成為一名化學(xué)家時(shí)，他回到了埃爾伯費(fèi)爾德繼續(xù)他的工作。 他也在萊比錫、科隆、巴特阿羅爾森做過(guò)學(xué)徒。

為了提高理論水平，1874年貝克曼進(jìn)入威斯巴登的學(xué)校就讀，次年進(jìn)入萊比錫大學(xué)。在萊比錫，貝克曼接觸到著名化學(xué)家赫爾曼·科爾貝。1877年貝克曼完成他的藥劑學(xué)學(xué)業(yè)。隨后，他與科爾貝和他的助手，恩斯特·馮·邁耶開(kāi)始研究二烷基硫醚的氧化物。因?yàn)檫@項(xiàng)研究貝克曼1878年7月獲得了博士學(xué)位。

服了一年義務(wù)兵役之后，貝克曼進(jìn)入不倫瑞克工業(yè)大學(xué)跟隨羅伯特·奧托學(xué)習(xí)毒物學(xué)，并于1882年獲得德語(yǔ)國(guó)家教授資格。他回到萊比錫，希望作為講師與科爾貝一同工作，但在不倫瑞克工業(yè)大學(xué)獲得的教授資格并不足以使他獲得這一職位，他需要一所在文史類大學(xué)獲得的教授資格，并且需要通過(guò)拉丁文測(cè)試。于是貝克曼參加并通過(guò)了拉丁文、希臘文與歷史等科目的考試并于1883年回到萊比錫工作。科爾貝于1883年去世，接替他的是他的反對(duì)者威利森努斯。然而這并沒(méi)有損害貝克曼的研究工作，兩名化學(xué)家最后成為了朋友。

貝克曼試圖使用一個(gè)已知的反應(yīng)鑒別醛和酮。這一反應(yīng)是用羥胺與二苯甲酮反應(yīng)生成肟，再用五氯化磷處理肟使之生成已被奧托·瓦拉赫給出方法鑒定的物質(zhì)。這一反應(yīng)被稱為貝克曼重排反應(yīng)。

1887年，威廉·奧斯特瓦爾德來(lái)到萊比錫。作為威廉·奧斯特瓦爾德的助手，貝克曼的工作重點(diǎn)開(kāi)始轉(zhuǎn)向物理化學(xué)。貝克曼通過(guò)測(cè)量沸點(diǎn)升高和凝固點(diǎn)降低測(cè)量了一些物質(zhì)的相對(duì)分子質(zhì)量。這些測(cè)量需要精確測(cè)定溫差，而不是絕對(duì)值，為此貝克曼發(fā)明了貝克曼溫度計(jì)。他還大幅改進(jìn)了拉烏爾的方法，之后他的方法成為化學(xué)實(shí)驗(yàn)中的標(biāo)準(zhǔn)方法，直到20世紀(jì)末期這些依賴于溶液依數(shù)性的方法因更精確的電子儀器的應(yīng)用而被淘汰。

也就是在這一時(shí)期，貝克曼與奧斯特瓦爾德在萊比錫發(fā)現(xiàn)了鈉和二苯甲酮在無(wú)水醚溶劑中反應(yīng)生成藍(lán)色溶液，是由于羰自由基的生成。這一反應(yīng)至今仍被用于檢驗(yàn)溶劑中是否含水。

貝克曼離開(kāi)萊比錫大學(xué)進(jìn)入吉森大學(xué)工作了一年，之后進(jìn)入埃爾朗根-紐倫堡大學(xué)擔(dān)任教授。但在1897年，她第三次回到萊比錫大學(xué)，擔(dān)任應(yīng)用化學(xué)實(shí)驗(yàn)室的主管。1912年4月1日，他來(lái)到柏林領(lǐng)導(dǎo)新組建的德皇威廉學(xué)會(huì)，直到1921年10月從該機(jī)構(gòu)退休。他被允許使用該機(jī)構(gòu)的圖書(shū)館，并繼續(xù)他的貝克曼重排反應(yīng)與溶液物理性質(zhì)的研究。

1887年3月20日，貝克曼與貝莎·歐爾特結(jié)婚，婚后育有1女2子。

第一次世界大戰(zhàn)中，貝克曼探究了羽扇豆被用作飼料的可行性。他通過(guò)嘗羽扇豆浸出液的味道來(lái)判斷其中的毒素是否已被完全萃取。據(jù)推測(cè)這種研究損害了他的健康，因?yàn)樗�最后是因�(yàn)榻】翟�因從學(xué)會(huì)退休。

1923年6月12日貝克曼死于柏林，死后被葬在達(dá)勒姆。