蕭巋的父親蕭詧起兵與梁元帝蕭繹爭奪帝位，蕭詧向西魏借兵攻殺了蕭詧，被西魏皇帝封為梁王，在他的統(tǒng)治地區(qū)內(nèi)他自稱皇帝，但實(shí)際上后梁的“皇帝”在他們的疆域上并沒有真正的主權(quán)，很長時(shí)間里北朝在后梁設(shè)有江陵總管，一方面用來監(jiān)督后梁的君主，另一方面這些總管擁有兵權(quán)來保護(hù)后梁不被南朝攻擊。蕭察死后他的兒子蕭巋于562年以太子繼帝位。

蕭巋繼續(xù)他父親的政策，聯(lián)合北周來抵抗陳朝的威脅。北周武帝宇文邕滅北齊后蕭巋親自赴長安祝賀，因此深得宇文邕的信任。隋文帝楊堅(jiān)登基后再次親自赴長安祝賀，又贏得了楊堅(jiān)的信任。后來蕭、楊兩家又通婚，蕭巋的一個(gè)女兒還嫁給了楊廣，后來成為隋煬帝的皇后。由于蕭、楊兩家的關(guān)系如此親密，因此后來隋將它駐扎在后梁的江陵總管撤回，使得后梁獲得了自主權(quán)。

與其太爺爺蕭衍、爺爺蕭統(tǒng)一樣，蕭巋是一個(gè)相當(dāng)有學(xué)問的皇帝，他曾著《孝經(jīng)》、《周易義記》、《大小乘幽微》等十四部書。